130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_1321 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007484  Noc_1321  squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 366 aa  767    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0813  squalene synthase  56.02 
 
 		 362 aa  373  1e-102  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.493188  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20770  Squalene/phytoene synthase  49.28 
 
 		 377 aa  346  4e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00645323  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2125  phytoene/squalene synthetase family protein  50.15 
 
 		 347 aa  323  4e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1784  Squalene synthase  50.15 
 
 		 401 aa  323  4e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2690  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  47.31 
 
 		 373 aa  292  6e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.286545  normal  0.217848 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2280  squalene/phytoene synthase  40.54 
 
 		 359 aa  266  2.9999999999999995e-70  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0189  squalene/phytoene synthase  38.91 
 
 		 329 aa  241  1e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.433494  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4822  Squalene/phytoene synthase  33.43 
 
 		 360 aa  144  3e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.00000193666  normal  0.636776 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0957  squalene/phytoene synthase  31.04 
 
 		 380 aa  138  2e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0418  squalene/phytoene synthase family protein  30.96 
 
 		 349 aa  126  7e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2309  Squalene/phytoene synthase  28.96 
 
 		 350 aa  125  1e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3084  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.03 
 
 		 350 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1173  Squalene/phytoene synthase  30.36 
 
 		 348 aa  123  7e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1840  squalene/phytoene synthase family protein  29.29 
 
 		 356 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.156378  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2107  squalene/phytoene synthase family protein  29.29 
 
 		 356 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.666736  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0843  squalene/phytoene synthase family protein  29.29 
 
 		 516 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.336434  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1133  squalene/phytoene synthase family protein  29.29 
 
 		 349 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0327  squalene/phytoene synthase family protein  30.25 
 
 		 402 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.479613  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1762  squalene/phytoene synthase family protein  30.6 
 
 		 513 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.265717  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2156  squalene/phytoene synthase family protein  28.93 
 
 		 564 aa  117  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4026  Squalene/phytoene synthase  31.16 
 
 		 388 aa  114  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.600735  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0892  Squalene/phytoene synthase  28.71 
 
 		 330 aa  112  1.0000000000000001e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000100627  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0485  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  28.98 
 
 		 348 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.501561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5617  Squalene/phytoene synthase  31.29 
 
 		 353 aa  109  7.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5450  squalene/phytoene synthase  29.08 
 
 		 351 aa  108  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.035034 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1206  Squalene/phytoene synthase  27.78 
 
 		 355 aa  105  2e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  unclonable  0.0000000204086  hitchhiker  0.00000600855 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4328  squalene/phytoene synthase  29.47 
 
 		 367 aa  104  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0106814  normal  0.0939133 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0934  Squalene/phytoene synthase  29.39 
 
 		 348 aa  102  1e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0902  Squalene/phytoene synthase  25.95 
 
 		 351 aa  98.2  2e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.883554  normal  0.674566 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4104  squalene/phytoene synthase  28.17 
 
 		 355 aa  97.8  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.132439  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4262  squalene/phytoene synthase  28.17 
 
 		 355 aa  97.8  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0172457  normal  0.1857 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0124  hypothetical protein  28.22 
 
 		 345 aa  97.1  4e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0169  squalene/phytoene synthase  22.88 
 
 		 340 aa  96.7  5e-19  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000509815  normal  0.0348824 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3255  squalene/phytoene synthase  28.17 
 
 		 355 aa  96.7  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3686  squalene/phytoene synthase  28.07 
 
 		 354 aa  96.3  7e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.481699 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1749  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  28.98 
 
 		 354 aa  96.3  8e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0364934  normal  0.191421 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4159  squalene/phytoene synthase  28.01 
 
 		 354 aa  95.9  9e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.283896  normal  0.280623 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0110  hypothetical protein  27.76 
 
 		 345 aa  94  4e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15920  Squalene synthase  26.94 
 
 		 321 aa  90.9  3e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.13397  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_31144  predicted protein  27.56 
 
 		 456 aa  86.3  7e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_13160  predicted protein  28.93 
 
 		 314 aa  84  0.000000000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0365  Squalene/phytoene synthase  30.37 
 
 		 299 aa  83.6  0.000000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0502  Squalene/phytoene synthase  32.73 
 
 		 270 aa  82  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0519  Squalene/phytoene synthase  32.73 
 
 		 270 aa  82  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000172077  unclonable  0.00000000442805 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4808  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  32.3 
 
 		 276 aa  78.2  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000000000000603288  normal  0.956727 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10396  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G01220)  25.45 
 
 		 470 aa  73.9  0.000000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1894  Squalene/phytoene synthase  30.43 
 
 		 270 aa  72  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    unclonable  2.73181e-25 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  25.18 
 
 		 317 aa  63.2  0.000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2043  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  26.16 
 
 		 274 aa  63.2  0.000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.259973  normal  0.118858 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_83429  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  23.34 
 
 		 448 aa  62  0.00000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.274803  normal  0.0738823 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  37.63 
 
 		 298 aa  59.7  0.00000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_006685  CNC05660  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase, putative  28.91 
 
 		 542 aa  58.2  0.0000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.148096  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  23.85 
 
 		 278 aa  57  0.0000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2267  Squalene/phytoene synthase  30.26 
 
 		 292 aa  55.1  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  31.62 
 
 		 303 aa  54.7  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  23.57 
 
 		 280 aa  52.8  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  28.83 
 
 		 280 aa  51.2  0.00003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  34.21 
 
 		 279 aa  50.8  0.00004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1287  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  25.77 
 
 		 287 aa  50.4  0.00005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.200444  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1047  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  33.64 
 
 		 292 aa  50.1  0.00006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.477192  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  23.61 
 
 		 280 aa  50.1  0.00006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  37.08 
 
 		 289 aa  50.1  0.00007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  22.69 
 
 		 280 aa  49.3  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1618  squalene/phytoene synthase  25.31 
 
 		 364 aa  48.9  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1827  squalene synthase HpnD  30.63 
 
 		 298 aa  48.9  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0378  Phytoene synthase  32.22 
 
 		 277 aa  49.3  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.883354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  30.7 
 
 		 331 aa  48.5  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3154  squalene synthase HpnD  32.53 
 
 		 285 aa  48.1  0.0002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  38.36 
 
 		 311 aa  47.8  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0064  phytoene/squalene synthetase  37.5 
 
 		 236 aa  47.8  0.0003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1711  squalene/phytoene synthase  25.71 
 
 		 309 aa  47.8  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.172476  normal  0.208804 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  39.73 
 
 		 309 aa  48.1  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  42.86 
 
 		 310 aa  47.4  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  28.28 
 
 		 313 aa  47.4  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  37.18 
 
 		 300 aa  47.4  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2361  phytoene synthase, putative  25.99 
 
 		 397 aa  47  0.0005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  24.77 
 
 		 312 aa  47  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  25.51 
 
 		 293 aa  47  0.0005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  26.88 
 
 		 281 aa  47  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1464  Squalene/phytoene synthase  24.52 
 
 		 311 aa  47  0.0005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  25.95 
 
 		 302 aa  47  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  24.44 
 
 		 302 aa  46.6  0.0007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  32.43 
 
 		 268 aa  46.6  0.0007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  33.75 
 
 		 283 aa  46.2  0.0008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  23.35 
 
 		 313 aa  46.2  0.0008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2819  Phytoene synthase  23.65 
 
 		 335 aa  46.2  0.0009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2102  putative phytoene synthase  32.32 
 
 		 282 aa  45.8  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  28.07 
 
 		 281 aa  45.8  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  26.09 
 
 		 288 aa  45.8  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  27.96 
 
 		 286 aa  45.8  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1131  putative phytoene synthase  32.32 
 
 		 282 aa  45.8  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0886071  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1411  putative phytoene synthase  32.32 
 
 		 282 aa  45.8  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.590662  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3277  squalene/phytoene synthase family protein  32.32 
 
 		 282 aa  45.8  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.173331  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3163  squalene/phytoene synthase family protein  32.32 
 
 		 282 aa  45.8  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.395921  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0118  squalene/phytoene synthase  35.21 
 
 		 290 aa  45.8  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3578  squalene/phytoene synthase  26.67 
 
 		 311 aa  45.4  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0270096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  32.56 
 
 		 337 aa  45.4  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3173  squalene synthase HpnD  30.4 
 
 		 282 aa  46.2  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.170379  normal  0.798484 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  34.29 
 
 		 279 aa  45.8  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>