205 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BURPS1710b_A1762 on replicon NC_007435
Organism: Burkholderia pseudomallei 1710b



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_006349  BMAA1840  squalene/phytoene synthase family protein  98.88 
 
 		 356 aa  700    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.156378  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1762  squalene/phytoene synthase family protein  100 
 
 		 513 aa  1013    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.265717  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2156  squalene/phytoene synthase family protein  92.46 
 
 		 564 aa  916    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0843  squalene/phytoene synthase family protein  99.03 
 
 		 516 aa  1004    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.336434  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1133  squalene/phytoene synthase family protein  98.85 
 
 		 349 aa  686    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0418  squalene/phytoene synthase family protein  98.85 
 
 		 349 aa  684    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0327  squalene/phytoene synthase family protein  99.5 
 
 		 402 aa  796    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.479613  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2107  squalene/phytoene synthase family protein  98.88 
 
 		 356 aa  700    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.666736  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0485  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  72.41 
 
 		 348 aa  478  1e-133  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.501561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5450  squalene/phytoene synthase  71.26 
 
 		 351 aa  472  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.035034 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4026  Squalene/phytoene synthase  71.23 
 
 		 388 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.600735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5617  Squalene/phytoene synthase  67.53 
 
 		 353 aa  454  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3084  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  64.93 
 
 		 350 aa  413  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4159  squalene/phytoene synthase  59.77 
 
 		 354 aa  378  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.283896  normal  0.280623 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3686  squalene/phytoene synthase  59.48 
 
 		 354 aa  375  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.481699 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1749  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  58.55 
 
 		 354 aa  369  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0364934  normal  0.191421 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4104  squalene/phytoene synthase  58.94 
 
 		 355 aa  360  4e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.132439  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4262  squalene/phytoene synthase  58.94 
 
 		 355 aa  360  4e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0172457  normal  0.1857 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4328  squalene/phytoene synthase  56.94 
 
 		 367 aa  359  7e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0106814  normal  0.0939133 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3255  squalene/phytoene synthase  58.94 
 
 		 355 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0957  squalene/phytoene synthase  46.04 
 
 		 380 aa  274  2.0000000000000002e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0169  squalene/phytoene synthase  29.86 
 
 		 340 aa  153  5.9999999999999996e-36  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000509815  normal  0.0348824 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0365  Squalene/phytoene synthase  35.69 
 
 		 299 aa  144  4e-33  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2280  squalene/phytoene synthase  34.51 
 
 		 359 aa  131  4.0000000000000003e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20770  Squalene/phytoene synthase  29.5 
 
 		 377 aa  124  3e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00645323  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0813  squalene synthase  29.18 
 
 		 362 aa  124  4e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.493188  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1321  squalene/phytoene synthase  30.6 
 
 		 366 aa  120  7e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1784  Squalene synthase  31.82 
 
 		 401 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2125  phytoene/squalene synthetase family protein  31.48 
 
 		 347 aa  118  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2690  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  32.04 
 
 		 373 aa  108  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.286545  normal  0.217848 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4822  Squalene/phytoene synthase  27.69 
 
 		 360 aa  107  6e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.00000193666  normal  0.636776 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0189  squalene/phytoene synthase  26.77 
 
 		 329 aa  94.4  5e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.433494  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0892  Squalene/phytoene synthase  24.14 
 
 		 330 aa  93.6  8e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000100627  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0934  Squalene/phytoene synthase  30.26 
 
 		 348 aa  79  0.0000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  28.44 
 
 		 303 aa  75.5  0.000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1206  Squalene/phytoene synthase  27.71 
 
 		 355 aa  74.7  0.000000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  unclonable  0.0000000204086  hitchhiker  0.00000600855 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4808  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.3 
 
 		 276 aa  71.6  0.00000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000000000000603288  normal  0.956727 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2309  Squalene/phytoene synthase  27.88 
 
 		 350 aa  71.2  0.00000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1173  Squalene/phytoene synthase  27.95 
 
 		 348 aa  71.6  0.00000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_83429  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  23.7 
 
 		 448 aa  70.5  0.00000000007  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.274803  normal  0.0738823 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  32.02 
 
 		 298 aa  70.1  0.00000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4263  squalene synthase HpnD  30.43 
 
 		 279 aa  69.7  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0124  hypothetical protein  24.62 
 
 		 345 aa  68.6  0.0000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_13160  predicted protein  30.26 
 
 		 314 aa  69.3  0.0000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_31144  predicted protein  24.37 
 
 		 456 aa  68.2  0.0000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0017  squalene/phytoene synthase  29.63 
 
 		 282 aa  67.8  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15920  Squalene synthase  25.43 
 
 		 321 aa  67  0.0000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.13397  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4554  squalene synthase HpnD  29.48 
 
 		 282 aa  67  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.124742  normal  0.209496 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10396  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G01220)  24.92 
 
 		 470 aa  67  0.0000000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1894  Squalene/phytoene synthase  27.43 
 
 		 270 aa  67  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    unclonable  2.73181e-25 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  24.81 
 
 		 293 aa  67  0.0000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0110  hypothetical protein  25.34 
 
 		 345 aa  66.2  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3173  squalene synthase HpnD  29.48 
 
 		 282 aa  65.9  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.170379  normal  0.798484 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5681  squalene/phytoene synthase  29.1 
 
 		 344 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  hitchhiker  0.0020025 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  26.16 
 
 		 302 aa  65.1  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5178  squalene/phytoene synthase  29.1 
 
 		 286 aa  64.7  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6444  phytoene synthase  27.76 
 
 		 346 aa  64.7  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.974636 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5506  squalene synthase HpnD  28.36 
 
 		 282 aa  64.3  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0194601 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4953  squalene/phytoene synthase  28.73 
 
 		 282 aa  63.9  0.000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.202978  normal  0.0913001 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  32.09 
 
 		 279 aa  63.5  0.000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  28.45 
 
 		 337 aa  63.5  0.000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3241  squalene synthase HpnD  28.47 
 
 		 294 aa  63.2  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154532 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2043  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  26.64 
 
 		 274 aa  63.2  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.259973  normal  0.118858 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7027  squalene synthase HpnD  28.57 
 
 		 282 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.597423  hitchhiker  0.000000555779 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4139  squalene synthase HpnD  28.03 
 
 		 290 aa  62  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  26.81 
 
 		 279 aa  61.6  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  26.81 
 
 		 279 aa  61.6  0.00000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  42.31 
 
 		 280 aa  61.2  0.00000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0902  Squalene/phytoene synthase  25.18 
 
 		 351 aa  60.8  0.00000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.883554  normal  0.674566 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  26.52 
 
 		 280 aa  60.8  0.00000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  30.1 
 
 		 283 aa  60.8  0.00000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0010  putative squalene/phytoene synthase  27.78 
 
 		 306 aa  60.8  0.00000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  27.07 
 
 		 288 aa  60.5  0.00000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  25.73 
 
 		 280 aa  60.5  0.00000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  26.19 
 
 		 313 aa  60.5  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  25.09 
 
 		 302 aa  60.5  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC05660  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase, putative  23.49 
 
 		 542 aa  60.1  0.00000008  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.148096  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0270  phytoene synthase  28.24 
 
 		 355 aa  60.1  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  26.5 
 
 		 278 aa  60.1  0.00000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0276  Squalene/phytoene synthase  26.48 
 
 		 321 aa  60.1  0.00000009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.54913  normal  0.0299312 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2819  Phytoene synthase  28.63 
 
 		 335 aa  60.1  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2069  Squalene/phytoene synthase  29.2 
 
 		 355 aa  59.7  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.910011 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  27.57 
 
 		 337 aa  59.7  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  25 
 
 		 302 aa  59.7  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2361  phytoene synthase, putative  29.28 
 
 		 397 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  26.09 
 
 		 316 aa  58.9  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6349  squalene synthase HpnD  29.75 
 
 		 284 aa  58.5  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00743094  normal  0.0909411 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1004  Phytoene synthase  26.51 
 
 		 318 aa  58.5  0.0000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.372404  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0494  phytoene synthase  29.02 
 
 		 342 aa  58.5  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  31.07 
 
 		 310 aa  58.2  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  37.76 
 
 		 286 aa  58.2  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  27.24 
 
 		 338 aa  58.5  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1491  squalene/phytoene synthase  28.73 
 
 		 275 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116412  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0502  Squalene/phytoene synthase  28.18 
 
 		 270 aa  58.2  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0519  Squalene/phytoene synthase  28.18 
 
 		 270 aa  58.2  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000172077  unclonable  0.00000000442805 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  24.71 
 
 		 279 aa  58.2  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1131  putative phytoene synthase  28.73 
 
 		 282 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0886071  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1411  putative phytoene synthase  28.73 
 
 		 282 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.590662  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3277  squalene/phytoene synthase family protein  28.73 
 
 		 282 aa  58.2  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.173331  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3163  squalene/phytoene synthase family protein  28.73 
 
 		 282 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.395921  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>