178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA0813 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA0813  squalene synthase  100 
 
 		 362 aa  743    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.493188  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1321  squalene/phytoene synthase  56.02 
 
 		 366 aa  373  1e-102  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20770  Squalene/phytoene synthase  50.6 
 
 		 377 aa  337  1.9999999999999998e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00645323  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2125  phytoene/squalene synthetase family protein  50 
 
 		 347 aa  317  2e-85  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1784  Squalene synthase  50 
 
 		 401 aa  316  3e-85  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2690  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  46.76 
 
 		 373 aa  290  2e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.286545  normal  0.217848 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2280  squalene/phytoene synthase  42.99 
 
 		 359 aa  259  6e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0189  squalene/phytoene synthase  37.87 
 
 		 329 aa  223  3e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.433494  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3084  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  34.46 
 
 		 350 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2156  squalene/phytoene synthase family protein  30.89 
 
 		 564 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4822  Squalene/phytoene synthase  32.93 
 
 		 360 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.00000193666  normal  0.636776 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5617  Squalene/phytoene synthase  33.95 
 
 		 353 aa  133  6e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1840  squalene/phytoene synthase family protein  29.51 
 
 		 356 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.156378  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2107  squalene/phytoene synthase family protein  29.51 
 
 		 356 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.666736  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1133  squalene/phytoene synthase family protein  29.51 
 
 		 349 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0843  squalene/phytoene synthase family protein  29.51 
 
 		 516 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.336434  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0418  squalene/phytoene synthase family protein  29.18 
 
 		 349 aa  125  9e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0327  squalene/phytoene synthase family protein  29.18 
 
 		 402 aa  125  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.479613  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1762  squalene/phytoene synthase family protein  29.18 
 
 		 513 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.265717  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0957  squalene/phytoene synthase  29.17 
 
 		 380 aa  122  8e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1173  Squalene/phytoene synthase  31.15 
 
 		 348 aa  121  1.9999999999999998e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0485  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.97 
 
 		 348 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.501561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5450  squalene/phytoene synthase  29.75 
 
 		 351 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.035034 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2309  Squalene/phytoene synthase  29.64 
 
 		 350 aa  116  6.9999999999999995e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1749  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  28.2 
 
 		 354 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0364934  normal  0.191421 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3255  squalene/phytoene synthase  28.99 
 
 		 355 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4104  squalene/phytoene synthase  29.36 
 
 		 355 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.132439  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4262  squalene/phytoene synthase  29.36 
 
 		 355 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0172457  normal  0.1857 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1206  Squalene/phytoene synthase  29.03 
 
 		 355 aa  115  8.999999999999998e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  unclonable  0.0000000204086  hitchhiker  0.00000600855 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4026  Squalene/phytoene synthase  29.97 
 
 		 388 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.600735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3686  squalene/phytoene synthase  28.83 
 
 		 354 aa  113  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.481699 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4159  squalene/phytoene synthase  28.53 
 
 		 354 aa  112  9e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.283896  normal  0.280623 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4328  squalene/phytoene synthase  29.72 
 
 		 367 aa  106  7e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0106814  normal  0.0939133 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0892  Squalene/phytoene synthase  28.14 
 
 		 330 aa  106  8e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000100627  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_13160  predicted protein  31.01 
 
 		 314 aa  103  3e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0934  Squalene/phytoene synthase  28.07 
 
 		 348 aa  89.7  7e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0169  squalene/phytoene synthase  22.33 
 
 		 340 aa  88.2  2e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000509815  normal  0.0348824 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_31144  predicted protein  27.9 
 
 		 456 aa  88.6  2e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10396  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G01220)  27.27 
 
 		 470 aa  86.3  8e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0365  Squalene/phytoene synthase  29.87 
 
 		 299 aa  86.3  8e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0902  Squalene/phytoene synthase  30.12 
 
 		 351 aa  84.7  0.000000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.883554  normal  0.674566 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15920  Squalene synthase  26.95 
 
 		 321 aa  84  0.000000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.13397  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_83429  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  24.61 
 
 		 448 aa  82.4  0.00000000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.274803  normal  0.0738823 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0110  hypothetical protein  26.46 
 
 		 345 aa  78.6  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0124  hypothetical protein  26.12 
 
 		 345 aa  76.6  0.0000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC05660  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase, putative  27.73 
 
 		 542 aa  71.2  0.00000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.148096  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1894  Squalene/phytoene synthase  28.23 
 
 		 270 aa  69.7  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    unclonable  2.73181e-25 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4808  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.86 
 
 		 276 aa  68.6  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000000000000603288  normal  0.956727 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0519  Squalene/phytoene synthase  30.66 
 
 		 270 aa  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000172077  unclonable  0.00000000442805 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0502  Squalene/phytoene synthase  30.66 
 
 		 270 aa  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  25.82 
 
 		 280 aa  65.1  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2043  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  26.64 
 
 		 274 aa  63.9  0.000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.259973  normal  0.118858 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  25.58 
 
 		 293 aa  63.9  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  39.53 
 
 		 289 aa  60.5  0.00000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2267  Squalene/phytoene synthase  27.78 
 
 		 292 aa  59.3  0.00000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  30.34 
 
 		 280 aa  58.9  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  32.03 
 
 		 298 aa  58.2  0.0000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  31.73 
 
 		 309 aa  58.5  0.0000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  31.73 
 
 		 310 aa  58.5  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  27.06 
 
 		 302 aa  58.2  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  25.77 
 
 		 313 aa  57.4  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2819  Phytoene synthase  25.54 
 
 		 335 aa  57  0.0000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0378  Phytoene synthase  33.33 
 
 		 277 aa  56.2  0.0000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.883354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  35.63 
 
 		 309 aa  56.2  0.0000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  24.34 
 
 		 278 aa  55.5  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  29.33 
 
 		 337 aa  55.5  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  24.63 
 
 		 316 aa  55.5  0.000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  28.85 
 
 		 310 aa  54.3  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  26.56 
 
 		 279 aa  54.3  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1618  squalene/phytoene synthase  30.65 
 
 		 364 aa  54.3  0.000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  25.22 
 
 		 311 aa  53.5  0.000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  31.36 
 
 		 302 aa  53.5  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1827  squalene synthase HpnD  35.59 
 
 		 298 aa  53.5  0.000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1718  squalene/phytoene synthase  25.53 
 
 		 279 aa  53.5  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150887  normal  0.105129 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  33.72 
 
 		 311 aa  53.1  0.000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  25.37 
 
 		 277 aa  53.1  0.000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  31.53 
 
 		 313 aa  53.1  0.000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  25.33 
 
 		 281 aa  53.1  0.000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  25.54 
 
 		 280 aa  53.1  0.000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1814  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  32 
 
 		 323 aa  52.8  0.000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2069  Squalene/phytoene synthase  35.85 
 
 		 355 aa  52  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.910011 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  39.68 
 
 		 279 aa  52  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3173  squalene synthase HpnD  31.73 
 
 		 282 aa  52.4  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.170379  normal  0.798484 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  30.66 
 
 		 337 aa  52.4  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0017  squalene/phytoene synthase  31.73 
 
 		 282 aa  51.6  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  29.2 
 
 		 303 aa  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1700  Squalene/phytoene synthase  28.57 
 
 		 355 aa  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.898001  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  25.63 
 
 		 279 aa  51.6  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4554  squalene synthase HpnD  30.17 
 
 		 282 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.124742  normal  0.209496 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  24.67 
 
 		 302 aa  51.2  0.00002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  25.63 
 
 		 279 aa  51.6  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3241  squalene synthase HpnD  29.51 
 
 		 294 aa  51.2  0.00003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154532 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0299  phytoene synthase  31.3 
 
 		 304 aa  51.2  0.00003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.791623  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4010  squalene/phytoene synthase  25.87 
 
 		 349 aa  50.8  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.450209  hitchhiker  0.005496 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  26.79 
 
 		 278 aa  50.8  0.00004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4953  squalene/phytoene synthase  31.73 
 
 		 282 aa  50.4  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.202978  normal  0.0913001 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  30.63 
 
 		 302 aa  50.4  0.00004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3578  squalene/phytoene synthase  30.48 
 
 		 311 aa  50.8  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0270096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  38.2 
 
 		 302 aa  50.4  0.00005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  35.71 
 
 		 281 aa  50.4  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0455716 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>