More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2775 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3090  OmpA domain-containing protein  93.74 
 
 
831 aa  1563    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4964  OmpA/MotB  78.82 
 
 
830 aa  1372    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2499  OmpA/MotB domain-containing protein  90.37 
 
 
831 aa  1531    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.306062  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2775  OmpA/MotB domain-containing protein  100 
 
 
831 aa  1704    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.414663  normal  0.366632 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2633  OmpA/MotB domain-containing protein  93.62 
 
 
831 aa  1564    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2260  OmpA/MotB  56.3 
 
 
830 aa  925    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04696  ImcF-related family  35.02 
 
 
1230 aa  332  2e-89  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00810675  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2188  hypothetical protein  32.56 
 
 
1270 aa  331  4e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3625  hypothetical protein  32.23 
 
 
1297 aa  317  6e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2954  ImcF-like family protein  32.61 
 
 
1301 aa  317  7e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.858657  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2826  hypothetical protein  32.53 
 
 
1297 aa  316  9e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0050  hypothetical protein  32.53 
 
 
1297 aa  316  9e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.485623  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3151  hypothetical protein  32.53 
 
 
1297 aa  316  9e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1717  hypothetical protein  32.53 
 
 
1297 aa  316  9e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.624106  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3632  hypothetical protein  32.23 
 
 
1297 aa  316  9.999999999999999e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.20293  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3650  hypothetical protein  32.23 
 
 
1297 aa  316  9.999999999999999e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4923  type VI secretion protein IcmF  32.85 
 
 
1288 aa  315  2.9999999999999996e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.163369 
 
 
-
 
NC_003296  RS01945  hypothetical protein  38.25 
 
 
1313 aa  314  4.999999999999999e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.206649 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0420  type VI secretion protein IcmF  31.49 
 
 
1313 aa  303  9e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.419198  normal  0.652814 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0393  ImcF domain-containing protein  31.34 
 
 
1313 aa  302  2e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.145892  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3575  hypothetical protein  31.23 
 
 
1315 aa  301  4e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0459  type VI secretion protein IcmF  31.23 
 
 
1314 aa  301  4e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.821669  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2620  ImcF-related  31.23 
 
 
1314 aa  300  5e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0485  ImcF domain-containing protein  31.23 
 
 
1314 aa  300  5e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.752194  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2907  type VI secretion protein IcmF  31.65 
 
 
1315 aa  300  6e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.531051  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2631  ImcF domain-containing protein  31.26 
 
 
1267 aa  247  6e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.390277  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3091  hypothetical protein  29.76 
 
 
1267 aa  245  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.986291 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2501  type VI secretion protein IcmF  30.19 
 
 
1268 aa  244  6e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.761474 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2811  hypothetical protein  29.72 
 
 
1195 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0148  hypothetical protein  33.81 
 
 
1176 aa  237  6e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.201488  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2773  type VI secretion protein IcmF  30.86 
 
 
1265 aa  237  9e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.276817  normal  0.540963 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2316  ImcF domain-containing protein  35.59 
 
 
1171 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00185575  hitchhiker  0.000165437 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00910  hypothetical protein  36.95 
 
 
1102 aa  234  3e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.617351  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4962  hypothetical protein  31.61 
 
 
1310 aa  233  9e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2262  ImcF-related  32.12 
 
 
1335 aa  223  9.999999999999999e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.295752  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26710  hypothetical protein  32.82 
 
 
1205 aa  219  2e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0957907  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2840  ImcF-related protein  29.8 
 
 
1209 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2965  ImcF-related protein  29.8 
 
 
1209 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.449228  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1204  SciS protein  29.8 
 
 
1209 aa  216  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263659  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0399  putative lipoprotein  29.8 
 
 
1209 aa  215  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.196026  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0448  ImcF-related protein  29.8 
 
 
1209 aa  215  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1593  putative lipoprotein  29.8 
 
 
1209 aa  215  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.736034  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1778  putative lipoprotein  29.8 
 
 
1209 aa  215  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3846  type VI secretion protein IcmF  30.27 
 
 
1218 aa  214  5.999999999999999e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0318709  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0516  type VI secretion protein IcmF  34.73 
 
 
1199 aa  213  7.999999999999999e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3000  ImcF domain-containing protein  32.06 
 
 
1212 aa  213  1e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0254  putative lipoprotein  29.03 
 
 
1209 aa  213  2e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.452905  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1522  hypothetical protein  29.33 
 
 
1181 aa  211  4e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.29104 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000016  IcmF-related protein  28.86 
 
 
1172 aa  211  7e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1592  hypothetical protein  29.46 
 
 
1208 aa  209  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.727557  normal  0.457538 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2373  ImcF domain-containing protein  29.14 
 
 
1182 aa  206  2e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.720279  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1473  ImcF domain-containing protein  30.19 
 
 
1209 aa  203  9.999999999999999e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4057  type VI secretion protein IcmF  33.79 
 
 
1220 aa  203  9.999999999999999e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000260588 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2352  type VI secretion protein IcmF  31.58 
 
 
1181 aa  200  9e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2464  type VI secretion protein IcmF  32.86 
 
 
1207 aa  198  4.0000000000000005e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00250  SciS protein  31.59 
 
 
1152 aa  197  9e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3131  ImcF domain-containing protein  36.48 
 
 
1173 aa  193  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  unclonable  0.00864499  normal  0.238793 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0213  type VI secretion protein IcmF  30.09 
 
 
1211 aa  192  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3487  hypothetical protein  35.96 
 
 
1173 aa  191  4e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.883094  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2881  type VI secretion protein IcmF  32.62 
 
 
1148 aa  191  7e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0619949 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3035  ImcF-related  30.81 
 
 
1157 aa  190  7e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.393455  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3166  hypothetical protein  31.67 
 
 
1150 aa  188  3e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6041  IcmF family protein  30.47 
 
 
1164 aa  188  5e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693404  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0274  hypothetical protein  28.96 
 
 
1154 aa  184  5.0000000000000004e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2453  ImcF domain-containing protein  34.89 
 
 
1176 aa  184  6e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.322795  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2516  type VI secretion protein IcmF  26.69 
 
 
1187 aa  184  7e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3048  type VI secretion protein IcmF  35.22 
 
 
1204 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3022  type VI secretion protein IcmF  30.1 
 
 
1302 aa  174  5e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0104  ImcF domain-containing protein  32.45 
 
 
1179 aa  172  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1209  ImcF domain-containing protein  26.89 
 
 
1182 aa  172  3e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.177502  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0163  ImcF/SciS family protein  30.32 
 
 
1302 aa  171  6e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.136069  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1610  SciS protein  30.32 
 
 
1302 aa  170  8e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.17347  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0140  ImcF/SciS family protein  30.32 
 
 
1302 aa  170  8e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5418  hypothetical protein  31.01 
 
 
1192 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5577  hypothetical protein  29.84 
 
 
1179 aa  166  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6679  type VI secretion protein IcmF  34.12 
 
 
1302 aa  166  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.79071  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2088  ImcF domain-containing protein  35.64 
 
 
1175 aa  165  3e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0127  putative lipoprotein  34.23 
 
 
1302 aa  164  6e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0534605  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2554  hypothetical protein  29.54 
 
 
1168 aa  162  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.024238  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0311  type VI secretion protein IcmF  33.55 
 
 
1289 aa  162  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00685526 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0318  type VI secretion protein IcmF  34.69 
 
 
1289 aa  162  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.277614 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0306  SciS protein  33.55 
 
 
1289 aa  162  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.422511 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0323  type VI secretion protein IcmF  33.33 
 
 
1289 aa  160  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1205  hypothetical protein  27.89 
 
 
1134 aa  160  9e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1083  type VI secretion protein IcmF  28.04 
 
 
1165 aa  159  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.199978  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3045  hypothetical protein  28.34 
 
 
1133 aa  158  3e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3720  Fis family transcriptional regulator  29.64 
 
 
1194 aa  158  4e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3242  type VI secretion protein IcmF  27.83 
 
 
1165 aa  157  6e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.748769  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3603  hypothetical protein  29.53 
 
 
1175 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.269333  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0399  type VI secretion protein IcmF  29.39 
 
 
1177 aa  149  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0326  putative lipoprotein  29.39 
 
 
1177 aa  149  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1937  type VI secretion protein IcmF  27.68 
 
 
1150 aa  147  5e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.502152  normal  0.887242 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2794  type VI secretion protein IcmF  26.96 
 
 
1165 aa  148  5e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1485  type VI secretion protein IcmF  28.28 
 
 
1275 aa  145  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1373  hypothetical protein  28.28 
 
 
1275 aa  145  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0934  type VI secretion protein IcmF  28.72 
 
 
1329 aa  144  6e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42900  hypothetical protein  30.64 
 
 
1175 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.376126 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1673  type VI secretion protein IcmF  27.63 
 
 
1268 aa  141  6e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0143992 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2130  ImcF domain-containing protein  27.1 
 
 
1206 aa  140  7e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4071  hypothetical protein  25.21 
 
 
1208 aa  140  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.00000209226 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>