167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3487 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007494  RSP_3487  hypothetical protein  100 
 
 
1173 aa  2289    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.883094  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2453  ImcF domain-containing protein  63.95 
 
 
1176 aa  1384    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.322795  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3131  ImcF domain-containing protein  98.12 
 
 
1173 aa  2246    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  unclonable  0.00864499  normal  0.238793 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0148  hypothetical protein  33 
 
 
1176 aa  554  1e-156  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.201488  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2316  ImcF domain-containing protein  34.01 
 
 
1171 aa  547  1e-154  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00185575  hitchhiker  0.000165437 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00910  hypothetical protein  33.27 
 
 
1102 aa  534  1e-150  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.617351  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0516  type VI secretion protein IcmF  32.39 
 
 
1199 aa  497  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0213  type VI secretion protein IcmF  31.92 
 
 
1211 aa  490  1e-137  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2373  ImcF domain-containing protein  28.81 
 
 
1182 aa  487  1e-136  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.720279  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1473  ImcF domain-containing protein  31.4 
 
 
1209 aa  489  1e-136  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4057  type VI secretion protein IcmF  32.73 
 
 
1220 aa  485  1e-135  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000260588 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1592  hypothetical protein  32.67 
 
 
1208 aa  484  1e-135  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.727557  normal  0.457538 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2088  ImcF domain-containing protein  33.31 
 
 
1175 aa  483  1e-135  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26710  hypothetical protein  32.82 
 
 
1205 aa  480  1e-134  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0957907  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3846  type VI secretion protein IcmF  32.04 
 
 
1218 aa  471  1.0000000000000001e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0318709  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0254  putative lipoprotein  32.28 
 
 
1209 aa  469  9.999999999999999e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.452905  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0399  putative lipoprotein  32.46 
 
 
1209 aa  466  1e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.196026  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1204  SciS protein  32.49 
 
 
1209 aa  463  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263659  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000016  IcmF-related protein  27.41 
 
 
1172 aa  466  1e-129  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1593  putative lipoprotein  32.46 
 
 
1209 aa  466  1e-129  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.736034  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1778  putative lipoprotein  32.46 
 
 
1209 aa  466  1e-129  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2965  ImcF-related protein  32.46 
 
 
1209 aa  466  1e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.449228  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2840  ImcF-related protein  32.46 
 
 
1209 aa  466  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0448  ImcF-related protein  32.46 
 
 
1209 aa  466  1e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2352  type VI secretion protein IcmF  30.1 
 
 
1181 aa  453  1e-125  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1522  hypothetical protein  29.02 
 
 
1181 aa  445  1e-123  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.29104 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2464  type VI secretion protein IcmF  29.74 
 
 
1207 aa  445  1e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3000  ImcF domain-containing protein  30.3 
 
 
1212 aa  442  9.999999999999999e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3048  type VI secretion protein IcmF  34.72 
 
 
1204 aa  437  1e-121  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1610  SciS protein  31.05 
 
 
1302 aa  432  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.17347  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6041  IcmF family protein  29.17 
 
 
1164 aa  432  1e-119  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693404  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0163  ImcF/SciS family protein  30.89 
 
 
1302 aa  429  1e-118  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.136069  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0140  ImcF/SciS family protein  30.97 
 
 
1302 aa  429  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1673  type VI secretion protein IcmF  30 
 
 
1268 aa  402  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0143992 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0127  putative lipoprotein  29.91 
 
 
1302 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0534605  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0934  type VI secretion protein IcmF  29.42 
 
 
1329 aa  396  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00250  SciS protein  32.69 
 
 
1152 aa  395  1e-108  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2881  type VI secretion protein IcmF  31.53 
 
 
1148 aa  379  1e-103  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0619949 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5418  hypothetical protein  27.98 
 
 
1192 aa  375  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3022  type VI secretion protein IcmF  29.67 
 
 
1302 aa  374  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6108  type VI secretion protein IcmF  28.96 
 
 
1348 aa  375  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.916616 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6679  type VI secretion protein IcmF  29.16 
 
 
1302 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.79071  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5577  hypothetical protein  27.65 
 
 
1179 aa  356  2e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2554  hypothetical protein  28.49 
 
 
1168 aa  352  3e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.024238  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0104  ImcF domain-containing protein  28.91 
 
 
1179 aa  340  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0318  type VI secretion protein IcmF  28.12 
 
 
1289 aa  335  3e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.277614 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3603  hypothetical protein  27.96 
 
 
1175 aa  335  3e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.269333  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1823  hypothetical protein  29.12 
 
 
1332 aa  334  6e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0311  type VI secretion protein IcmF  28.04 
 
 
1289 aa  332  3e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00685526 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0306  SciS protein  27.96 
 
 
1289 aa  331  5.0000000000000004e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.422511 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42900  hypothetical protein  27.73 
 
 
1175 aa  331  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.376126 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0323  type VI secretion protein IcmF  27.96 
 
 
1289 aa  329  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2811  hypothetical protein  27.16 
 
 
1195 aa  326  1e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2085  putative membrane protein, SciS/IcmF-like  30.29 
 
 
1365 aa  314  4.999999999999999e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.842355 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0992  hypothetical protein  29.98 
 
 
1369 aa  309  2.0000000000000002e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.894672  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3485  ImcF domain-containing protein  29.32 
 
 
1365 aa  307  9.000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.547503 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1209  ImcF domain-containing protein  25.52 
 
 
1182 aa  304  8.000000000000001e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.177502  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3182  type VI secretion protein IcmF  27.96 
 
 
1317 aa  301  5e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0388038 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1373  hypothetical protein  24.35 
 
 
1275 aa  284  8.000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1485  type VI secretion protein IcmF  24.35 
 
 
1275 aa  284  8.000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1689  SciS protein  30.42 
 
 
1358 aa  281  4e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.79205  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0327  ImcF/SciS family protein  30.42 
 
 
1358 aa  281  4e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0236  ImcF/SciS family protein  30.46 
 
 
1358 aa  280  1e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3922  type VI secretion protein IcmF  29.11 
 
 
1366 aa  277  1.0000000000000001e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.298439  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2516  type VI secretion protein IcmF  22.98 
 
 
1187 aa  273  1e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2188  hypothetical protein  26.53 
 
 
1270 aa  268  4e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1937  type VI secretion protein IcmF  24.38 
 
 
1150 aa  266  2e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.502152  normal  0.887242 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2130  ImcF domain-containing protein  26.6 
 
 
1206 aa  264  6e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0016  hypothetical protein  26.38 
 
 
1008 aa  262  3e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2627  hypothetical protein  26.39 
 
 
1206 aa  251  4e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3035  ImcF-related  37.5 
 
 
1157 aa  250  1e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.393455  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3221  type VI secretion protein IcmF  26.03 
 
 
1194 aa  249  2e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.79348  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04696  ImcF-related family  26.64 
 
 
1230 aa  246  1.9999999999999999e-63  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00810675  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4071  hypothetical protein  25 
 
 
1208 aa  242  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.00000209226 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4923  type VI secretion protein IcmF  33.07 
 
 
1288 aa  237  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.163369 
 
 
-
 
NC_003296  RS01945  hypothetical protein  39.89 
 
 
1313 aa  235  3e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.206649 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0393  ImcF domain-containing protein  36.5 
 
 
1313 aa  229  3e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.145892  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0420  type VI secretion protein IcmF  36.5 
 
 
1313 aa  229  3e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.419198  normal  0.652814 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2954  ImcF-like family protein  36.59 
 
 
1301 aa  228  4e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.858657  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2907  type VI secretion protein IcmF  37.09 
 
 
1315 aa  228  5.0000000000000005e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.531051  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2826  hypothetical protein  36.59 
 
 
1297 aa  228  6e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3632  hypothetical protein  36.59 
 
 
1297 aa  228  6e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.20293  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0050  hypothetical protein  36.59 
 
 
1297 aa  228  6e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.485623  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1717  hypothetical protein  36.59 
 
 
1297 aa  228  6e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.624106  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3625  hypothetical protein  36.59 
 
 
1297 aa  228  6e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3650  hypothetical protein  36.59 
 
 
1297 aa  228  6e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3151  hypothetical protein  36.59 
 
 
1297 aa  228  6e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3575  hypothetical protein  32.55 
 
 
1315 aa  227  8e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1099  type VI secretion protein IcmF  24.5 
 
 
1153 aa  226  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0459  type VI secretion protein IcmF  36.59 
 
 
1314 aa  225  4e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.821669  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2620  ImcF-related  36.59 
 
 
1314 aa  224  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0485  ImcF domain-containing protein  36.59 
 
 
1314 aa  224  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.752194  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2794  type VI secretion protein IcmF  25.58 
 
 
1165 aa  224  8e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3720  Fis family transcriptional regulator  25.25 
 
 
1194 aa  222  3e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1218  hypothetical protein  24.25 
 
 
1153 aa  222  3.9999999999999997e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.19667 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0399  type VI secretion protein IcmF  23.21 
 
 
1177 aa  221  6e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0326  putative lipoprotein  23.21 
 
 
1177 aa  221  6e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0057  ImcF domain-containing protein  27.57 
 
 
1205 aa  221  8.999999999999998e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1083  type VI secretion protein IcmF  25.38 
 
 
1165 aa  219  2e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.199978  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2262  ImcF-related  36.08 
 
 
1335 aa  197  1e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.295752  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>