More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1850 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1850  Diaminopimelate epimerase  100 
 
 		 290 aa  578  1e-164  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.501367 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3404  diaminopimelate epimerase  59.93 
 
 		 297 aa  353  2e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.410121 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5335  diaminopimelate epimerase  58.11 
 
 		 325 aa  309  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0215  diaminopimelate epimerase  55.86 
 
 		 288 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.388683  normal  0.0159433 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3656  diaminopimelate epimerase  59.18 
 
 		 293 aa  301  7.000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0381626  hitchhiker  0.0055401 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0183  diaminopimelate epimerase  58.16 
 
 		 293 aa  298  8e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2947  Diaminopimelate epimerase  55.97 
 
 		 296 aa  296  2e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.13292  hitchhiker  0.00138717 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2776  diaminopimelate epimerase  54.14 
 
 		 297 aa  294  9e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0505261  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2720  diaminopimelate epimerase  55.29 
 
 		 296 aa  290  2e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.991154 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2842  Diaminopimelate epimerase  56.31 
 
 		 296 aa  285  5.999999999999999e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0231315  normal  0.30071 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0359  diaminopimelate epimerase  54.33 
 
 		 293 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.281765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0251  diaminopimelate epimerase  52.6 
 
 		 293 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.185112  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0514  diaminopimelate epimerase  52.96 
 
 		 293 aa  282  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.2458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3575  diaminopimelate epimerase  51.38 
 
 		 290 aa  282  5.000000000000001e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0372  diaminopimelate epimerase  51.55 
 
 		 289 aa  279  3e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.963682  normal  0.800614 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0411  diaminopimelate epimerase  53.29 
 
 		 290 aa  271  1e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.254161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3093  diaminopimelate epimerase  51.1 
 
 		 292 aa  259  4e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.99362 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3391  diaminopimelate epimerase  50.36 
 
 		 293 aa  256  3e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1932  diaminopimelate epimerase  48.91 
 
 		 303 aa  255  6e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1859  diaminopimelate epimerase  48.91 
 
 		 303 aa  255  6e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225197  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4071  diaminopimelate epimerase  48.92 
 
 		 301 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3748  diaminopimelate epimerase  48.92 
 
 		 301 aa  251  7e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1415  diaminopimelate epimerase  50 
 
 		 293 aa  249  4e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0927  diaminopimelate epimerase  49.64 
 
 		 300 aa  243  3e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2979  diaminopimelate epimerase  48.56 
 
 		 278 aa  234  9e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583058 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2498  diaminopimelate epimerase  48.06 
 
 		 277 aa  232  5e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0760107  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4868  diaminopimelate epimerase  44.17 
 
 		 289 aa  231  1e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2595  diaminopimelate epimerase  48.39 
 
 		 278 aa  231  1e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0936  diaminopimelate epimerase  48.39 
 
 		 276 aa  230  2e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0523  Diaminopimelate epimerase  45.2 
 
 		 279 aa  227  2e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1183  diaminopimelate epimerase  44.8 
 
 		 280 aa  223  4e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.147631  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4198  diaminopimelate epimerase  45.96 
 
 		 303 aa  219  3e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0019  diaminopimelate epimerase  46.52 
 
 		 282 aa  217  2e-55  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0019  diaminopimelate epimerase  46.55 
 
 		 294 aa  217  2e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3228  diaminopimelate epimerase  44.29 
 
 		 282 aa  212  4.9999999999999996e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0035809  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0318  diaminopimelate epimerase  43.21 
 
 		 281 aa  211  1e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2809  diaminopimelate epimerase  44.15 
 
 		 275 aa  207  2e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.241517 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0026  diaminopimelate epimerase  41.04 
 
 		 267 aa  206  4e-52  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0050  diaminopimelate epimerase  39.93 
 
 		 267 aa  201  9.999999999999999e-51  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.184283  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1402  diaminopimelate epimerase  44.93 
 
 		 275 aa  199  3e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0816431  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0395  diaminopimelate epimerase  46.84 
 
 		 275 aa  192  5e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.47994  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1927  diaminopimelate epimerase  39.64 
 
 		 280 aa  186  5e-46  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0237  diaminopimelate epimerase  38.83 
 
 		 277 aa  183  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1173  diaminopimelate epimerase  39.18 
 
 		 278 aa  183  3e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  hitchhiker  0.0076294 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0095  diaminopimelate epimerase  39.18 
 
 		 266 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.567794 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3088  diaminopimelate epimerase  37.91 
 
 		 282 aa  181  1e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.233699  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1418  diaminopimelate epimerase  37.69 
 
 		 279 aa  180  2.9999999999999997e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.827991  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11570  Diaminopimelate epimerase  38.06 
 
 		 284 aa  180  2.9999999999999997e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5260  diaminopimelate epimerase  38.1 
 
 		 269 aa  178  8e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5599  diaminopimelate epimerase  38.1 
 
 		 269 aa  178  8e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.693414 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5143  diaminopimelate epimerase  36.7 
 
 		 281 aa  177  2e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.75804e-23 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0125  diaminopimelate epimerase  33.82 
 
 		 274 aa  177  2e-43  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0183  diaminopimelate epimerase  35.93 
 
 		 274 aa  177  2e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.190067  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4629  diaminopimelate epimerase  37.87 
 
 		 269 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000265381 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09711  diaminopimelate epimerase  37.04 
 
 		 286 aa  176  4e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.646782  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09731  diaminopimelate epimerase  37.04 
 
 		 286 aa  175  7e-43  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.137092  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2730  diaminopimelate epimerase  42.11 
 
 		 268 aa  175  7e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0948067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4275  diaminopimelate epimerase  36.67 
 
 		 274 aa  175  8e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4334  diaminopimelate epimerase  36.67 
 
 		 274 aa  175  8e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4175  diaminopimelate epimerase  36.67 
 
 		 274 aa  175  8e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.132697  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4157  diaminopimelate epimerase  36.67 
 
 		 274 aa  175  8e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4227  diaminopimelate epimerase  36.67 
 
 		 274 aa  175  8e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.642483  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03685  diaminopimelate epimerase  37.04 
 
 		 274 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.163573  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4170  Diaminopimelate epimerase  37.04 
 
 		 274 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.837067  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4175  diaminopimelate epimerase  37.04 
 
 		 274 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0210737 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4198  diaminopimelate epimerase  37.04 
 
 		 274 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.180433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5248  diaminopimelate epimerase  37.04 
 
 		 274 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4034  diaminopimelate epimerase  37.04 
 
 		 274 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4328  diaminopimelate epimerase  37.04 
 
 		 274 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03634  hypothetical protein  37.04 
 
 		 274 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.191697  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0912  diaminopimelate epimerase  36.5 
 
 		 286 aa  173  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4269  diaminopimelate epimerase  36.67 
 
 		 274 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0164  diaminopimelate epimerase  36.79 
 
 		 277 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.543882  normal  0.191958 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0045  Diaminopimelate epimerase  37.68 
 
 		 278 aa  172  7.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2928  diaminopimelate epimerase  44.04 
 
 		 274 aa  172  7.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.276892 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2326  diaminopimelate epimerase  35.66 
 
 		 281 aa  171  2e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0113  diaminopimelate epimerase  39.11 
 
 		 276 aa  170  3e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067838  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1208  diaminopimelate epimerase  39.33 
 
 		 263 aa  169  3e-41  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2069  diaminopimelate epimerase  39.11 
 
 		 276 aa  170  3e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000531715  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0380  diaminopimelate epimerase  35.25 
 
 		 281 aa  170  3e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0196  diaminopimelate epimerase  37.59 
 
 		 290 aa  170  3e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.465069  hitchhiker  0.000651224 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1738  diaminopimelate epimerase  35.71 
 
 		 277 aa  169  5e-41  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0004  diaminopimelate epimerase  32.98 
 
 		 292 aa  169  5e-41  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0554484  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2377  diaminopimelate epimerase  35.29 
 
 		 281 aa  169  5e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.63698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0182  diaminopimelate epimerase  36.3 
 
 		 274 aa  169  5e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.998768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3113  diaminopimelate epimerase  38.04 
 
 		 277 aa  168  8e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.534786  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3975  diaminopimelate epimerase  35.19 
 
 		 274 aa  168  8e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.525187  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3983  diaminopimelate epimerase  35.19 
 
 		 274 aa  168  8e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.983346  normal  0.2689 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1150  Diaminopimelate epimerase  38.46 
 
 		 287 aa  168  1e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.756006  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00205  diaminopimelate epimerase  33.33 
 
 		 269 aa  167  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09701  diaminopimelate epimerase  35.59 
 
 		 286 aa  167  2e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0227672  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0232  diaminopimelate epimerase  35.56 
 
 		 274 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.596238  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0724  diaminopimelate epimerase  35.36 
 
 		 277 aa  166  4e-40  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0456566  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0349  diaminopimelate epimerase  36.46 
 
 		 293 aa  166  5e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000570655  hitchhiker  0.0000127535 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4166  diaminopimelate epimerase  35.19 
 
 		 274 aa  166  5e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3907  Diaminopimelate epimerase  38.89 
 
 		 283 aa  166  5.9999999999999996e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.739136  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3100  diaminopimelate epimerase  36.65 
 
 		 280 aa  165  6.9999999999999995e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.239794  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1015  diaminopimelate epimerase  36.6 
 
 		 274 aa  165  9e-40  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2393  diaminopimelate epimerase  34.8 
 
 		 276 aa  164  1.0000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.976013  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3688  diaminopimelate epimerase  37.46 
 
 		 315 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24568  normal  0.690927 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>