144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hhal_2280 on replicon NC_008789
Organism: Halorhodospira halophila SL1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008789  Hhal_2280  squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 359 aa  731    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2690  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  50.15 
 
 		 373 aa  311  1e-83  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.286545  normal  0.217848 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2125  phytoene/squalene synthetase family protein  47.15 
 
 		 347 aa  270  2.9999999999999997e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1784  Squalene synthase  47.15 
 
 		 401 aa  269  4e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1321  squalene/phytoene synthase  40.54 
 
 		 366 aa  266  2.9999999999999995e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20770  Squalene/phytoene synthase  41.95 
 
 		 377 aa  263  2e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00645323  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0813  squalene synthase  42.99 
 
 		 362 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.493188  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0189  squalene/phytoene synthase  34.91 
 
 		 329 aa  194  3e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.433494  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2156  squalene/phytoene synthase family protein  36.27 
 
 		 564 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4822  Squalene/phytoene synthase  35.35 
 
 		 360 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.00000193666  normal  0.636776 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0843  squalene/phytoene synthase family protein  34.86 
 
 		 516 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.336434  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0418  squalene/phytoene synthase family protein  32.73 
 
 		 349 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1133  squalene/phytoene synthase family protein  32.73 
 
 		 349 aa  132  9e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1840  squalene/phytoene synthase family protein  32.73 
 
 		 356 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.156378  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2107  squalene/phytoene synthase family protein  32.73 
 
 		 356 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.666736  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1762  squalene/phytoene synthase family protein  34.51 
 
 		 513 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.265717  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0327  squalene/phytoene synthase family protein  34.51 
 
 		 402 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.479613  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3084  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  33.33 
 
 		 350 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1206  Squalene/phytoene synthase  30.59 
 
 		 355 aa  120  3e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  unclonable  0.0000000204086  hitchhiker  0.00000600855 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0892  Squalene/phytoene synthase  28.57 
 
 		 330 aa  118  1.9999999999999998e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000100627  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2309  Squalene/phytoene synthase  33.12 
 
 		 350 aa  117  3.9999999999999997e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3255  squalene/phytoene synthase  28.2 
 
 		 355 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4104  squalene/phytoene synthase  28.2 
 
 		 355 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.132439  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4262  squalene/phytoene synthase  28.2 
 
 		 355 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0172457  normal  0.1857 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5617  Squalene/phytoene synthase  33.21 
 
 		 353 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15920  Squalene synthase  29.47 
 
 		 321 aa  110  5e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.13397  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4328  squalene/phytoene synthase  28.75 
 
 		 367 aa  109  6e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0106814  normal  0.0939133 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0957  squalene/phytoene synthase  27.94 
 
 		 380 aa  109  7.000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1173  Squalene/phytoene synthase  32.58 
 
 		 348 aa  108  1e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3686  squalene/phytoene synthase  29.13 
 
 		 354 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.481699 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1749  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  28.94 
 
 		 354 aa  107  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0364934  normal  0.191421 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4159  squalene/phytoene synthase  28.8 
 
 		 354 aa  107  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.283896  normal  0.280623 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0485  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  32.73 
 
 		 348 aa  106  8e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.501561  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0934  Squalene/phytoene synthase  32.15 
 
 		 348 aa  103  4e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4026  Squalene/phytoene synthase  33.94 
 
 		 388 aa  102  9e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.600735  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0124  hypothetical protein  24 
 
 		 345 aa  102  1e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0110  hypothetical protein  24 
 
 		 345 aa  102  1e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5450  squalene/phytoene synthase  31.49 
 
 		 351 aa  102  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.035034 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_31144  predicted protein  29.64 
 
 		 456 aa  100  4e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_13160  predicted protein  30.03 
 
 		 314 aa  96.3  8e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_83429  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  26.99 
 
 		 448 aa  93.6  5e-18  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.274803  normal  0.0738823 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0365  Squalene/phytoene synthase  29.9 
 
 		 299 aa  89.7  7e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10396  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G01220)  27.46 
 
 		 470 aa  88.6  2e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0169  squalene/phytoene synthase  24.25 
 
 		 340 aa  86.7  6e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000509815  normal  0.0348824 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0902  Squalene/phytoene synthase  27.44 
 
 		 351 aa  84  0.000000000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.883554  normal  0.674566 
 
 
-
 
NC_006685  CNC05660  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase, putative  26.62 
 
 		 542 aa  71.2  0.00000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.148096  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4808  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  26.6 
 
 		 276 aa  68.9  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000000000000603288  normal  0.956727 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2043  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.95 
 
 		 274 aa  68.6  0.0000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.259973  normal  0.118858 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0502  Squalene/phytoene synthase  26.6 
 
 		 270 aa  66.6  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0519  Squalene/phytoene synthase  26.6 
 
 		 270 aa  66.6  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000172077  unclonable  0.00000000442805 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3241  squalene synthase HpnD  27.94 
 
 		 294 aa  63.2  0.000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154532 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0017  squalene/phytoene synthase  23.94 
 
 		 282 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1894  Squalene/phytoene synthase  27.54 
 
 		 270 aa  60.1  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    unclonable  2.73181e-25 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3173  squalene synthase HpnD  24.51 
 
 		 282 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.170379  normal  0.798484 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4953  squalene/phytoene synthase  24.51 
 
 		 282 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.202978  normal  0.0913001 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4554  squalene synthase HpnD  25.66 
 
 		 282 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.124742  normal  0.209496 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5506  squalene synthase HpnD  24.51 
 
 		 282 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0194601 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5178  squalene/phytoene synthase  25.66 
 
 		 286 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5681  squalene/phytoene synthase  25.66 
 
 		 344 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  hitchhiker  0.0020025 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1618  squalene/phytoene synthase  27.94 
 
 		 364 aa  57.4  0.0000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2267  Squalene/phytoene synthase  30.24 
 
 		 292 aa  55.5  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4139  squalene synthase HpnD  26.74 
 
 		 290 aa  55.1  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1718  squalene/phytoene synthase  25.7 
 
 		 279 aa  54.3  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150887  normal  0.105129 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  36.36 
 
 		 289 aa  54.3  0.000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0064  squalene-phytoene synthase  27.39 
 
 		 687 aa  53.1  0.000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  28.99 
 
 		 279 aa  53.1  0.000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  28.99 
 
 		 279 aa  53.1  0.000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7027  squalene synthase HpnD  23.13 
 
 		 282 aa  52.8  0.000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.597423  hitchhiker  0.000000555779 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0010  putative squalene/phytoene synthase  23.16 
 
 		 306 aa  52.8  0.000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  31.62 
 
 		 281 aa  52.4  0.00001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2967  putative phytoene synthase  28.64 
 
 		 279 aa  51.6  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3578  squalene/phytoene synthase  39.73 
 
 		 311 aa  52  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0270096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1491  squalene/phytoene synthase  24.3 
 
 		 275 aa  51.2  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116412  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3277  squalene/phytoene synthase family protein  24.3 
 
 		 282 aa  51.2  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.173331  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2102  putative phytoene synthase  24.3 
 
 		 282 aa  50.8  0.00004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2361  phytoene synthase, putative  23.97 
 
 		 397 aa  50.4  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2069  Squalene/phytoene synthase  30.94 
 
 		 355 aa  50.4  0.00004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.910011 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1131  putative phytoene synthase  24.3 
 
 		 282 aa  50.8  0.00004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0886071  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  26.39 
 
 		 313 aa  50.8  0.00004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1411  putative phytoene synthase  24.3 
 
 		 282 aa  50.8  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.590662  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3163  squalene/phytoene synthase family protein  24.3 
 
 		 282 aa  50.8  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.395921  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  25.23 
 
 		 283 aa  50.4  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  24.77 
 
 		 302 aa  50.4  0.00005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  26.67 
 
 		 298 aa  50.1  0.00006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  25.12 
 
 		 313 aa  49.7  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1827  squalene synthase HpnD  32.71 
 
 		 298 aa  48.9  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  29.61 
 
 		 279 aa  48.9  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  24.52 
 
 		 302 aa  48.9  0.0001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  29.55 
 
 		 303 aa  49.3  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3154  squalene synthase HpnD  24 
 
 		 285 aa  48.9  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1814  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  27.5 
 
 		 323 aa  48.5  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4149  phytoene synthase  27.73 
 
 		 282 aa  48.5  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.165993  normal  0.461254 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  26.09 
 
 		 277 aa  48.1  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1711  squalene/phytoene synthase  24 
 
 		 309 aa  48.5  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.172476  normal  0.208804 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0494  phytoene synthase  28.7 
 
 		 342 aa  47.8  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  24.52 
 
 		 302 aa  47.4  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  24.64 
 
 		 337 aa  47.8  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1833  squalene synthase HpnD  27.01 
 
 		 283 aa  47.8  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2584  squalene/phytoene synthase  22.43 
 
 		 287 aa  47.4  0.0004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0158567  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2638  squalene/phytoene synthase  22.43 
 
 		 287 aa  47.4  0.0004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.444406  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>