163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0393 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_04696  ImcF-related family  49.68 
 
 		 1230 aa  1232    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00810675  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0459  type VI secretion protein IcmF  96.6 
 
 		 1314 aa  2432    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.821669  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01945  hypothetical protein  69.75 
 
 		 1313 aa  1767    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.206649 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2826  hypothetical protein  87.82 
 
 		 1297 aa  2279    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2188  hypothetical protein  53.48 
 
 		 1270 aa  1399    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3632  hypothetical protein  87.75 
 
 		 1297 aa  2278    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.20293  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4923  type VI secretion protein IcmF  82.26 
 
 		 1288 aa  2140    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.163369 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3575  hypothetical protein  96.59 
 
 		 1315 aa  2449    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2954  ImcF-like family protein  87.84 
 
 		 1301 aa  2269    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.858657  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2620  ImcF-related  96.76 
 
 		 1314 aa  2435    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0393  ImcF domain-containing protein  100 
 
 		 1313 aa  2672    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.145892  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0485  ImcF domain-containing protein  96.76 
 
 		 1314 aa  2435    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.752194  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0050  hypothetical protein  87.82 
 
 		 1297 aa  2279    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.485623  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1717  hypothetical protein  87.82 
 
 		 1297 aa  2279    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.624106  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3625  hypothetical protein  87.9 
 
 		 1297 aa  2284    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3650  hypothetical protein  87.82 
 
 		 1297 aa  2279    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2907  type VI secretion protein IcmF  94.45 
 
 		 1315 aa  2383    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.531051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0420  type VI secretion protein IcmF  99.62 
 
 		 1313 aa  2665    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.419198  normal  0.652814 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3151  hypothetical protein  87.82 
 
 		 1297 aa  2279    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2773  type VI secretion protein IcmF  26.86 
 
 		 1265 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.276817  normal  0.540963 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2631  ImcF domain-containing protein  26.25 
 
 		 1267 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.390277  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3091  hypothetical protein  26.17 
 
 		 1267 aa  405  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.986291 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4962  hypothetical protein  26.25 
 
 		 1310 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2501  type VI secretion protein IcmF  26.67 
 
 		 1268 aa  403  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.761474 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2775  OmpA/MotB domain-containing protein  34.05 
 
 		 831 aa  301  4e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.414663  normal  0.366632 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4964  OmpA/MotB  29.8 
 
 		 830 aa  298  6e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2633  OmpA/MotB domain-containing protein  30.63 
 
 		 831 aa  297  1e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2499  OmpA/MotB domain-containing protein  29.75 
 
 		 831 aa  295  3e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.306062  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3090  OmpA domain-containing protein  30.63 
 
 		 831 aa  295  5e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2260  OmpA/MotB  31.01 
 
 		 830 aa  288  5e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0516  type VI secretion protein IcmF  34 
 
 		 1199 aa  286  2.0000000000000002e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2811  hypothetical protein  31.88 
 
 		 1195 aa  275  3e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0148  hypothetical protein  32.7 
 
 		 1176 aa  269  2e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.201488  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3000  ImcF domain-containing protein  30.51 
 
 		 1212 aa  267  8.999999999999999e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0213  type VI secretion protein IcmF  31.51 
 
 		 1211 aa  259  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1592  hypothetical protein  31.91 
 
 		 1208 aa  260  2e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.727557  normal  0.457538 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26710  hypothetical protein  34.19 
 
 		 1205 aa  259  2e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0957907  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000016  IcmF-related protein  30.35 
 
 		 1172 aa  258  4e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00910  hypothetical protein  34.41 
 
 		 1102 aa  258  6e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.617351  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2464  type VI secretion protein IcmF  33.44 
 
 		 1207 aa  257  9e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0254  putative lipoprotein  31.63 
 
 		 1209 aa  257  9e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.452905  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0399  putative lipoprotein  30.97 
 
 		 1209 aa  252  3e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.196026  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1593  putative lipoprotein  30.97 
 
 		 1209 aa  252  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.736034  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1778  putative lipoprotein  30.97 
 
 		 1209 aa  252  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0448  ImcF-related protein  30.97 
 
 		 1209 aa  252  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2373  ImcF domain-containing protein  29.57 
 
 		 1182 aa  251  4e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.720279  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1204  SciS protein  30.94 
 
 		 1209 aa  251  6e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263659  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2965  ImcF-related protein  30.97 
 
 		 1209 aa  251  7e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.449228  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2840  ImcF-related protein  30.97 
 
 		 1209 aa  251  7e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4057  type VI secretion protein IcmF  31.31 
 
 		 1220 aa  251  8e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000260588 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2316  ImcF domain-containing protein  33.27 
 
 		 1171 aa  249  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00185575  hitchhiker  0.000165437 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3846  type VI secretion protein IcmF  32.89 
 
 		 1218 aa  248  6e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0318709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1473  ImcF domain-containing protein  36.41 
 
 		 1209 aa  243  1e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00250  SciS protein  30.85 
 
 		 1152 aa  239  3e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2352  type VI secretion protein IcmF  34.31 
 
 		 1181 aa  238  6e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0163  ImcF/SciS family protein  35.27 
 
 		 1302 aa  235  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.136069  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1610  SciS protein  35.27 
 
 		 1302 aa  234  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.17347  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0140  ImcF/SciS family protein  35.27 
 
 		 1302 aa  234  9e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2262  ImcF-related  31.38 
 
 		 1335 aa  231  6e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.295752  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1522  hypothetical protein  28.45 
 
 		 1181 aa  230  1e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.29104 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2881  type VI secretion protein IcmF  32.26 
 
 		 1148 aa  225  4.9999999999999996e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0619949 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3487  hypothetical protein  35.16 
 
 		 1173 aa  224  9e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.883094  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3131  ImcF domain-containing protein  38.3 
 
 		 1173 aa  219  2e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  unclonable  0.00864499  normal  0.238793 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2453  ImcF domain-containing protein  38.35 
 
 		 1176 aa  219  4e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.322795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6041  IcmF family protein  30.24 
 
 		 1164 aa  217  9.999999999999999e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693404  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0274  hypothetical protein  29.2 
 
 		 1154 aa  216  1.9999999999999998e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0127  putative lipoprotein  33.41 
 
 		 1302 aa  216  2.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0534605  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3035  ImcF-related  32.49 
 
 		 1157 aa  209  3e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.393455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3048  type VI secretion protein IcmF  38.46 
 
 		 1204 aa  207  1e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0318  type VI secretion protein IcmF  32.69 
 
 		 1289 aa  205  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.277614 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0306  SciS protein  32.69 
 
 		 1289 aa  204  6e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.422511 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0311  type VI secretion protein IcmF  32.69 
 
 		 1289 aa  204  6e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685526 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0323  type VI secretion protein IcmF  32.69 
 
 		 1289 aa  204  7e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5271  hypothetical protein  26.15 
 
 		 1156 aa  202  3.9999999999999996e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3166  hypothetical protein  30.8 
 
 		 1150 aa  201  7.999999999999999e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0018  hypothetical protein  28.2 
 
 		 1204 aa  198  5.000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.551518  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2088  ImcF domain-containing protein  34.68 
 
 		 1175 aa  197  1e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0633  ImcF-like protein  26.61 
 
 		 1115 aa  188  5e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.201654 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5577  hypothetical protein  30.64 
 
 		 1179 aa  188  8e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0104  ImcF domain-containing protein  29.65 
 
 		 1179 aa  187  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6679  type VI secretion protein IcmF  30.04 
 
 		 1302 aa  186  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.79071  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5418  hypothetical protein  29.43 
 
 		 1192 aa  184  7e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0934  type VI secretion protein IcmF  27.24 
 
 		 1329 aa  184  8.000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3022  type VI secretion protein IcmF  30.45 
 
 		 1302 aa  183  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3655  hypothetical protein  22.93 
 
 		 1272 aa  180  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.851877 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3603  hypothetical protein  29.61 
 
 		 1175 aa  167  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.269333  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2591  ImcF domain-containing protein  24.92 
 
 		 1140 aa  163  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0795  hypothetical protein  25.08 
 
 		 1140 aa  162  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3247  ImcF domain-containing protein  24.43 
 
 		 1114 aa  162  4e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2911  ImcF domain-containing protein  23.57 
 
 		 1094 aa  162  4e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.951042  normal  0.253398 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42900  hypothetical protein  33.73 
 
 		 1175 aa  162  5e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.376126 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2989  hypothetical protein  24.76 
 
 		 1140 aa  161  8e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000392845 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2495  hypothetical protein  24.92 
 
 		 1140 aa  160  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.963407  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1205  hypothetical protein  29.11 
 
 		 1134 aa  160  2e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1673  type VI secretion protein IcmF  27.99 
 
 		 1268 aa  158  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0143992 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2554  hypothetical protein  26.04 
 
 		 1168 aa  158  6e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.024238  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1798  ImcF domain-containing protein  23.76 
 
 		 1067 aa  156  2.9999999999999998e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.516304 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3045  hypothetical protein  27.71 
 
 		 1133 aa  154  2e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1937  type VI secretion protein IcmF  29.04 
 
 		 1150 aa  152  5e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.502152  normal  0.887242 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1373  hypothetical protein  28.77 
 
 		 1275 aa  151  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>