230 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_5450 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_5450  squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 351 aa  707    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.035034 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0485  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  74.71 
 
 		 348 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.501561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2156  squalene/phytoene synthase family protein  72 
 
 		 564 aa  501  1e-141  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0418  squalene/phytoene synthase family protein  71.84 
 
 		 349 aa  494  1e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1840  squalene/phytoene synthase family protein  71.55 
 
 		 356 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.156378  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0327  squalene/phytoene synthase family protein  71.55 
 
 		 402 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.479613  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1762  squalene/phytoene synthase family protein  71.26 
 
 		 513 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.265717  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0843  squalene/phytoene synthase family protein  71.55 
 
 		 516 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.336434  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2107  squalene/phytoene synthase family protein  71.55 
 
 		 356 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.666736  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1133  squalene/phytoene synthase family protein  71.55 
 
 		 349 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4026  Squalene/phytoene synthase  76.44 
 
 		 388 aa  487  1e-136  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.600735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5617  Squalene/phytoene synthase  70.69 
 
 		 353 aa  477  1e-133  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3084  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  67.54 
 
 		 350 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3686  squalene/phytoene synthase  57.85 
 
 		 354 aa  379  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.481699 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4159  squalene/phytoene synthase  57.56 
 
 		 354 aa  379  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.283896  normal  0.280623 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1749  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  58.77 
 
 		 354 aa  376  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0364934  normal  0.191421 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3255  squalene/phytoene synthase  58.02 
 
 		 355 aa  371  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4328  squalene/phytoene synthase  58.26 
 
 		 367 aa  372  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0106814  normal  0.0939133 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4104  squalene/phytoene synthase  58.02 
 
 		 355 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.132439  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4262  squalene/phytoene synthase  58.02 
 
 		 355 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0172457  normal  0.1857 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0957  squalene/phytoene synthase  44.2 
 
 		 380 aa  271  2e-71  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0169  squalene/phytoene synthase  31.38 
 
 		 340 aa  159  9e-38  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000509815  normal  0.0348824 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0365  Squalene/phytoene synthase  38.12 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20770  Squalene/phytoene synthase  32.04 
 
 		 377 aa  133  3.9999999999999996e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00645323  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0813  squalene synthase  29.75 
 
 		 362 aa  120  3e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.493188  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1784  Squalene synthase  29.81 
 
 		 401 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2125  phytoene/squalene synthetase family protein  30.22 
 
 		 347 aa  117  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2280  squalene/phytoene synthase  31.49 
 
 		 359 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4822  Squalene/phytoene synthase  26.99 
 
 		 360 aa  110  5e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.00000193666  normal  0.636776 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1321  squalene/phytoene synthase  29.08 
 
 		 366 aa  108  1e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2690  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.91 
 
 		 373 aa  99  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.286545  normal  0.217848 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0892  Squalene/phytoene synthase  22.84 
 
 		 330 aa  92  1e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000100627  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0189  squalene/phytoene synthase  28.37 
 
 		 329 aa  90.5  4e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.433494  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1206  Squalene/phytoene synthase  25.62 
 
 		 355 aa  77.8  0.0000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  unclonable  0.0000000204086  hitchhiker  0.00000600855 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  25.85 
 
 		 302 aa  77.4  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1173  Squalene/phytoene synthase  25.72 
 
 		 348 aa  77  0.0000000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2309  Squalene/phytoene synthase  24.15 
 
 		 350 aa  76.6  0.0000000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0934  Squalene/phytoene synthase  27.44 
 
 		 348 aa  76.3  0.0000000000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0124  hypothetical protein  25.61 
 
 		 345 aa  76.3  0.0000000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_83429  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  25.74 
 
 		 448 aa  75.5  0.000000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.274803  normal  0.0738823 
 
 
-
 
NC_006685  CNC05660  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase, putative  26.77 
 
 		 542 aa  75.1  0.000000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.148096  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_31144  predicted protein  23.12 
 
 		 456 aa  74.3  0.000000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  26.95 
 
 		 302 aa  72.8  0.000000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  32.77 
 
 		 337 aa  72.4  0.00000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10396  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G01220)  24.49 
 
 		 470 aa  71.6  0.00000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  26.77 
 
 		 302 aa  71.6  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5506  squalene synthase HpnD  30.28 
 
 		 282 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0194601 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3173  squalene synthase HpnD  30.68 
 
 		 282 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.170379  normal  0.798484 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4953  squalene/phytoene synthase  30.28 
 
 		 282 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.202978  normal  0.0913001 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0110  hypothetical protein  24.91 
 
 		 345 aa  70.1  0.00000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_13160  predicted protein  28.62 
 
 		 314 aa  69.3  0.00000000009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4263  squalene synthase HpnD  29.84 
 
 		 279 aa  68.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0017  squalene/phytoene synthase  29.64 
 
 		 282 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  26.72 
 
 		 293 aa  67.8  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  31.2 
 
 		 337 aa  67.8  0.0000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  26.24 
 
 		 316 aa  67.8  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  26.77 
 
 		 310 aa  67.8  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  30.04 
 
 		 300 aa  67.4  0.0000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  24.09 
 
 		 311 aa  67  0.0000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4554  squalene synthase HpnD  28.41 
 
 		 282 aa  67  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.124742  normal  0.209496 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  26.83 
 
 		 278 aa  66.6  0.0000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0902  Squalene/phytoene synthase  26.52 
 
 		 351 aa  66.6  0.0000000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.883554  normal  0.674566 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  25.28 
 
 		 309 aa  65.9  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4139  squalene synthase HpnD  28.03 
 
 		 290 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7027  squalene synthase HpnD  27.56 
 
 		 282 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.597423  hitchhiker  0.000000555779 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  27.82 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  28.24 
 
 		 288 aa  64.7  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  26.19 
 
 		 313 aa  63.5  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  24.8 
 
 		 311 aa  63.5  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  38.26 
 
 		 280 aa  63.5  0.000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0378  Phytoene synthase  34.19 
 
 		 277 aa  63.2  0.000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.883354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0494  phytoene synthase  28.63 
 
 		 342 aa  62.8  0.000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0010  putative squalene/phytoene synthase  27.17 
 
 		 306 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  26.61 
 
 		 338 aa  62.8  0.000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3163  squalene/phytoene synthase family protein  29.06 
 
 		 282 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.395921  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2102  putative phytoene synthase  29.06 
 
 		 282 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1491  squalene/phytoene synthase  29.06 
 
 		 275 aa  62  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116412  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3277  squalene/phytoene synthase family protein  29.06 
 
 		 282 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.173331  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5178  squalene/phytoene synthase  27.65 
 
 		 286 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  26.74 
 
 		 313 aa  62.4  0.00000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5681  squalene/phytoene synthase  28.23 
 
 		 344 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  hitchhiker  0.0020025 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1131  putative phytoene synthase  29.06 
 
 		 282 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0886071  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1411  putative phytoene synthase  29.06 
 
 		 282 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.590662  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  27.2 
 
 		 308 aa  61.6  0.00000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1718  squalene/phytoene synthase  30.08 
 
 		 279 aa  61.6  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150887  normal  0.105129 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  31.62 
 
 		 268 aa  62  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  27.85 
 
 		 324 aa  61.6  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4808  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.36 
 
 		 276 aa  60.8  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000000000000603288  normal  0.956727 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  23.33 
 
 		 309 aa  61.2  0.00000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  25 
 
 		 310 aa  60.8  0.00000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1601  Squalene/phytoene synthase  25.93 
 
 		 575 aa  60.8  0.00000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0484297  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  24.32 
 
 		 302 aa  61.2  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  28.32 
 
 		 310 aa  61.2  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  36.36 
 
 		 303 aa  60.5  0.00000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  28.32 
 
 		 310 aa  60.8  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1383  phytoene synthase  27.6 
 
 		 339 aa  60.5  0.00000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.244204  hitchhiker  0.00693002 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3241  squalene synthase HpnD  28.78 
 
 		 294 aa  60.8  0.00000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154532 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4931  squalene/phytoene synthase  27.94 
 
 		 303 aa  60.5  0.00000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.974749  normal  0.56653 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  27.54 
 
 		 298 aa  60.8  0.00000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  25.95 
 
 		 310 aa  60.5  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>