169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2316 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_006349  BMAA0399  putative lipoprotein  37.15 
 
 
1209 aa  731    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.196026  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4057  type VI secretion protein IcmF  41.33 
 
 
1220 aa  794    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000260588 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3000  ImcF domain-containing protein  37.15 
 
 
1212 aa  712    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1204  SciS protein  37.15 
 
 
1209 aa  733    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263659  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26710  hypothetical protein  40.37 
 
 
1205 aa  761    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0957907  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1592  hypothetical protein  36.68 
 
 
1208 aa  721    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.727557  normal  0.457538 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0254  putative lipoprotein  37.4 
 
 
1209 aa  731    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.452905  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2464  type VI secretion protein IcmF  35.3 
 
 
1207 aa  638    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1522  hypothetical protein  32.97 
 
 
1181 aa  638    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.29104 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2373  ImcF domain-containing protein  35.37 
 
 
1182 aa  697    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.720279  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00910  hypothetical protein  78.42 
 
 
1102 aa  1764    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.617351  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0148  hypothetical protein  78.16 
 
 
1176 aa  1887    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.201488  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3846  type VI secretion protein IcmF  40.03 
 
 
1218 aa  780    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0318709  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000016  IcmF-related protein  35.36 
 
 
1172 aa  723    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1473  ImcF domain-containing protein  39.56 
 
 
1209 aa  784    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1593  putative lipoprotein  37.15 
 
 
1209 aa  731    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.736034  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0516  type VI secretion protein IcmF  41.65 
 
 
1199 aa  854    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1778  putative lipoprotein  37.15 
 
 
1209 aa  731    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2965  ImcF-related protein  37.15 
 
 
1209 aa  731    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.449228  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2840  ImcF-related protein  37.15 
 
 
1209 aa  731    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0448  ImcF-related protein  37.15 
 
 
1209 aa  731    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0213  type VI secretion protein IcmF  38.12 
 
 
1211 aa  783    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2316  ImcF domain-containing protein  100 
 
 
1171 aa  2356    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00185575  hitchhiker  0.000165437 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2088  ImcF domain-containing protein  36.87 
 
 
1175 aa  645    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2352  type VI secretion protein IcmF  34.26 
 
 
1181 aa  585  1.0000000000000001e-165  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6041  IcmF family protein  29.48 
 
 
1164 aa  541  9.999999999999999e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693404  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2453  ImcF domain-containing protein  34.38 
 
 
1176 aa  541  9.999999999999999e-153  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.322795  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0140  ImcF/SciS family protein  30.84 
 
 
1302 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3022  type VI secretion protein IcmF  31 
 
 
1302 aa  538  1e-151  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1610  SciS protein  30.84 
 
 
1302 aa  538  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.17347  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0163  ImcF/SciS family protein  30.76 
 
 
1302 aa  537  1e-151  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.136069  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1673  type VI secretion protein IcmF  31.58 
 
 
1268 aa  536  1e-150  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0143992 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3487  hypothetical protein  33.42 
 
 
1173 aa  530  1e-149  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.883094  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3131  ImcF domain-containing protein  33.25 
 
 
1173 aa  530  1e-149  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  unclonable  0.00864499  normal  0.238793 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0127  putative lipoprotein  30.64 
 
 
1302 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0534605  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3048  type VI secretion protein IcmF  34.03 
 
 
1204 aa  515  1e-144  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2881  type VI secretion protein IcmF  33.62 
 
 
1148 aa  509  1e-143  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0619949 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6679  type VI secretion protein IcmF  30.65 
 
 
1302 aa  506  1e-141  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.79071  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3035  ImcF-related  31.92 
 
 
1157 aa  505  1e-141  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.393455  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6108  type VI secretion protein IcmF  29.55 
 
 
1348 aa  487  1e-136  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.916616 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0934  type VI secretion protein IcmF  29.4 
 
 
1329 aa  489  1e-136  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00250  SciS protein  32.99 
 
 
1152 aa  489  1e-136  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0318  type VI secretion protein IcmF  30.82 
 
 
1289 aa  480  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.277614 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0306  SciS protein  30.74 
 
 
1289 aa  478  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.422511 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0311  type VI secretion protein IcmF  30.58 
 
 
1289 aa  475  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00685526 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0323  type VI secretion protein IcmF  30.58 
 
 
1289 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5418  hypothetical protein  30.52 
 
 
1192 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5577  hypothetical protein  30.62 
 
 
1179 aa  450  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0104  ImcF domain-containing protein  30.16 
 
 
1179 aa  446  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2554  hypothetical protein  30.4 
 
 
1168 aa  423  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.024238  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3603  hypothetical protein  30.07 
 
 
1175 aa  425  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.269333  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1823  hypothetical protein  28.87 
 
 
1332 aa  419  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42900  hypothetical protein  30.07 
 
 
1175 aa  415  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.376126 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3485  ImcF domain-containing protein  30.63 
 
 
1365 aa  411  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.547503 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1209  ImcF domain-containing protein  27.24 
 
 
1182 aa  403  9.999999999999999e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.177502  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2516  type VI secretion protein IcmF  26.26 
 
 
1187 aa  399  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3182  type VI secretion protein IcmF  27.56 
 
 
1317 aa  394  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0388038 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1373  hypothetical protein  26.49 
 
 
1275 aa  395  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2085  putative membrane protein, SciS/IcmF-like  29.48 
 
 
1365 aa  394  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.842355 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1485  type VI secretion protein IcmF  26.49 
 
 
1275 aa  395  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0992  hypothetical protein  29.67 
 
 
1369 aa  388  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.894672  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3922  type VI secretion protein IcmF  30.86 
 
 
1366 aa  385  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.298439  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2811  hypothetical protein  26.78 
 
 
1195 aa  385  1e-105  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1689  SciS protein  31.34 
 
 
1358 aa  381  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.79205  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0327  ImcF/SciS family protein  31.34 
 
 
1358 aa  380  1e-104  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0236  ImcF/SciS family protein  31.34 
 
 
1358 aa  380  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3720  Fis family transcriptional regulator  27.71 
 
 
1194 aa  376  1e-102  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1937  type VI secretion protein IcmF  26.63 
 
 
1150 aa  360  9.999999999999999e-98  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.502152  normal  0.887242 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4071  hypothetical protein  27.02 
 
 
1208 aa  349  1e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.00000209226 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3421  hypothetical protein  25.35 
 
 
1164 aa  349  2e-94  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3550  type VI secretion protein IcmF  25.19 
 
 
1164 aa  348  4e-94  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.267985  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0016  hypothetical protein  26.98 
 
 
1008 aa  332  3e-89  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2130  ImcF domain-containing protein  27.09 
 
 
1206 aa  323  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2627  hypothetical protein  26.96 
 
 
1206 aa  322  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0057  ImcF domain-containing protein  29.29 
 
 
1205 aa  319  2e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3221  type VI secretion protein IcmF  27.03 
 
 
1194 aa  319  2e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.79348  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2794  type VI secretion protein IcmF  25.87 
 
 
1165 aa  317  9.999999999999999e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3242  type VI secretion protein IcmF  24.9 
 
 
1165 aa  310  8e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.748769  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0326  putative lipoprotein  26.29 
 
 
1177 aa  308  5.0000000000000004e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0399  type VI secretion protein IcmF  26.29 
 
 
1177 aa  308  5.0000000000000004e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2188  hypothetical protein  26.71 
 
 
1270 aa  305  2.0000000000000002e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04696  ImcF-related family  26.91 
 
 
1230 aa  304  5.000000000000001e-81  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00810675  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1083  type VI secretion protein IcmF  24.81 
 
 
1165 aa  300  1e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.199978  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3625  hypothetical protein  26.58 
 
 
1297 aa  298  4e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2826  hypothetical protein  26.64 
 
 
1297 aa  298  5e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0050  hypothetical protein  26.64 
 
 
1297 aa  298  5e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.485623  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1717  hypothetical protein  26.64 
 
 
1297 aa  298  5e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.624106  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3650  hypothetical protein  26.64 
 
 
1297 aa  298  5e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3151  hypothetical protein  26.64 
 
 
1297 aa  298  5e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3632  hypothetical protein  26.26 
 
 
1297 aa  297  6e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.20293  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2954  ImcF-like family protein  26.77 
 
 
1301 aa  297  7e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.858657  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4923  type VI secretion protein IcmF  26.5 
 
 
1288 aa  289  2e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.163369 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1885  ImcF-like family protein  26.02 
 
 
1164 aa  282  3e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0217268  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1026  hypothetical protein  26.01 
 
 
1167 aa  278  4e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.170738  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0805  hypothetical protein  26.01 
 
 
1167 aa  278  4e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00300591  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0717  hypothetical protein  26.01 
 
 
1167 aa  278  4e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.319931  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2000  hypothetical protein  26.01 
 
 
1167 aa  278  4e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0454  hypothetical protein  26.01 
 
 
1147 aa  266  1e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.141895  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01945  hypothetical protein  36.4 
 
 
1313 aa  261  7e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.206649 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3575  hypothetical protein  33.57 
 
 
1315 aa  259  3e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>