146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hlac_1206 on replicon NC_012029
Organism: Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012029  Hlac_1206  Squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 355 aa  718    Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  unclonable  0.0000000204086  hitchhiker  0.00000600855 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0934  Squalene/phytoene synthase  65.32 
 
 		 348 aa  450  1e-125  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1173  Squalene/phytoene synthase  55.17 
 
 		 348 aa  388  1e-107  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2309  Squalene/phytoene synthase  53.3 
 
 		 350 aa  388  1e-107  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0902  Squalene/phytoene synthase  44.41 
 
 		 351 aa  248  1e-64  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.883554  normal  0.674566 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4822  Squalene/phytoene synthase  29.62 
 
 		 360 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.00000193666  normal  0.636776 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2280  squalene/phytoene synthase  30.59 
 
 		 359 aa  120  3e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0813  squalene synthase  29.03 
 
 		 362 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.493188  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15920  Squalene synthase  25.44 
 
 		 321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.13397  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1784  Squalene synthase  29.06 
 
 		 401 aa  106  8e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2125  phytoene/squalene synthetase family protein  29.06 
 
 		 347 aa  106  8e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1321  squalene/phytoene synthase  27.78 
 
 		 366 aa  105  2e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_31144  predicted protein  24.41 
 
 		 456 aa  97.4  3e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0124  hypothetical protein  26.29 
 
 		 345 aa  96.7  6e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0189  squalene/phytoene synthase  27.46 
 
 		 329 aa  96.7  6e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.433494  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2690  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  27.41 
 
 		 373 aa  96.3  8e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.286545  normal  0.217848 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20770  Squalene/phytoene synthase  29.91 
 
 		 377 aa  96.3  8e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00645323  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10396  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G01220)  25.51 
 
 		 470 aa  94.7  2e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0110  hypothetical protein  23.79 
 
 		 345 aa  93.6  5e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0957  squalene/phytoene synthase  26.25 
 
 		 380 aa  91.3  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0892  Squalene/phytoene synthase  28.97 
 
 		 330 aa  89  1e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000100627  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3084  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  26.2 
 
 		 350 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5617  Squalene/phytoene synthase  26.79 
 
 		 353 aa  81.3  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3686  squalene/phytoene synthase  27.59 
 
 		 354 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.481699 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4159  squalene/phytoene synthase  27.27 
 
 		 354 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.283896  normal  0.280623 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2156  squalene/phytoene synthase family protein  25.4 
 
 		 564 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4328  squalene/phytoene synthase  26.75 
 
 		 367 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0106814  normal  0.0939133 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0418  squalene/phytoene synthase family protein  26.27 
 
 		 349 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0843  squalene/phytoene synthase family protein  26.35 
 
 		 516 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.336434  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1711  squalene/phytoene synthase  32.72 
 
 		 309 aa  77.8  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.172476  normal  0.208804 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1840  squalene/phytoene synthase family protein  26.35 
 
 		 356 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.156378  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_13160  predicted protein  21.58 
 
 		 314 aa  77.4  0.0000000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1133  squalene/phytoene synthase family protein  26.35 
 
 		 349 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2107  squalene/phytoene synthase family protein  26.35 
 
 		 356 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.666736  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0365  Squalene/phytoene synthase  26.98 
 
 		 299 aa  77.4  0.0000000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_83429  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  24.28 
 
 		 448 aa  76.3  0.0000000000008  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.274803  normal  0.0738823 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4104  squalene/phytoene synthase  25.87 
 
 		 355 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.132439  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4262  squalene/phytoene synthase  25.87 
 
 		 355 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0172457  normal  0.1857 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0327  squalene/phytoene synthase family protein  28.14 
 
 		 402 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.479613  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1762  squalene/phytoene synthase family protein  27.71 
 
 		 513 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.265717  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3255  squalene/phytoene synthase  25.87 
 
 		 355 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3578  squalene/phytoene synthase  27.65 
 
 		 311 aa  74.3  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0270096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1749  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  26.27 
 
 		 354 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0364934  normal  0.191421 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0485  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  27.22 
 
 		 348 aa  72.8  0.000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.501561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4026  Squalene/phytoene synthase  28.46 
 
 		 388 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.600735  normal  1 
 
 
-
 
NC_006685  CNC05660  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase, putative  25.55 
 
 		 542 aa  71.2  0.00000000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.148096  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5450  squalene/phytoene synthase  25.62 
 
 		 351 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.035034 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0169  squalene/phytoene synthase  18.59 
 
 		 340 aa  67.8  0.0000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000509815  normal  0.0348824 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_56481  phytoene synthase  24.6 
 
 		 505 aa  65.1  0.000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0502  Squalene/phytoene synthase  25.24 
 
 		 270 aa  64.7  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0519  Squalene/phytoene synthase  25.24 
 
 		 270 aa  64.7  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000172077  unclonable  0.00000000442805 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  34.64 
 
 		 281 aa  61.2  0.00000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1262  squalene/phytoene synthase  25.27 
 
 		 348 aa  60.8  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.238367  normal  0.0709995 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1700  Squalene/phytoene synthase  24.56 
 
 		 355 aa  60.8  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.898001  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1894  Squalene/phytoene synthase  25.41 
 
 		 270 aa  61.2  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    unclonable  2.73181e-25 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  26.57 
 
 		 273 aa  59.3  0.0000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3132  squalene/phytoene synthase  23.4 
 
 		 327 aa  57.8  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.901985 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  27.31 
 
 		 302 aa  57.4  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  20.93 
 
 		 302 aa  57.4  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4808  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  23.87 
 
 		 276 aa  57  0.0000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000000000000603288  normal  0.956727 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0064  squalene-phytoene synthase  34.96 
 
 		 687 aa  57  0.0000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3765  squalene/phytoene synthase  22.38 
 
 		 349 aa  56.6  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.142197  hitchhiker  0.00585073 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0064  phytoene/squalene synthetase  24.57 
 
 		 236 aa  56.2  0.0000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  21.99 
 
 		 302 aa  56.2  0.0000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4010  squalene/phytoene synthase  22.55 
 
 		 349 aa  56.2  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.450209  hitchhiker  0.005496 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  23.17 
 
 		 302 aa  55.8  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1814  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.69 
 
 		 323 aa  55.1  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2043  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  23.34 
 
 		 274 aa  54.7  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.259973  normal  0.118858 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  28.89 
 
 		 321 aa  55.1  0.000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2212  Phytoene synthase  27.46 
 
 		 333 aa  54.7  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.306787  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  32.37 
 
 		 277 aa  54.3  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2267  Squalene/phytoene synthase  24.89 
 
 		 292 aa  54.7  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6444  phytoene synthase  25.52 
 
 		 346 aa  54.7  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.974636 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2069  Squalene/phytoene synthase  27.27 
 
 		 355 aa  53.9  0.000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.910011 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3735  squalene/phytoene synthase  23.81 
 
 		 351 aa  53.1  0.000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  22.35 
 
 		 311 aa  52.8  0.000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  19.44 
 
 		 309 aa  52.4  0.00001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2584  squalene/phytoene synthase  23.35 
 
 		 287 aa  51.2  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0158567  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2638  squalene/phytoene synthase  23.35 
 
 		 287 aa  51.2  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.444406  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  23.94 
 
 		 313 aa  51.6  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  25.19 
 
 		 316 aa  50.8  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1047  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  24.02 
 
 		 292 aa  50.8  0.00003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.477192  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  28.76 
 
 		 285 aa  50.8  0.00004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1618  squalene/phytoene synthase  27.07 
 
 		 364 aa  50.8  0.00004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  26.09 
 
 		 278 aa  50.4  0.00005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  24.77 
 
 		 302 aa  50.1  0.00005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0065  squalene/phytoene synthase  23.98 
 
 		 297 aa  50.1  0.00006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.114754  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  21.71 
 
 		 310 aa  49.7  0.00007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  28.33 
 
 		 302 aa  50.1  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0494  phytoene synthase  23.55 
 
 		 342 aa  49.7  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1693  squalene/phytoene synthase  30.33 
 
 		 307 aa  49.7  0.00008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.267  hitchhiker  0.0000197833 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  29.84 
 
 		 310 aa  49.7  0.00008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1510  squalene synthase HpnC  27.8 
 
 		 292 aa  48.9  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.829612  normal  0.012089 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  22.58 
 
 		 311 aa  48.9  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1525  putative phytoene synthase-like protein  23.92 
 
 		 299 aa  48.9  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0142  phytoene synthase  27.73 
 
 		 337 aa  48.1  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0378  Phytoene synthase  29.13 
 
 		 277 aa  47.8  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.883354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2018  squalene/phytoene synthase  22.13 
 
 		 296 aa  47.8  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.971404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  31.25 
 
 		 288 aa  47.4  0.0004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  23.51 
 
 		 303 aa  47.4  0.0004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>