More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1485 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  100 
 
 		 763 aa  1539    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  47.41 
 
 		 758 aa  658    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  43.38 
 
 		 812 aa  636    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  45.75 
 
 		 762 aa  661    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  49.64 
 
 		 720 aa  659    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  73.34 
 
 		 759 aa  1117    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  64.53 
 
 		 763 aa  996    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  55.97 
 
 		 777 aa  836    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  55.61 
 
 		 752 aa  818    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  60.22 
 
 		 737 aa  883    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  60.46 
 
 		 737 aa  882    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  46.08 
 
 		 716 aa  640    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  42.91 
 
 		 806 aa  634  1e-180  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  42.91 
 
 		 808 aa  634  1e-180  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  43.04 
 
 		 804 aa  635  1e-180  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  43.04 
 
 		 810 aa  634  1e-180  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  42.91 
 
 		 808 aa  634  1e-180  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  43.04 
 
 		 806 aa  635  1e-180  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  43.04 
 
 		 806 aa  634  1e-180  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  42.91 
 
 		 808 aa  634  1e-180  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  43.3 
 
 		 792 aa  630  1e-179  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  42.67 
 
 		 814 aa  632  1e-179  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  46.94 
 
 		 706 aa  623  1e-177  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  46.27 
 
 		 706 aa  610  1e-173  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  44.48 
 
 		 788 aa  612  1e-173  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  44.87 
 
 		 722 aa  610  1e-173  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  45.47 
 
 		 757 aa  598  1e-169  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  43.76 
 
 		 751 aa  594  1e-168  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  43.76 
 
 		 751 aa  591  1e-167  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  45.52 
 
 		 770 aa  585  1e-166  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  46.03 
 
 		 903 aa  578  1.0000000000000001e-163  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  41.33 
 
 		 792 aa  565  1e-160  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  43.63 
 
 		 758 aa  568  1e-160  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  41.58 
 
 		 876 aa  568  1e-160  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  41.45 
 
 		 870 aa  561  1e-158  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  44.54 
 
 		 715 aa  561  1e-158  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  39.89 
 
 		 790 aa  557  1e-157  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  41.34 
 
 		 735 aa  558  1e-157  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0805  ribonuclease R  39.89 
 
 		 790 aa  557  1e-157  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.127645  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  41.69 
 
 		 840 aa  558  1e-157  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3965  ribonuclease R  40.86 
 
 		 827 aa  557  1e-157  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.120955  normal  0.449748 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  42.8 
 
 		 805 aa  555  1e-156  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  43.16 
 
 		 1055 aa  555  1e-156  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  43.2 
 
 		 709 aa  552  1e-156  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  41.12 
 
 		 828 aa  545  1e-154  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  39.37 
 
 		 937 aa  546  1e-154  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  41.7 
 
 		 722 aa  545  1e-153  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  41.05 
 
 		 906 aa  543  1e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  41.92 
 
 		 827 aa  542  1e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  41.92 
 
 		 827 aa  542  1e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  41.92 
 
 		 827 aa  542  1e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  42.45 
 
 		 755 aa  541  9.999999999999999e-153  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  40.45 
 
 		 857 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  42.05 
 
 		 838 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  42.05 
 
 		 812 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  42.05 
 
 		 896 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  42.05 
 
 		 896 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  42.05 
 
 		 838 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  42.33 
 
 		 895 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  42.05 
 
 		 838 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  42.05 
 
 		 886 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  41.19 
 
 		 907 aa  542  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  40.13 
 
 		 871 aa  538  1e-151  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  41.18 
 
 		 828 aa  538  1e-151  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  41.64 
 
 		 817 aa  536  1e-151  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0351  ribonuclease R  42.33 
 
 		 803 aa  536  1e-151  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  41.64 
 
 		 817 aa  535  1e-151  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1686  ribonuclease R  40.83 
 
 		 818 aa  535  1e-151  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.133651 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  40.97 
 
 		 857 aa  534  1e-150  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  40.97 
 
 		 857 aa  534  1e-150  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  41.04 
 
 		 824 aa  533  1e-150  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  39.67 
 
 		 864 aa  534  1e-150  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1707  ribonuclease R  39.8 
 
 		 833 aa  533  1e-150  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.497255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  40.66 
 
 		 807 aa  535  1e-150  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  40.92 
 
 		 826 aa  535  1e-150  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2540  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  40.23 
 
 		 833 aa  535  1e-150  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548982  normal  0.714199 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  41.15 
 
 		 817 aa  533  1e-150  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  39.24 
 
 		 859 aa  535  1e-150  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  40.35 
 
 		 833 aa  535  1e-150  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  39.82 
 
 		 819 aa  534  1e-150  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  39.02 
 
 		 808 aa  533  1e-150  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  39.02 
 
 		 808 aa  533  1e-150  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  39.23 
 
 		 809 aa  535  1e-150  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  43.57 
 
 		 813 aa  529  1e-149  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  43.57 
 
 		 813 aa  530  1e-149  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  39.72 
 
 		 848 aa  531  1e-149  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  42.65 
 
 		 819 aa  530  1e-149  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  40.2 
 
 		 726 aa  530  1e-149  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  40.63 
 
 		 749 aa  531  1e-149  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  40.66 
 
 		 807 aa  531  1e-149  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  40.77 
 
 		 736 aa  532  1e-149  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  40.52 
 
 		 807 aa  529  1e-149  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  40.66 
 
 		 807 aa  531  1e-149  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  43.57 
 
 		 813 aa  529  1e-149  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  40.66 
 
 		 807 aa  531  1e-149  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  40.62 
 
 		 808 aa  529  1e-148  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  40.21 
 
 		 821 aa  526  1e-148  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  43.57 
 
 		 813 aa  528  1e-148  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  43.57 
 
 		 813 aa  528  1e-148  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3067  exoribonuclease II  39.87 
 
 		 808 aa  527  1e-148  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.802811  normal  0.171629 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>