148 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3045 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU3166  hypothetical protein  42.84 
 
 		 1150 aa  814    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0274  hypothetical protein  41.11 
 
 		 1154 aa  835    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1205  hypothetical protein  93.21 
 
 		 1134 aa  2128    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3045  hypothetical protein  100 
 
 		 1133 aa  2298    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0855  putative lipoprotein  28.28 
 
 		 1296 aa  334  6e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0883646  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0619  hypothetical protein  32.15 
 
 		 1355 aa  204  7e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.104026  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0730  hypothetical protein  32.15 
 
 		 1322 aa  204  7e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.224461  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1688  hypothetical protein  32.15 
 
 		 1319 aa  204  7e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0729.1  hypothetical protein  32.15 
 
 		 1525 aa  204  9e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2040  hypothetical protein  31.69 
 
 		 1334 aa  201  7e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0549  hypothetical protein  31.69 
 
 		 1299 aa  201  9e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.553275  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0017  hypothetical protein  22.25 
 
 		 1140 aa  199  2.0000000000000003e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.075528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2138  hypothetical protein  31.48 
 
 		 1328 aa  199  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00910  hypothetical protein  30.07 
 
 		 1102 aa  163  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.617351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2373  ImcF domain-containing protein  29.31 
 
 		 1182 aa  162  3e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.720279  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4964  OmpA/MotB  28.8 
 
 		 830 aa  162  4e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0148  hypothetical protein  30.07 
 
 		 1176 aa  162  5e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.201488  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2775  OmpA/MotB domain-containing protein  28.34 
 
 		 831 aa  160  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.414663  normal  0.366632 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3846  type VI secretion protein IcmF  27.52 
 
 		 1218 aa  159  4e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0318709  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2499  OmpA/MotB domain-containing protein  27.55 
 
 		 831 aa  158  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.306062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0420  type VI secretion protein IcmF  30.55 
 
 		 1313 aa  157  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.419198  normal  0.652814 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4923  type VI secretion protein IcmF  28.49 
 
 		 1288 aa  156  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.163369 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2907  type VI secretion protein IcmF  30.11 
 
 		 1315 aa  156  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.531051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0393  ImcF domain-containing protein  30.11 
 
 		 1313 aa  156  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.145892  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3090  OmpA domain-containing protein  27.74 
 
 		 831 aa  155  5e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2633  OmpA/MotB domain-containing protein  27.55 
 
 		 831 aa  154  7e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2826  hypothetical protein  28.83 
 
 		 1297 aa  154  1e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3632  hypothetical protein  28.83 
 
 		 1297 aa  153  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.20293  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6041  IcmF family protein  28.57 
 
 		 1164 aa  153  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693404  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2954  ImcF-like family protein  28.84 
 
 		 1301 aa  153  1e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.858657  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0050  hypothetical protein  28.83 
 
 		 1297 aa  154  1e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.485623  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1717  hypothetical protein  28.83 
 
 		 1297 aa  154  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.624106  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3650  hypothetical protein  28.83 
 
 		 1297 aa  153  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3151  hypothetical protein  28.83 
 
 		 1297 aa  154  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3625  hypothetical protein  28.83 
 
 		 1297 aa  153  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1522  hypothetical protein  28.66 
 
 		 1181 aa  152  4e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.29104 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2316  ImcF domain-containing protein  27.51 
 
 		 1171 aa  151  6e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00185575  hitchhiker  0.000165437 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000016  IcmF-related protein  26.62 
 
 		 1172 aa  151  7e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00250  SciS protein  32.99 
 
 		 1152 aa  151  9e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2811  hypothetical protein  32.84 
 
 		 1195 aa  150  1.0000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3575  hypothetical protein  29.32 
 
 		 1315 aa  150  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2453  ImcF domain-containing protein  32.68 
 
 		 1176 aa  149  4.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.322795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3487  hypothetical protein  33.53 
 
 		 1173 aa  148  6e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.883094  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2620  ImcF-related  28.88 
 
 		 1314 aa  148  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0485  ImcF domain-containing protein  28.88 
 
 		 1314 aa  148  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.752194  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0459  type VI secretion protein IcmF  28.88 
 
 		 1314 aa  148  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.821669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1473  ImcF domain-containing protein  24.85 
 
 		 1209 aa  147  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4057  type VI secretion protein IcmF  32.56 
 
 		 1220 aa  146  3e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000260588 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04696  ImcF-related family  29.2 
 
 		 1230 aa  144  7e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00810675  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3131  ImcF domain-containing protein  33.24 
 
 		 1173 aa  144  7e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  unclonable  0.00864499  normal  0.238793 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0399  putative lipoprotein  29.27 
 
 		 1209 aa  143  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.196026  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2352  type VI secretion protein IcmF  30.08 
 
 		 1181 aa  143  1.9999999999999998e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1593  putative lipoprotein  29.27 
 
 		 1209 aa  143  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.736034  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1778  putative lipoprotein  29.27 
 
 		 1209 aa  143  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2464  type VI secretion protein IcmF  33.33 
 
 		 1207 aa  143  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0448  ImcF-related protein  29.27 
 
 		 1209 aa  143  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0104  ImcF domain-containing protein  31.95 
 
 		 1179 aa  143  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0213  type VI secretion protein IcmF  28.1 
 
 		 1211 aa  143  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2188  hypothetical protein  27.52 
 
 		 1270 aa  142  3e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26710  hypothetical protein  26.32 
 
 		 1205 aa  142  3.9999999999999997e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0957907  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2260  OmpA/MotB  28.04 
 
 		 830 aa  142  3.9999999999999997e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1204  SciS protein  29.04 
 
 		 1209 aa  141  7e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263659  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2965  ImcF-related protein  29.04 
 
 		 1209 aa  141  7e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.449228  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2840  ImcF-related protein  29.04 
 
 		 1209 aa  141  7e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01945  hypothetical protein  30.81 
 
 		 1313 aa  140  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.206649 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1592  hypothetical protein  35.04 
 
 		 1208 aa  140  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.727557  normal  0.457538 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0254  putative lipoprotein  32.53 
 
 		 1209 aa  140  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.452905  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5418  hypothetical protein  31.66 
 
 		 1192 aa  140  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2554  hypothetical protein  31.37 
 
 		 1168 aa  135  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.024238  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3035  ImcF-related  27.84 
 
 		 1157 aa  135  3.9999999999999996e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.393455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5577  hypothetical protein  29.59 
 
 		 1179 aa  134  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0163  ImcF/SciS family protein  32.76 
 
 		 1302 aa  133  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.136069  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1610  SciS protein  32.76 
 
 		 1302 aa  132  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.17347  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0140  ImcF/SciS family protein  32.76 
 
 		 1302 aa  132  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3000  ImcF domain-containing protein  29.62 
 
 		 1212 aa  132  4.0000000000000003e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42900  hypothetical protein  33.33 
 
 		 1175 aa  130  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.376126 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3603  hypothetical protein  33.33 
 
 		 1175 aa  130  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.269333  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0516  type VI secretion protein IcmF  27.95 
 
 		 1199 aa  127  8.000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2262  ImcF-related  34.08 
 
 		 1335 aa  126  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.295752  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3048  type VI secretion protein IcmF  31.01 
 
 		 1204 aa  125  4e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2088  ImcF domain-containing protein  30.02 
 
 		 1175 aa  124  8e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2516  type VI secretion protein IcmF  25.65 
 
 		 1187 aa  124  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6679  type VI secretion protein IcmF  32.11 
 
 		 1302 aa  123  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.79071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3022  type VI secretion protein IcmF  33.33 
 
 		 1302 aa  123  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2881  type VI secretion protein IcmF  30.23 
 
 		 1148 aa  120  9.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0619949 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1937  type VI secretion protein IcmF  29.43 
 
 		 1150 aa  120  1.9999999999999998e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.502152  normal  0.887242 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1485  type VI secretion protein IcmF  29.16 
 
 		 1275 aa  119  5e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1373  hypothetical protein  29.16 
 
 		 1275 aa  119  5e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0127  putative lipoprotein  31.02 
 
 		 1302 aa  118  6e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0534605  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3720  Fis family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 1194 aa  112  3e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1209  ImcF domain-containing protein  23.25 
 
 		 1182 aa  112  5e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.177502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4962  hypothetical protein  32.01 
 
 		 1310 aa  110  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0323  type VI secretion protein IcmF  34.3 
 
 		 1289 aa  109  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0306  SciS protein  34.3 
 
 		 1289 aa  110  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.422511 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0311  type VI secretion protein IcmF  34.3 
 
 		 1289 aa  110  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685526 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0318  type VI secretion protein IcmF  34.3 
 
 		 1289 aa  110  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.277614 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1673  type VI secretion protein IcmF  33.09 
 
 		 1268 aa  108  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0143992 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2130  ImcF domain-containing protein  24.7 
 
 		 1206 aa  108  8e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2627  hypothetical protein  23.93 
 
 		 1206 aa  105  7e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3091  hypothetical protein  31.27 
 
 		 1267 aa  104  9e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.986291 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>