187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mlg_2690 on replicon NC_008340
Organism: Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008340  Mlg_2690  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  100 
 
 		 373 aa  768    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.286545  normal  0.217848 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2280  squalene/phytoene synthase  50.15 
 
 		 359 aa  325  9e-88  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1321  squalene/phytoene synthase  47.31 
 
 		 366 aa  305  1.0000000000000001e-81  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0813  squalene synthase  46.76 
 
 		 362 aa  299  5e-80  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.493188  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2125  phytoene/squalene synthetase family protein  45.15 
 
 		 347 aa  275  1.0000000000000001e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1784  Squalene synthase  45.15 
 
 		 401 aa  274  2.0000000000000002e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20770  Squalene/phytoene synthase  43.33 
 
 		 377 aa  270  2.9999999999999997e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00645323  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0189  squalene/phytoene synthase  36.01 
 
 		 329 aa  216  5.9999999999999996e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.433494  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0957  squalene/phytoene synthase  32.38 
 
 		 380 aa  140  3.9999999999999997e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4822  Squalene/phytoene synthase  33.23 
 
 		 360 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.00000193666  normal  0.636776 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2156  squalene/phytoene synthase family protein  32.69 
 
 		 564 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1840  squalene/phytoene synthase family protein  32.36 
 
 		 356 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.156378  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3084  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.49 
 
 		 350 aa  116  6.9999999999999995e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1133  squalene/phytoene synthase family protein  32.36 
 
 		 349 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2107  squalene/phytoene synthase family protein  32.36 
 
 		 356 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.666736  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0418  squalene/phytoene synthase family protein  32.04 
 
 		 349 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0843  squalene/phytoene synthase family protein  32.36 
 
 		 516 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.336434  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0327  squalene/phytoene synthase family protein  32.04 
 
 		 402 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.479613  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1762  squalene/phytoene synthase family protein  32.04 
 
 		 513 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.265717  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2309  Squalene/phytoene synthase  30.1 
 
 		 350 aa  109  6e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5617  Squalene/phytoene synthase  28.36 
 
 		 353 aa  106  8e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1173  Squalene/phytoene synthase  29.91 
 
 		 348 aa  103  5e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1206  Squalene/phytoene synthase  27.41 
 
 		 355 aa  103  6e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  unclonable  0.0000000204086  hitchhiker  0.00000600855 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5450  squalene/phytoene synthase  30.03 
 
 		 351 aa  103  6e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.035034 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4104  squalene/phytoene synthase  31.32 
 
 		 355 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.132439  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4262  squalene/phytoene synthase  31.32 
 
 		 355 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0172457  normal  0.1857 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4159  squalene/phytoene synthase  31.12 
 
 		 354 aa  101  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.283896  normal  0.280623 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3686  squalene/phytoene synthase  31.42 
 
 		 354 aa  100  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.481699 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0485  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  28.96 
 
 		 348 aa  99.8  6e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.501561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1749  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.39 
 
 		 354 aa  99.4  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0364934  normal  0.191421 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3255  squalene/phytoene synthase  30.26 
 
 		 355 aa  98.2  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0892  Squalene/phytoene synthase  28 
 
 		 330 aa  97.8  3e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000100627  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4026  Squalene/phytoene synthase  27.33 
 
 		 388 aa  95.5  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.600735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4328  squalene/phytoene synthase  29.71 
 
 		 367 aa  95.1  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0106814  normal  0.0939133 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15920  Squalene synthase  28.21 
 
 		 321 aa  90.1  5e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.13397  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0934  Squalene/phytoene synthase  29.38 
 
 		 348 aa  89.7  7e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0124  hypothetical protein  25.88 
 
 		 345 aa  86.3  7e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0110  hypothetical protein  26.35 
 
 		 345 aa  81.6  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_31144  predicted protein  27.7 
 
 		 456 aa  79  0.0000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0169  squalene/phytoene synthase  22.02 
 
 		 340 aa  77.8  0.0000000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000509815  normal  0.0348824 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  29.75 
 
 		 298 aa  77  0.0000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_13160  predicted protein  33.66 
 
 		 314 aa  77  0.0000000000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_83429  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  24.26 
 
 		 448 aa  76.6  0.0000000000006  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.274803  normal  0.0738823 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0902  Squalene/phytoene synthase  28.7 
 
 		 351 aa  72  0.00000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.883554  normal  0.674566 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0494  phytoene synthase  29.09 
 
 		 342 aa  69.7  0.00000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  35.88 
 
 		 317 aa  68.9  0.0000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0502  Squalene/phytoene synthase  30.29 
 
 		 270 aa  68.2  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0519  Squalene/phytoene synthase  30.29 
 
 		 270 aa  68.2  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000172077  unclonable  0.00000000442805 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1700  Squalene/phytoene synthase  28.46 
 
 		 355 aa  68.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.898001  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2043  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.38 
 
 		 274 aa  68.6  0.0000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.259973  normal  0.118858 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3509  phytoene synthase  28.47 
 
 		 361 aa  67.8  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4010  squalene/phytoene synthase  28.85 
 
 		 349 aa  67  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.450209  hitchhiker  0.005496 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1262  squalene/phytoene synthase  28.26 
 
 		 348 aa  66.6  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.238367  normal  0.0709995 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0365  Squalene/phytoene synthase  28.11 
 
 		 299 aa  66.2  0.0000000009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3765  squalene/phytoene synthase  27.8 
 
 		 349 aa  65.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.142197  hitchhiker  0.00585073 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1618  squalene/phytoene synthase  27.09 
 
 		 364 aa  65.5  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4808  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  27.45 
 
 		 276 aa  65.1  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000000000000603288  normal  0.956727 
 
 
-
 
NC_006685  CNC05660  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase, putative  27.6 
 
 		 542 aa  63.9  0.000000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.148096  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10396  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G01220)  26.4 
 
 		 470 aa  62.4  0.00000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3735  squalene/phytoene synthase  29.96 
 
 		 351 aa  61.6  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1894  Squalene/phytoene synthase  26.21 
 
 		 270 aa  61.6  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    unclonable  2.73181e-25 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6444  phytoene synthase  27.94 
 
 		 346 aa  61.2  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.974636 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1827  squalene synthase HpnD  40.96 
 
 		 298 aa  61.2  0.00000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  24.92 
 
 		 278 aa  61.2  0.00000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  24.51 
 
 		 293 aa  60.8  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3241  squalene synthase HpnD  24.92 
 
 		 294 aa  60.1  0.00000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154532 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.51 
 
 		 281 aa  59.7  0.00000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  32.73 
 
 		 310 aa  58.5  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3201  Squalene/phytoene synthase  29.02 
 
 		 357 aa  58.5  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2819  Phytoene synthase  27.38 
 
 		 335 aa  57.8  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  25.5 
 
 		 277 aa  56.6  0.0000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1711  squalene/phytoene synthase  33.33 
 
 		 309 aa  56.2  0.0000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.172476  normal  0.208804 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4139  squalene synthase HpnD  26.54 
 
 		 290 aa  55.5  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1942  squalene synthase HpnD  25.69 
 
 		 283 aa  55.5  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.802248 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6349  squalene synthase HpnD  42.5 
 
 		 284 aa  54.7  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00743094  normal  0.0909411 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  29.45 
 
 		 310 aa  55.5  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3154  squalene synthase HpnD  25.33 
 
 		 285 aa  55.5  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  26.79 
 
 		 338 aa  54.7  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3012  squalene/phytoene synthase  27.49 
 
 		 353 aa  54.3  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.352634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2218  squalene synthase HpnD  25.23 
 
 		 283 aa  54.3  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.674273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3578  squalene/phytoene synthase  38.36 
 
 		 311 aa  54.3  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0270096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  26.64 
 
 		 279 aa  54.3  0.000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  27.97 
 
 		 311 aa  54.3  0.000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  25.76 
 
 		 293 aa  54.3  0.000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  26.64 
 
 		 279 aa  54.3  0.000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4149  phytoene synthase  30.25 
 
 		 282 aa  53.9  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.165993  normal  0.461254 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  34.58 
 
 		 309 aa  53.5  0.000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  24.64 
 
 		 280 aa  53.1  0.000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  28.24 
 
 		 283 aa  53.1  0.000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3237  Squalene/phytoene synthase  27.15 
 
 		 352 aa  53.1  0.000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  30.07 
 
 		 310 aa  52.8  0.000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  22.09 
 
 		 277 aa  52.8  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1724  squalene/phytoene synthase  32.48 
 
 		 279 aa  52.4  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  0.0688647 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  27.97 
 
 		 309 aa  52.4  0.00001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  25.56 
 
 		 268 aa  52  0.00001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  26.19 
 
 		 285 aa  52.4  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_56481  phytoene synthase  34.71 
 
 		 505 aa  52  0.00001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5424  squalene synthase HpnD  25 
 
 		 283 aa  52  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.766675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3575  squalene/phytoene synthase  33.64 
 
 		 279 aa  51.6  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0912672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  30.14 
 
 		 337 aa  52  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>