116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_0189 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_0189  squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 329 aa  682    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.433494  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1321  squalene/phytoene synthase  38.91 
 
 		 366 aa  241  9e-63  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1784  Squalene synthase  40.96 
 
 		 401 aa  233  3e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2125  phytoene/squalene synthetase family protein  40.96 
 
 		 347 aa  233  3e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20770  Squalene/phytoene synthase  38.02 
 
 		 377 aa  227  2e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00645323  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0813  squalene synthase  37.87 
 
 		 362 aa  223  3e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.493188  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2690  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  36.01 
 
 		 373 aa  202  5e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.286545  normal  0.217848 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2280  squalene/phytoene synthase  34.91 
 
 		 359 aa  194  2e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4822  Squalene/phytoene synthase  32.24 
 
 		 360 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.00000193666  normal  0.636776 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0957  squalene/phytoene synthase  25.48 
 
 		 380 aa  105  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3255  squalene/phytoene synthase  28.92 
 
 		 355 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4104  squalene/phytoene synthase  28.62 
 
 		 355 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.132439  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4262  squalene/phytoene synthase  28.62 
 
 		 355 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0172457  normal  0.1857 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1173  Squalene/phytoene synthase  26.45 
 
 		 348 aa  100  3e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4159  squalene/phytoene synthase  27.41 
 
 		 354 aa  100  5e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.283896  normal  0.280623 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3686  squalene/phytoene synthase  27.73 
 
 		 354 aa  99.8  6e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.481699 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1749  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  27.74 
 
 		 354 aa  99  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0364934  normal  0.191421 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4328  squalene/phytoene synthase  27.17 
 
 		 367 aa  97.8  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0106814  normal  0.0939133 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3084  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  25.99 
 
 		 350 aa  97.1  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1206  Squalene/phytoene synthase  27.46 
 
 		 355 aa  96.7  5e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  unclonable  0.0000000204086  hitchhiker  0.00000600855 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2156  squalene/phytoene synthase family protein  26.77 
 
 		 564 aa  96.3  7e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1133  squalene/phytoene synthase family protein  26.46 
 
 		 349 aa  95.9  9e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1840  squalene/phytoene synthase family protein  26.46 
 
 		 356 aa  95.5  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.156378  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0843  squalene/phytoene synthase family protein  26.46 
 
 		 516 aa  95.5  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.336434  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0327  squalene/phytoene synthase family protein  26.77 
 
 		 402 aa  95.5  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.479613  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2107  squalene/phytoene synthase family protein  26.46 
 
 		 356 aa  95.5  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.666736  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2309  Squalene/phytoene synthase  27.95 
 
 		 350 aa  94.4  2e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0892  Squalene/phytoene synthase  27.86 
 
 		 330 aa  94.7  2e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000100627  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1762  squalene/phytoene synthase family protein  26.77 
 
 		 513 aa  94.4  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.265717  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0485  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  27.16 
 
 		 348 aa  94  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.501561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0418  squalene/phytoene synthase family protein  26.46 
 
 		 349 aa  94  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4026  Squalene/phytoene synthase  30.4 
 
 		 388 aa  92  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.600735  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0934  Squalene/phytoene synthase  31.28 
 
 		 348 aa  91.7  2e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0902  Squalene/phytoene synthase  26.21 
 
 		 351 aa  88.6  1e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.883554  normal  0.674566 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5450  squalene/phytoene synthase  28.37 
 
 		 351 aa  88.2  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.035034 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4808  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.48 
 
 		 276 aa  86.7  5e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000000000000603288  normal  0.956727 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5617  Squalene/phytoene synthase  25.77 
 
 		 353 aa  86.3  7e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_13160  predicted protein  30.84 
 
 		 314 aa  84  0.000000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_31144  predicted protein  31.03 
 
 		 456 aa  84  0.000000000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2043  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  26.88 
 
 		 274 aa  80.5  0.00000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.259973  normal  0.118858 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0365  Squalene/phytoene synthase  27.34 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1894  Squalene/phytoene synthase  28.27 
 
 		 270 aa  80.9  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    unclonable  2.73181e-25 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0519  Squalene/phytoene synthase  28.07 
 
 		 270 aa  78.6  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000172077  unclonable  0.00000000442805 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0502  Squalene/phytoene synthase  28.07 
 
 		 270 aa  78.6  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0110  hypothetical protein  26.16 
 
 		 345 aa  70.5  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0124  hypothetical protein  26.16 
 
 		 345 aa  70.5  0.00000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_83429  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.23 
 
 		 448 aa  67.4  0.0000000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.274803  normal  0.0738823 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10396  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G01220)  27.03 
 
 		 470 aa  66.6  0.0000000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15920  Squalene synthase  26.05 
 
 		 321 aa  66.2  0.0000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.13397  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2584  squalene/phytoene synthase  28.43 
 
 		 287 aa  63.2  0.000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0158567  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2638  squalene/phytoene synthase  28.43 
 
 		 287 aa  63.2  0.000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.444406  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  26.11 
 
 		 302 aa  58.5  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  30.81 
 
 		 302 aa  57.8  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02151  squalene and phytoene synthase  29.65 
 
 		 312 aa  57.4  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1509  squalene and phytoene synthase  29.65 
 
 		 312 aa  56.2  0.0000007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  41.98 
 
 		 280 aa  55.8  0.0000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  29.8 
 
 		 302 aa  54.3  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  28.79 
 
 		 302 aa  53.9  0.000004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  25.58 
 
 		 278 aa  53.9  0.000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0169  squalene/phytoene synthase  24.65 
 
 		 340 aa  53.5  0.000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000509815  normal  0.0348824 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  25.7 
 
 		 280 aa  53.1  0.000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1047  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  34.35 
 
 		 292 aa  52.8  0.000007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.477192  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  23.71 
 
 		 310 aa  52.8  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  41.18 
 
 		 279 aa  52.8  0.000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2267  Squalene/phytoene synthase  27.06 
 
 		 292 aa  52.8  0.000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  25.93 
 
 		 310 aa  52.8  0.000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  28.43 
 
 		 313 aa  52.8  0.000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  27.86 
 
 		 288 aa  52.8  0.000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_006685  CNC05660  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase, putative  27.45 
 
 		 542 aa  52  0.00001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.148096  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  25.74 
 
 		 302 aa  52.4  0.00001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  26.86 
 
 		 310 aa  52.4  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0299  phytoene synthase  27 
 
 		 304 aa  51.6  0.00002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.791623  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1827  squalene synthase HpnD  23.5 
 
 		 298 aa  50.8  0.00003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0064  squalene-phytoene synthase  22.82 
 
 		 687 aa  49.7  0.00006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  25 
 
 		 310 aa  50.1  0.00006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4010  phytoene synthase  23.01 
 
 		 325 aa  49.3  0.00008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  36 
 
 		 293 aa  49.7  0.00008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_56481  phytoene synthase  25.96 
 
 		 505 aa  49.3  0.00009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  26.72 
 
 		 313 aa  49.3  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  25.84 
 
 		 268 aa  48.5  0.0001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  25.11 
 
 		 331 aa  48.9  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0378  Phytoene synthase  36.26 
 
 		 277 aa  48.1  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.883354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  25.76 
 
 		 303 aa  48.5  0.0002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  41.18 
 
 		 279 aa  47.8  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  39.68 
 
 		 279 aa  47.8  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  39.68 
 
 		 279 aa  47.8  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  24.11 
 
 		 310 aa  46.6  0.0006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  24.77 
 
 		 316 aa  46.6  0.0006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  23.92 
 
 		 280 aa  46.6  0.0006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  28.37 
 
 		 300 aa  46.6  0.0006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  37.5 
 
 		 293 aa  46.6  0.0006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  25.35 
 
 		 294 aa  46.2  0.0007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  25 
 
 		 310 aa  46.2  0.0008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0064  phytoene/squalene synthetase  32.58 
 
 		 236 aa  45.8  0.001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1287  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  36.76 
 
 		 287 aa  45.8  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.200444  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_5449  predicted protein  27.12 
 
 		 302 aa  45.4  0.001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  25.97 
 
 		 337 aa  45.8  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  39.68 
 
 		 281 aa  45.8  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  25.58 
 
 		 309 aa  45.4  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  37.5 
 
 		 278 aa  45.1  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>