More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0876 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0876  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
274 aa  570  1e-162  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00939857  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0906  helix-turn-helix domain-containing protein  98.18 
 
 
274 aa  561  1e-159  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.472278 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0920  AraC family transcriptional regulator  94.16 
 
 
274 aa  538  1e-152  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100818  normal  0.609356 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4302  AraC family transcriptional regulator  89.22 
 
 
269 aa  497  1e-140  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2674  AraC family transcriptional regulator  73.66 
 
 
271 aa  405  1e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2152  AraC family transcriptional regulator  65.68 
 
 
275 aa  361  9e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.488211  normal  0.369795 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1703  putative transcriptional regulator  58.15 
 
 
294 aa  319  3e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0448635  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19800  AraC family transcriptional regulator  61.94 
 
 
247 aa  316  2e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2599  transcriptional regulator, AraC family  36.22 
 
 
373 aa  84.7  1e-15  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2491  response regulator receiver protein  35.59 
 
 
379 aa  75.5  8e-13  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00299433  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1550  AraC family transcriptional regulator  32.76 
 
 
383 aa  73.2  4e-12  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  4.34853e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3809  transcriptional regulator, AraC family  35.96 
 
 
376 aa  72.4  7e-12  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3101  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30 
 
 
389 aa  72.4  8e-12  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.866891  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1306  transcriptional regulator, AraC family  29.85 
 
 
390 aa  71.6  1e-11  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4147  transcriptional regulator, AraC family  29.71 
 
 
438 aa  70.5  3e-11  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0286987  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0638  transcriptional regulator, AraC family  34.04 
 
 
377 aa  70.1  3e-11  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4113  transcriptional regulator, AraC family  35.65 
 
 
375 aa  69.3  6e-11  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.197438  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1285  helix-turn-helix domain-containing protein  30.91 
 
 
379 aa  69.3  7e-11  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112275  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3234  helix-turn-helix domain-containing protein  32.29 
 
 
106 aa  68.6  1e-10  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4331  transcriptional regulator, AraC family  32.28 
 
 
371 aa  66.2  5e-10  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248399  normal  0.118283 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0404  AraC family transcriptional regulator  37.08 
 
 
399 aa  65.9  7e-10  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2491  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 
385 aa  65.9  8e-10  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0841  AraC family transcriptional regulator  32.17 
 
 
392 aa  65.1  1e-09  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.271665 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2203  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 
285 aa  65.1  1e-09  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0328064 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0537  helix-turn-helix domain-containing protein  31.53 
 
 
349 aa  63.9  2e-09  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.379134  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0538  helix-turn-helix domain-containing protein  31.07 
 
 
353 aa  64.3  2e-09  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.214837  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1555  AraC family transcriptional regulator  30.99 
 
 
385 aa  64.3  2e-09  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294968  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2612  AraC family transcriptional regulator  39.18 
 
 
349 aa  63.5  3e-09  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2928  AraC family transcriptional regulator  28.44 
 
 
390 aa  63.9  3e-09  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0324  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
383 aa  63.5  4e-09  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.645662 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6150  transcriptional regulator, AraC family  32.38 
 
 
381 aa  63.2  4e-09  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0664  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 
422 aa  63.2  5e-09  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2170  helix-turn-helix, AraC type  29.81 
 
 
328 aa  63.2  5e-09  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3025  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 
390 aa  63.2  5e-09  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000202158 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2366  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 
370 aa  62.4  8e-09  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0180  AraC family transcriptional regulator  29.86 
 
 
378 aa  62.4  8e-09  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.34579  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0802  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 
381 aa  62.4  9e-09  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1528  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 
284 aa  62  1e-08  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3808  AraC family transcriptional regulator  34.04 
 
 
377 aa  61.6  1e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1038  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.78 
 
 
394 aa  60.8  2e-08  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.895405  normal  0.923131 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1147  response regulator receiver protein  25.86 
 
 
397 aa  60.5  3e-08  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3314  AraC family transcriptional regulator  35.96 
 
 
236 aa  60.5  3e-08  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.424952 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0312  AraC/XylS family transcriptional regulator  33.03 
 
 
347 aa  59.7  5e-08  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1626  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 
292 aa  59.3  7e-08  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.954407  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3057  AraC family transcriptional regulator  32.11 
 
 
389 aa  58.2  1e-07  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0161665  normal  0.0111828 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  28.35 
 
 
513 aa  57.4  2e-07  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3417  transcriptional regulator, AraC family  33.7 
 
 
279 aa  57  3e-07  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.27768  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3165  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.52 
 
 
389 aa  57.4  3e-07  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2295  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 
291 aa  57  3e-07  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1047  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 
285 aa  56.6  4e-07  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1891  transcriptional regulator, AraC family  28.3 
 
 
291 aa  55.8  6e-07  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2344  AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 
291 aa  55.8  7e-07  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.415258  decreased coverage  1.60682e-07 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3942  AraC family transcriptional regulator  28.69 
 
 
336 aa  55.8  7e-07  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466068  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3203  transcriptional regulator  28.69 
 
 
343 aa  55.8  7e-07  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123314  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3858  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
393 aa  55.5  8e-07  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1280  two component transcriptional regulator, AraC family  34.34 
 
 
492 aa  55.5  1e-06  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4053  AraC family transcriptional regulator  36.89 
 
 
277 aa  55.5  1e-06  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3715  transcriptional regulator, AraC family  32.61 
 
 
279 aa  55.5  1e-06  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.424878 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
296 aa  55.5  1e-06  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3084  response regulator receiver protein  34.69 
 
 
363 aa  54.7  2e-06  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0633  transcriptional regulator, AraC family  33.98 
 
 
362 aa  54.3  2e-06  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.311928  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2407  transcriptional regulator, AraC family  30.97 
 
 
399 aa  54.7  2e-06  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.411749  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  35.23 
 
 
791 aa  54.3  2e-06  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3204  AraC family transcriptional regulator  32.18 
 
 
317 aa  54.3  2e-06  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3613  AraC family transcriptional regulator  28.17 
 
 
385 aa  53.9  2e-06  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.350742  normal  0.0515113 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2274  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 
392 aa  54.3  2e-06  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.567279 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3739  helix-turn-helix domain-containing protein  29.76 
 
 
318 aa  53.5  4e-06  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.975676  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1639  AraC family transcriptional regulator  36.47 
 
 
270 aa  53.1  4e-06  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.066752 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0717  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
273 aa  53.5  4e-06  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0940778 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5383  AraC family transcriptional regulator  31.46 
 
 
237 aa  53.1  4e-06  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0279  transcriptional regulator, AraC family  35.56 
 
 
401 aa  53.1  4e-06  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0077  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  28.74 
 
 
289 aa  53.1  5e-06  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  32.61 
 
 
1335 aa  53.1  5e-06  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0220  two component transcriptional regulator, AraC family  29.06 
 
 
934 aa  52.8  6e-06  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.497584  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2284  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 
274 aa  52.8  7e-06  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  29.55 
 
 
515 aa  52.4  9e-06  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2982  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.07 
 
 
398 aa  52.4  9e-06  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383323  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3167  response regulator receiver protein  27.72 
 
 
406 aa  52  9e-06  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4229  transcriptional regulator, AraC family  31.67 
 
 
278 aa  52.4  9e-06  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0868  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 
336 aa  52  1e-05  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  31.76 
 
 
301 aa  51.6  1e-05  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3153  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 
364 aa  52  1e-05  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0756  sensory box sensor histidine kinase/DNA-binding response regulator  27.21 
 
 
993 aa  51.6  1e-05  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06471  hypothetical protein  28.74 
 
 
289 aa  52  1e-05  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  27.73 
 
 
300 aa  52  1e-05  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0853  transcriptional regulator, AraC family  31.91 
 
 
284 aa  51.6  1e-05  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 
301 aa  52  1e-05  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000611  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  27.27 
 
 
289 aa  52  1e-05  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0208776  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3410  transcriptional regulator, AraC family  26.36 
 
 
359 aa  51.6  1e-05  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.493578  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  31.46 
 
 
345 aa  51.2  2e-05  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3275  AraC/XylS family transcriptional regulator  31.37 
 
 
260 aa  51.2  2e-05  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0504601 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0179  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 
388 aa  51.2  2e-05  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0264145  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5692  transcriptional regulator, AraC family  28.41 
 
 
318 aa  51.2  2e-05  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 
382 aa  50.8  2e-05  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1975  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 
367 aa  50.8  2e-05  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998317  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3628  transcriptional regulator, AraC family  33.67 
 
 
156 aa  51.2  2e-05  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5388  transcriptional regulator, AraC family  29.31 
 
 
298 aa  50.8  2e-05  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.769805 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0879  transcriptional regulator, AraC family  26.36 
 
 
363 aa  51.2  2e-05  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4744  transcriptional regulator, AraC family  27.97 
 
 
157 aa  50.4  3e-05  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2406  transcriptional regulator, AraC family  33.03 
 
 
339 aa  50.4  3e-05  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0277312 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>