More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene P9301_10981 on replicon NC_009091
Organism: Prochlorococcus marinus str. MIT 9301



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  100 
 
 		 335 aa  673    Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  94.93 
 
 		 335 aa  647    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  97.01 
 
 		 335 aa  655    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  79.64 
 
 		 335 aa  556  1e-157  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  56.44 
 
 		 330 aa  382  1e-105  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  57.72 
 
 		 330 aa  383  1e-105  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0642  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  54.74 
 
 		 356 aa  369  1e-101  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  55.11 
 
 		 333 aa  370  1e-101  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21571  putative nitrogen regulation protein NifR3 family protein  54.86 
 
 		 336 aa  359  4e-98  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0855264 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.68 
 
 		 357 aa  323  2e-87  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.32 
 
 		 337 aa  321  9.999999999999999e-87  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  50.96 
 
 		 334 aa  320  1.9999999999999998e-86  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.89 
 
 		 350 aa  315  7e-85  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.35 
 
 		 336 aa  303  2.0000000000000002e-81  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  49.04 
 
 		 351 aa  304  2.0000000000000002e-81  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.35 
 
 		 336 aa  303  2.0000000000000002e-81  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0283  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.28 
 
 		 334 aa  253  4.0000000000000004e-66  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.85 
 
 		 332 aa  241  1e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.82 
 
 		 322 aa  240  2e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  43.46 
 
 		 320 aa  238  1e-61  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  38.71 
 
 		 333 aa  234  1.0000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.86 
 
 		 353 aa  233  4.0000000000000004e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.37 
 
 		 317 aa  231  1e-59  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.34 
 
 		 351 aa  231  1e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  41.14 
 
 		 331 aa  229  4e-59  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  39.74 
 
 		 319 aa  228  1e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  40.66 
 
 		 317 aa  226  3e-58  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.66 
 
 		 327 aa  227  3e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  38.29 
 
 		 322 aa  226  4e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  39.61 
 
 		 347 aa  226  4e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.89 
 
 		 328 aa  224  2e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.98 
 
 		 320 aa  223  3e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  38.7 
 
 		 353 aa  222  4.9999999999999996e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1517  NifR3 family TIM-barrel protein  37.11 
 
 		 350 aa  222  8e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0632964 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  39.4 
 
 		 350 aa  221  9.999999999999999e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.54 
 
 		 343 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.61 
 
 		 321 aa  220  1.9999999999999999e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.07 
 
 		 354 aa  219  3.9999999999999997e-56  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.13 
 
 		 332 aa  216  5e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.86 
 
 		 347 aa  215  7e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.36 
 
 		 337 aa  215  8e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.4 
 
 		 346 aa  215  9e-55  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.04 
 
 		 328 aa  214  9.999999999999999e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1745  YjbN family TIM-barrel protein  43.01 
 
 		 327 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.856345  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.86 
 
 		 326 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  38.26 
 
 		 318 aa  213  3.9999999999999995e-54  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  36.62 
 
 		 336 aa  212  7e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  37.34 
 
 		 347 aa  212  9e-54  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.31 
 
 		 348 aa  211  1e-53  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  36.05 
 
 		 333 aa  211  2e-53  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  36.48 
 
 		 342 aa  211  2e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.51 
 
 		 327 aa  209  4e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.95 
 
 		 347 aa  209  5e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  38.36 
 
 		 332 aa  209  6e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.2 
 
 		 352 aa  209  7e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.54 
 
 		 328 aa  209  7e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.94 
 
 		 354 aa  207  1e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.24 
 
 		 337 aa  208  1e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.61 
 
 		 331 aa  208  1e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  38.49 
 
 		 327 aa  207  2e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.08 
 
 		 352 aa  207  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.54 
 
 		 343 aa  207  2e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  35.69 
 
 		 326 aa  207  2e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.29 
 
 		 381 aa  207  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  35.42 
 
 		 326 aa  207  3e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  35.42 
 
 		 326 aa  207  3e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  37.2 
 
 		 343 aa  206  4e-52  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.82 
 
 		 353 aa  206  5e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  38.13 
 
 		 356 aa  206  6e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.73 
 
 		 346 aa  206  6e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  35.69 
 
 		 333 aa  206  6e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.63 
 
 		 355 aa  205  1e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.63 
 
 		 355 aa  204  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  38.93 
 
 		 332 aa  204  2e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.63 
 
 		 362 aa  204  2e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.82 
 
 		 325 aa  204  2e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  36.12 
 
 		 346 aa  204  2e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  36.49 
 
 		 353 aa  203  3e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1620  nifR3 family TIM-barrel protein  37.22 
 
 		 354 aa  203  3e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.04 
 
 		 321 aa  203  4e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1399  nifR3 family TIM-barrel protein  36.36 
 
 		 356 aa  202  5e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372686 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.7 
 
 		 321 aa  202  7e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  37.62 
 
 		 354 aa  202  8e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1580  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.88 
 
 		 350 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.11671  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.08 
 
 		 393 aa  201  9.999999999999999e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.61 
 
 		 356 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.57 
 
 		 327 aa  200  1.9999999999999998e-50  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  36.21 
 
 		 355 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  36.33 
 
 		 355 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  36.21 
 
 		 355 aa  200  3e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  35.47 
 
 		 356 aa  200  3e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.33 
 
 		 355 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  36.33 
 
 		 355 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.46 
 
 		 345 aa  199  5e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  37.46 
 
 		 322 aa  199  5e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.07 
 
 		 332 aa  199  5e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.29 
 
 		 329 aa  199  5e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.41 
 
 		 327 aa  199  5e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.33 
 
 		 355 aa  199  7e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0894  nifR3 family TIM-barrel protein  35.81 
 
 		 353 aa  198  7.999999999999999e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421594 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>