201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_2237 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 
412 aa  842    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  33.66 
 
 
446 aa  206  8e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  35.33 
 
 
620 aa  169  6e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  31.71 
 
 
438 aa  169  8e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  29.68 
 
 
404 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  31.34 
 
 
401 aa  161  2e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  28.9 
 
 
451 aa  152  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.65 
 
 
378 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  28.19 
 
 
420 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3914  Restriction endonuclease S subunit  31.41 
 
 
405 aa  147  3e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  26.81 
 
 
440 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  33.7 
 
 
285 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  32.89 
 
 
414 aa  133  5e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  47.44 
 
 
400 aa  133  6.999999999999999e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3768  restriction modification system DNA specificity subunit  33.05 
 
 
374 aa  129  9.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36553  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  27.71 
 
 
413 aa  129  1.0000000000000001e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  30.41 
 
 
405 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  26.27 
 
 
425 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0023  type I restriction-modification system specificity subunit  28.28 
 
 
411 aa  119  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.834107  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0031  type I restriction-modification system specificity subunit  28.28 
 
 
411 aa  119  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404176  normal  0.032892 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  31.69 
 
 
439 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.55 
 
 
400 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1576  type I restriction-modification system, S subunit  45.16 
 
 
399 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.200835  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  35 
 
 
424 aa  115  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.85 
 
 
429 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  29.9 
 
 
371 aa  109  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  26.26 
 
 
425 aa  103  8e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  26.48 
 
 
402 aa  102  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  27.23 
 
 
549 aa  96.3  8e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.32 
 
 
428 aa  95.9  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  26.44 
 
 
447 aa  95.1  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.54 
 
 
412 aa  94  5e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  28.78 
 
 
430 aa  93.2  8e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  36.72 
 
 
444 aa  91.3  3e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  25.81 
 
 
418 aa  91.3  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  25.81 
 
 
418 aa  91.3  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4348  restriction modification system DNA specificity subunit  26.94 
 
 
363 aa  91.3  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  26.48 
 
 
397 aa  90.5  5e-17  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  23.81 
 
 
477 aa  89.7  9e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  27.3 
 
 
432 aa  89  2e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  26.98 
 
 
419 aa  88.2  2e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3757  restriction modification system S subunit  25 
 
 
436 aa  85.5  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.386531  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  24.36 
 
 
416 aa  85.9  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  24.81 
 
 
411 aa  84.3  0.000000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0549  restriction modification system DNA specificity subunit  24.87 
 
 
385 aa  83.6  0.000000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  25.94 
 
 
438 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  29.38 
 
 
420 aa  80.1  0.00000000000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2285  hypothetical protein  26.26 
 
 
425 aa  80.1  0.00000000000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0313194  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.94 
 
 
423 aa  79.7  0.00000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  23.15 
 
 
422 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  26.43 
 
 
380 aa  78.6  0.0000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.54 
 
 
384 aa  78.6  0.0000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  25.99 
 
 
453 aa  77.8  0.0000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.14 
 
 
442 aa  77  0.0000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  24.4 
 
 
415 aa  76.6  0.0000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4472  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.47 
 
 
428 aa  76.3  0.0000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  23.88 
 
 
412 aa  75.9  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  21.08 
 
 
435 aa  76.3  0.000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  24.41 
 
 
416 aa  74.7  0.000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.17 
 
 
572 aa  74.7  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  25.27 
 
 
417 aa  74.7  0.000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  26.75 
 
 
456 aa  74.3  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  27.89 
 
 
390 aa  74.7  0.000000000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  25.97 
 
 
392 aa  73.6  0.000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4007  restriction endonuclease S subunits-like  22.34 
 
 
412 aa  73.2  0.000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  25.07 
 
 
422 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  23.63 
 
 
428 aa  70.5  0.00000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  23.28 
 
 
400 aa  70.5  0.00000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.96 
 
 
495 aa  70.5  0.00000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  29.88 
 
 
485 aa  69.3  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  23.58 
 
 
393 aa  68.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.9 
 
 
453 aa  67.8  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  30.83 
 
 
597 aa  66.6  0.0000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  25.08 
 
 
417 aa  66.2  0.0000000009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  35.07 
 
 
435 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  24.74 
 
 
464 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.12 
 
 
433 aa  65.1  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  25.99 
 
 
528 aa  65.1  0.000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  25.37 
 
 
429 aa  65.1  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  27.44 
 
 
429 aa  63.9  0.000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  28.69 
 
 
426 aa  61.6  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  25.55 
 
 
373 aa  62  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  28.99 
 
 
456 aa  62  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  28.69 
 
 
409 aa  61.2  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1218  restriction modification system DNA specificity subunit  34.68 
 
 
351 aa  60.1  0.00000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.67755  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  39.74 
 
 
374 aa  60.1  0.00000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  24 
 
 
456 aa  60.1  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  26.82 
 
 
532 aa  60.1  0.00000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  23.56 
 
 
458 aa  59.3  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.58 
 
 
442 aa  58.5  0.0000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.2 
 
 
400 aa  58.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  24.77 
 
 
429 aa  58.9  0.0000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.39 
 
 
415 aa  57.8  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  22.2 
 
 
416 aa  57.4  0.0000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  25.3 
 
 
360 aa  57.4  0.0000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.3 
 
 
413 aa  57.4  0.0000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  25.1 
 
 
465 aa  57  0.0000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  27.27 
 
 
402 aa  57  0.0000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  22.4 
 
 
492 aa  56.6  0.0000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  21.2 
 
 
425 aa  56.6  0.0000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>