226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5617 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5617  Squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 353 aa  714    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3084  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  73.56 
 
 		 350 aa  491  9.999999999999999e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0485  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  71.97 
 
 		 348 aa  490  1e-137  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.501561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5450  squalene/phytoene synthase  70.69 
 
 		 351 aa  475  1e-133  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.035034 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1762  squalene/phytoene synthase family protein  67.53 
 
 		 513 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.265717  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2156  squalene/phytoene synthase family protein  67.53 
 
 		 564 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4026  Squalene/phytoene synthase  72.99 
 
 		 388 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.600735  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1840  squalene/phytoene synthase family protein  67.24 
 
 		 356 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.156378  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2107  squalene/phytoene synthase family protein  67.24 
 
 		 356 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.666736  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0327  squalene/phytoene synthase family protein  67.24 
 
 		 402 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.479613  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0418  squalene/phytoene synthase family protein  67.24 
 
 		 349 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0843  squalene/phytoene synthase family protein  67.24 
 
 		 516 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.336434  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1133  squalene/phytoene synthase family protein  67.24 
 
 		 349 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1749  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  57.85 
 
 		 354 aa  375  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0364934  normal  0.191421 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4159  squalene/phytoene synthase  56.73 
 
 		 354 aa  374  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.283896  normal  0.280623 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4104  squalene/phytoene synthase  57.31 
 
 		 355 aa  371  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.132439  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3686  squalene/phytoene synthase  57.02 
 
 		 354 aa  374  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.481699 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4262  squalene/phytoene synthase  57.31 
 
 		 355 aa  371  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0172457  normal  0.1857 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3255  squalene/phytoene synthase  57.31 
 
 		 355 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4328  squalene/phytoene synthase  56.43 
 
 		 367 aa  363  2e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0106814  normal  0.0939133 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0957  squalene/phytoene synthase  41.91 
 
 		 380 aa  277  2e-73  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0169  squalene/phytoene synthase  30.63 
 
 		 340 aa  165  1.0000000000000001e-39  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000509815  normal  0.0348824 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0365  Squalene/phytoene synthase  36.74 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0813  squalene synthase  33.95 
 
 		 362 aa  137  4e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.493188  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2125  phytoene/squalene synthetase family protein  32.3 
 
 		 347 aa  132  7.999999999999999e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1784  Squalene synthase  32.3 
 
 		 401 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20770  Squalene/phytoene synthase  31.1 
 
 		 377 aa  125  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00645323  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4822  Squalene/phytoene synthase  28.23 
 
 		 360 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.00000193666  normal  0.636776 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2280  squalene/phytoene synthase  31.52 
 
 		 359 aa  116  6e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1321  squalene/phytoene synthase  29.85 
 
 		 366 aa  112  7.000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2690  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  28.36 
 
 		 373 aa  106  7e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.286545  normal  0.217848 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0892  Squalene/phytoene synthase  24.47 
 
 		 330 aa  100  3e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000100627  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0189  squalene/phytoene synthase  25.15 
 
 		 329 aa  89.7  6e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.433494  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1206  Squalene/phytoene synthase  26.58 
 
 		 355 aa  85.5  0.000000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  unclonable  0.0000000204086  hitchhiker  0.00000600855 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10396  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G01220)  26.67 
 
 		 470 aa  77.4  0.0000000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2309  Squalene/phytoene synthase  24.84 
 
 		 350 aa  75.9  0.000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0934  Squalene/phytoene synthase  26.18 
 
 		 348 aa  75.5  0.000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0124  hypothetical protein  27.42 
 
 		 345 aa  74.7  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_31144  predicted protein  22 
 
 		 456 aa  72.4  0.00000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1173  Squalene/phytoene synthase  26.15 
 
 		 348 aa  70.5  0.00000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0110  hypothetical protein  26.6 
 
 		 345 aa  70.1  0.00000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  30.53 
 
 		 337 aa  69.3  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006685  CNC05660  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase, putative  26.59 
 
 		 542 aa  68.2  0.0000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.148096  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  35.25 
 
 		 268 aa  67.8  0.0000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  28.7 
 
 		 298 aa  67  0.0000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4554  squalene synthase HpnD  27.61 
 
 		 282 aa  67  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.124742  normal  0.209496 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4808  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.04 
 
 		 276 aa  65.5  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000000000000603288  normal  0.956727 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3173  squalene synthase HpnD  27.92 
 
 		 282 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.170379  normal  0.798484 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0017  squalene/phytoene synthase  27.72 
 
 		 282 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_83429  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  21.21 
 
 		 448 aa  64.7  0.000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.274803  normal  0.0738823 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7027  squalene synthase HpnD  26.05 
 
 		 282 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.597423  hitchhiker  0.000000555779 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  26.43 
 
 		 313 aa  64.7  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4139  squalene synthase HpnD  27.59 
 
 		 290 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0902  Squalene/phytoene synthase  29.44 
 
 		 351 aa  63.5  0.000000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.883554  normal  0.674566 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1509  squalene and phytoene synthase  26.96 
 
 		 312 aa  63.2  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0378  Phytoene synthase  31.16 
 
 		 277 aa  63.2  0.000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.883354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  30.16 
 
 		 337 aa  63.2  0.000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  34.21 
 
 		 303 aa  62  0.00000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2069  Squalene/phytoene synthase  26.54 
 
 		 355 aa  62.4  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.910011 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2267  Squalene/phytoene synthase  34.19 
 
 		 292 aa  62  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0494  phytoene synthase  26.1 
 
 		 342 aa  61.6  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  22.67 
 
 		 278 aa  61.6  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0010  putative squalene/phytoene synthase  27.1 
 
 		 306 aa  62  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1894  Squalene/phytoene synthase  24.66 
 
 		 270 aa  62  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    unclonable  2.73181e-25 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  31.21 
 
 		 280 aa  61.6  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02151  squalene and phytoene synthase  26.52 
 
 		 312 aa  61.6  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3241  squalene synthase HpnD  29.29 
 
 		 294 aa  61.6  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154532 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  38.02 
 
 		 332 aa  60.8  0.00000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2699  Phytoene synthase  26.73 
 
 		 316 aa  60.5  0.00000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  23.55 
 
 		 311 aa  60.5  0.00000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  25.29 
 
 		 324 aa  60.8  0.00000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3132  squalene/phytoene synthase  26.43 
 
 		 327 aa  60.8  0.00000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.901985 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4263  squalene synthase HpnD  28.19 
 
 		 279 aa  60.5  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2271  squalene/phytoene synthase  29.43 
 
 		 278 aa  60.1  0.00000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.3606  normal  0.152656 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  26.12 
 
 		 321 aa  60.1  0.00000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2967  putative phytoene synthase  29.6 
 
 		 279 aa  60.1  0.00000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4010  phytoene synthase  30.86 
 
 		 325 aa  59.7  0.00000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4149  phytoene synthase  27.19 
 
 		 282 aa  59.7  0.00000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.165993  normal  0.461254 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  27.56 
 
 		 313 aa  59.7  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2043  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  27.91 
 
 		 274 aa  59.3  0.00000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.259973  normal  0.118858 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15920  Squalene synthase  26.37 
 
 		 321 aa  58.9  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.13397  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3765  squalene/phytoene synthase  24.71 
 
 		 349 aa  58.9  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.142197  hitchhiker  0.00585073 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3904  Phytoene synthase  23.57 
 
 		 326 aa  59.3  0.0000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  25.55 
 
 		 302 aa  58.9  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  31.39 
 
 		 302 aa  58.5  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0299  phytoene synthase  32.89 
 
 		 304 aa  58.2  0.0000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.791623  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  32.12 
 
 		 310 aa  58.2  0.0000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_13160  predicted protein  25.93 
 
 		 314 aa  58.2  0.0000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  25.57 
 
 		 316 aa  58.5  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2819  Phytoene synthase  27 
 
 		 335 aa  58.2  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  26.22 
 
 		 311 aa  58.2  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2046  Squalene/phytoene synthase  23.81 
 
 		 279 aa  58.2  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.951992  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0519  Squalene/phytoene synthase  29.52 
 
 		 270 aa  57.4  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000172077  unclonable  0.00000000442805 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  25.55 
 
 		 302 aa  57.4  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2684  squalene/phytoene synthase  28.84 
 
 		 278 aa  57.4  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.166046  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0276  Squalene/phytoene synthase  25.11 
 
 		 321 aa  57.8  0.0000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.54913  normal  0.0299312 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0502  Squalene/phytoene synthase  29.52 
 
 		 270 aa  57.4  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  25.42 
 
 		 309 aa  57  0.0000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  25.51 
 
 		 280 aa  57.4  0.0000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1718  squalene/phytoene synthase  29.1 
 
 		 279 aa  57.4  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150887  normal  0.105129 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>