160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3091 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3091  hypothetical protein  100 
 
 		 1267 aa  2574    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.986291 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4962  hypothetical protein  70.25 
 
 		 1310 aa  1859    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2773  type VI secretion protein IcmF  92.5 
 
 		 1265 aa  2324    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.276817  normal  0.540963 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2262  ImcF-related  44.79 
 
 		 1335 aa  1055    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.295752  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2501  type VI secretion protein IcmF  89.53 
 
 		 1268 aa  2269    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.761474 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2631  ImcF domain-containing protein  99.21 
 
 		 1267 aa  2561    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.390277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2188  hypothetical protein  27.79 
 
 		 1270 aa  405  1e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2954  ImcF-like family protein  26.03 
 
 		 1301 aa  406  1e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.858657  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3575  hypothetical protein  26.39 
 
 		 1315 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2826  hypothetical protein  25.67 
 
 		 1297 aa  395  1e-108  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3632  hypothetical protein  25.67 
 
 		 1297 aa  395  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.20293  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4923  type VI secretion protein IcmF  25.97 
 
 		 1288 aa  396  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.163369 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0050  hypothetical protein  25.67 
 
 		 1297 aa  395  1e-108  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.485623  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1717  hypothetical protein  25.67 
 
 		 1297 aa  395  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.624106  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3625  hypothetical protein  25.67 
 
 		 1297 aa  396  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3650  hypothetical protein  25.67 
 
 		 1297 aa  395  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3151  hypothetical protein  25.67 
 
 		 1297 aa  395  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2620  ImcF-related  26.85 
 
 		 1314 aa  392  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0393  ImcF domain-containing protein  26.37 
 
 		 1313 aa  392  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.145892  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0485  ImcF domain-containing protein  26.85 
 
 		 1314 aa  392  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.752194  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0420  type VI secretion protein IcmF  26.37 
 
 		 1313 aa  393  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.419198  normal  0.652814 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0459  type VI secretion protein IcmF  26.77 
 
 		 1314 aa  392  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.821669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2907  type VI secretion protein IcmF  27.05 
 
 		 1315 aa  393  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.531051  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01945  hypothetical protein  27.12 
 
 		 1313 aa  370  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.206649 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2775  OmpA/MotB domain-containing protein  33.91 
 
 		 831 aa  243  1e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.414663  normal  0.366632 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2499  OmpA/MotB domain-containing protein  32.3 
 
 		 831 aa  243  2e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.306062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4964  OmpA/MotB  26.94 
 
 		 830 aa  231  6e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2633  OmpA/MotB domain-containing protein  29.6 
 
 		 831 aa  230  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3090  OmpA domain-containing protein  32.16 
 
 		 831 aa  227  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2260  OmpA/MotB  30.5 
 
 		 830 aa  222  3e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2811  hypothetical protein  23.11 
 
 		 1195 aa  213  1e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04696  ImcF-related family  26.01 
 
 		 1230 aa  209  3e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00810675  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0148  hypothetical protein  31.58 
 
 		 1176 aa  207  9e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.201488  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0516  type VI secretion protein IcmF  30.28 
 
 		 1199 aa  200  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2316  ImcF domain-containing protein  31.95 
 
 		 1171 aa  199  3e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00185575  hitchhiker  0.000165437 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00910  hypothetical protein  32.62 
 
 		 1102 aa  197  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.617351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0018  hypothetical protein  27.33 
 
 		 1204 aa  189  4e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.551518  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4057  type VI secretion protein IcmF  29.73 
 
 		 1220 aa  189  4e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000260588 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3000  ImcF domain-containing protein  28.6 
 
 		 1212 aa  185  5.0000000000000004e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000016  IcmF-related protein  25.35 
 
 		 1172 aa  180  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3035  ImcF-related  30.91 
 
 		 1157 aa  179  3e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.393455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5271  hypothetical protein  26.4 
 
 		 1156 aa  177  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3655  hypothetical protein  26.11 
 
 		 1272 aa  176  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.851877 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26710  hypothetical protein  30.09 
 
 		 1205 aa  176  1.9999999999999998e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0957907  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5418  hypothetical protein  32.24 
 
 		 1192 aa  176  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0633  ImcF-like protein  25.45 
 
 		 1115 aa  172  3e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.201654 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3247  ImcF domain-containing protein  25.55 
 
 		 1114 aa  171  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5577  hypothetical protein  31.12 
 
 		 1179 aa  170  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2965  ImcF-related protein  29.4 
 
 		 1209 aa  169  4e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.449228  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2840  ImcF-related protein  29.4 
 
 		 1209 aa  169  4e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1204  SciS protein  28.89 
 
 		 1209 aa  168  5e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263659  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0104  ImcF domain-containing protein  31.56 
 
 		 1179 aa  168  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2911  ImcF domain-containing protein  24.63 
 
 		 1094 aa  167  8e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.951042  normal  0.253398 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0399  putative lipoprotein  28.72 
 
 		 1209 aa  167  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.196026  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1610  SciS protein  30.59 
 
 		 1302 aa  167  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.17347  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1593  putative lipoprotein  28.72 
 
 		 1209 aa  167  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.736034  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1778  putative lipoprotein  28.72 
 
 		 1209 aa  167  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0163  ImcF/SciS family protein  30.59 
 
 		 1302 aa  167  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.136069  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0448  ImcF-related protein  28.72 
 
 		 1209 aa  167  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2881  type VI secretion protein IcmF  31.66 
 
 		 1148 aa  166  2.0000000000000002e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0619949 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0140  ImcF/SciS family protein  30.59 
 
 		 1302 aa  167  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3603  hypothetical protein  31.88 
 
 		 1175 aa  167  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.269333  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2373  ImcF domain-containing protein  26.04 
 
 		 1182 aa  166  3e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.720279  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1473  ImcF domain-containing protein  29.27 
 
 		 1209 aa  165  4.0000000000000004e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0254  putative lipoprotein  28.01 
 
 		 1209 aa  165  6e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.452905  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1592  hypothetical protein  27.55 
 
 		 1208 aa  164  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.727557  normal  0.457538 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3022  type VI secretion protein IcmF  28.6 
 
 		 1302 aa  164  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0213  type VI secretion protein IcmF  29.3 
 
 		 1211 aa  163  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0323  type VI secretion protein IcmF  33.11 
 
 		 1289 aa  162  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1798  ImcF domain-containing protein  25 
 
 		 1067 aa  161  6e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.516304 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0306  SciS protein  32.67 
 
 		 1289 aa  161  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.422511 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0311  type VI secretion protein IcmF  32.67 
 
 		 1289 aa  161  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685526 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0318  type VI secretion protein IcmF  32.67 
 
 		 1289 aa  160  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.277614 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1522  hypothetical protein  25.25 
 
 		 1181 aa  160  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.29104 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42900  hypothetical protein  31.01 
 
 		 1175 aa  160  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.376126 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1485  type VI secretion protein IcmF  28.15 
 
 		 1275 aa  160  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1373  hypothetical protein  28.15 
 
 		 1275 aa  160  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3487  hypothetical protein  32.37 
 
 		 1173 aa  159  3e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.883094  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2464  type VI secretion protein IcmF  27.36 
 
 		 1207 aa  159  3e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1937  type VI secretion protein IcmF  27.73 
 
 		 1150 aa  159  4e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.502152  normal  0.887242 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2989  hypothetical protein  23.62 
 
 		 1140 aa  159  4e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000392845 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2591  ImcF domain-containing protein  23.62 
 
 		 1140 aa  159  4e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3846  type VI secretion protein IcmF  29.37 
 
 		 1218 aa  159  5.0000000000000005e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0318709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2453  ImcF domain-containing protein  33.33 
 
 		 1176 aa  158  7e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.322795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2495  hypothetical protein  23.46 
 
 		 1140 aa  157  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.963407  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6679  type VI secretion protein IcmF  30.38 
 
 		 1302 aa  156  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.79071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3131  ImcF domain-containing protein  31.3 
 
 		 1173 aa  155  4e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  unclonable  0.00864499  normal  0.238793 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1673  type VI secretion protein IcmF  28.43 
 
 		 1268 aa  155  5e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0143992 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2352  type VI secretion protein IcmF  30.29 
 
 		 1181 aa  152  3e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0127  putative lipoprotein  28.81 
 
 		 1302 aa  151  8e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0534605  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6041  IcmF family protein  30.49 
 
 		 1164 aa  150  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693404  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0934  type VI secretion protein IcmF  27.98 
 
 		 1329 aa  150  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00250  SciS protein  30.33 
 
 		 1152 aa  150  2.0000000000000003e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0795  hypothetical protein  23.15 
 
 		 1140 aa  150  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1209  ImcF domain-containing protein  24.66 
 
 		 1182 aa  141  6e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.177502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2516  type VI secretion protein IcmF  24.03 
 
 		 1187 aa  138  7.000000000000001e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3048  type VI secretion protein IcmF  29.19 
 
 		 1204 aa  137  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2088  ImcF domain-containing protein  27.72 
 
 		 1175 aa  135  3.9999999999999996e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0274  hypothetical protein  26.74 
 
 		 1154 aa  135  6.999999999999999e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2554  hypothetical protein  29.11 
 
 		 1168 aa  132  6e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.024238  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>