More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0299 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_2351  60 kDa inner membrane insertion protein  54.21 
 
 		 616 aa  654    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0911692 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5081  60 kDa inner membrane insertion protein  52.79 
 
 		 624 aa  635    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.373544  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3503  60 kDa inner membrane insertion protein  54.21 
 
 		 617 aa  652    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0094107 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5377  YidC translocase/secretase  52.41 
 
 		 605 aa  636    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.137275  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1921  putative inner membrane protein translocase component YidC  53.18 
 
 		 616 aa  650    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.010841  normal  0.727979 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2630  YidC translocase/secretase  54.21 
 
 		 616 aa  642    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.380149  normal  0.0394817 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3074  putative inner membrane protein translocase component YidC  54.5 
 
 		 614 aa  661    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.374984  normal  0.974517 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3328  60 kDa inner membrane insertion protein  55.21 
 
 		 604 aa  647    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.348306  normal  0.0506937 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7326  putative inner membrane protein translocase component YidC  54.4 
 
 		 621 aa  645    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0683  putative inner membrane protein translocase component YidC  52.74 
 
 		 629 aa  640    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.902315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0817  putative inner membrane protein translocase component YidC  52.74 
 
 		 632 aa  657    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.75563 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0069  putative inner membrane protein translocase component YidC  53.77 
 
 		 621 aa  642    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.090165  decreased coverage  0.00200731 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3703  putative inner membrane protein translocase component YidC  53.77 
 
 		 609 aa  652    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2308  60 kDa inner membrane insertion protein  53.41 
 
 		 614 aa  654    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.093917 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0079  putative inner membrane protein translocase component YidC  53.52 
 
 		 597 aa  650    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0299  60 kDa inner membrane insertion protein  100 
 
 		 609 aa  1242    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0636  putative inner membrane protein translocase component YidC  54.01 
 
 		 622 aa  633  1e-180  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.168  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1201  60 kDa inner membrane insertion protein  53.4 
 
 		 600 aa  630  1e-179  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00276614 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0095  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.6 
 
 		 597 aa  619  1e-176  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.10916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0964  putative inner membrane protein translocase component YidC  52.61 
 
 		 610 aa  616  1e-175  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1361  putative inner membrane protein translocase component YidC  52.19 
 
 		 607 aa  614  9.999999999999999e-175  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.914877  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1023  putative inner membrane protein translocase component YidC  52.27 
 
 		 610 aa  614  9.999999999999999e-175  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0080  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.52 
 
 		 597 aa  615  9.999999999999999e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0122237  normal  0.388079 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0376  putative inner membrane protein translocase component YidC  52.04 
 
 		 609 aa  612  9.999999999999999e-175  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.388979  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0455  putative inner membrane protein translocase component YidC  49.68 
 
 		 620 aa  610  1e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.107055  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3339  putative inner membrane protein translocase component YidC  52.42 
 
 		 595 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.978164  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1048  putative inner membrane protein translocase component YidC  48.11 
 
 		 612 aa  578  1.0000000000000001e-163  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.0029293  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0458  protein translocase subunit yidC  44.2 
 
 		 592 aa  506  9.999999999999999e-143  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.836766 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0637  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.93 
 
 		 626 aa  502  1e-141  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0307  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.61 
 
 		 608 aa  499  1e-140  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.339153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0877  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.97 
 
 		 635 aa  500  1e-140  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0924516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2869  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.82 
 
 		 628 aa  496  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2725  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.01 
 
 		 623 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0447899 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1064  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.17 
 
 		 623 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0328  putative inner membrane protein translocase component YidC  45.25 
 
 		 606 aa  491  1e-137  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0640  putative inner membrane protein translocase component YidC  41.83 
 
 		 630 aa  477  1e-133  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.138762  normal  0.404491 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0004  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.5 
 
 		 584 aa  473  1e-132  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0662479 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0354  60 kDa inner membrane insertion protein  40.77 
 
 		 589 aa  462  1e-129  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.265544  normal  0.0945801 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2141  60 kDa inner membrane insertion protein  46.15 
 
 		 601 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0578  putative inner membrane protein translocase component YidC  38.89 
 
 		 600 aa  446  1.0000000000000001e-124  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.1977  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3617  putative inner membrane protein translocase component YidC  41.61 
 
 		 577 aa  434  1e-120  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.320662 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0782  putative inner membrane protein translocase component YidC  39.16 
 
 		 579 aa  434  1e-120  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0293  putative inner membrane protein translocase component YidC  37.5 
 
 		 579 aa  412  1e-113  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0237  putative inner membrane protein translocase component YidC  37.84 
 
 		 569 aa  390  1e-107  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.182056  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0402  inner membrane protein, 60 kDa  34.67 
 
 		 566 aa  359  9e-98  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3757  protein translocase subunit yidC  35.74 
 
 		 556 aa  337  3.9999999999999995e-91  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.189784 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2882  protein translocase subunit yidC  34.15 
 
 		 562 aa  275  1.0000000000000001e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.208936  normal  0.460711 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3143  inner-membrane protein  34.33 
 
 		 542 aa  274  3e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000171877  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4485  60 kDa inner membrane insertion protein  30.87 
 
 		 551 aa  274  4.0000000000000004e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00386094  hitchhiker  0.00000000260158 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4014  protein translocase subunit yidC  32.71 
 
 		 557 aa  272  1e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.308779 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6369  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.76 
 
 		 578 aa  265  1e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73410  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.59 
 
 		 578 aa  265  2e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.431479  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4293  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.34 
 
 		 544 aa  265  3e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.016276  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4616  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.09 
 
 		 543 aa  264  4e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.159313  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0102  60 kDa inner membrane insertion protein  34.03 
 
 		 559 aa  263  4.999999999999999e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3316  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.46 
 
 		 575 aa  263  1e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.783784  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2411  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family domain containing  30.54 
 
 		 570 aa  261  2e-68  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.705473  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3098  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.11 
 
 		 550 aa  261  2e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000113724 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1230  60 kDa inner membrane insertion protein  32.44 
 
 		 550 aa  261  3e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0120976  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5213  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.16 
 
 		 560 aa  260  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2085  60 kDa inner membrane insertion protein  32.19 
 
 		 557 aa  259  8e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.39067  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0003  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.07 
 
 		 541 aa  259  1e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0110357  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5444  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.8 
 
 		 560 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3623  60 kDa inner membrane insertion protein  32.97 
 
 		 542 aa  258  2e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4002  60 kDa inner membrane insertion protein  31.24 
 
 		 541 aa  257  4e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000355464  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0004  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.73 
 
 		 553 aa  257  5e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9905  normal  0.344368 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5309  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.62 
 
 		 560 aa  257  5e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.910149  normal  0.0868042 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3611  60 kDa inner membrane insertion protein  33.01 
 
 		 566 aa  257  5e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0006  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.62 
 
 		 560 aa  256  6e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000387778 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0028  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.1 
 
 		 545 aa  256  6e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.15409  normal  0.0935166 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4325  YidC translocase/secretase  31.24 
 
 		 541 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000679014  unclonable  0.00000000000486692 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4380  60 kDa inner membrane insertion protein  31.24 
 
 		 541 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000064378  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4521  60 kDa inner membrane insertion protein  31.24 
 
 		 541 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000305334  hitchhiker  0.000938862 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4379  60 kDa inner membrane insertion protein  31.24 
 
 		 541 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000322788  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4264  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.51 
 
 		 543 aa  256  1.0000000000000001e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00254597  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3037  inner membrane protein, 60 kDa  33.33 
 
 		 545 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2331  60 kDa inner membrane insertion protein  32.3 
 
 		 552 aa  255  2.0000000000000002e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0133  putative inner membrane protein translocase component YidC  28.43 
 
 		 541 aa  254  3e-66  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0580569  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3458  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.66 
 
 		 554 aa  254  4.0000000000000004e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3074  hypothetical protein  31.91 
 
 		 556 aa  254  4.0000000000000004e-66  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3460  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.11 
 
 		 555 aa  254  4.0000000000000004e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.03518  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2825  protein translocase subunit yidC  35.09 
 
 		 546 aa  254  4.0000000000000004e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4149  60 kDa inner membrane insertion protein  31.28 
 
 		 536 aa  254  4.0000000000000004e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52450  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.45 
 
 		 557 aa  253  7e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4149  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.6 
 
 		 548 aa  253  7e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000105437  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2930  hypothetical protein  31.91 
 
 		 556 aa  252  2e-65  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3613  putative inner membrane protein translocase component YidC  34.63 
 
 		 555 aa  251  2e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4035  putative inner membrane protein translocase component YidC  29.98 
 
 		 543 aa  252  2e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.247258  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3895  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.34 
 
 		 567 aa  251  2e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.676329  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3757  putative inner membrane protein translocase component YidC  33.85 
 
 		 554 aa  250  5e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4257  60 kDa inner membrane insertion protein  29.54 
 
 		 545 aa  250  6e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000606394  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3986  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.72 
 
 		 552 aa  249  7e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00436  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.97 
 
 		 540 aa  249  1e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4032  protein translocase subunit yidC  33.48 
 
 		 541 aa  249  1e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000158142  hitchhiker  0.000218645 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3087  60 kDa inner membrane insertion protein  31.02 
 
 		 545 aa  248  2e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.863197  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3940  protein translocase subunit yidC  33.48 
 
 		 541 aa  249  2e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000301662  unclonable  0.0000000000640431 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0888  60 kDa inner membrane insertion protein  30.86 
 
 		 539 aa  248  3e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00675947 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0004  inner membrane protein, 60 kDa  33.7 
 
 		 541 aa  247  4e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4466  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.38 
 
 		 552 aa  247  6e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.111062 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3642  60 kDa inner membrane insertion protein  31.74 
 
 		 530 aa  247  6e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0951488  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>