More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_1218 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_1218  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 206 aa  423  1e-117  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1244  TetR family transcriptional regulator  84.95 
 
 		 206 aa  367  1e-101  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1436  TetR family transcriptional regulator  78.23 
 
 		 125 aa  198  3.9999999999999996e-50  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000772402  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0074  TetR/AcrR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 196 aa  104  1e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1437  hypothetical protein  59.21 
 
 		 76 aa  97.4  1e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000241003  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0986  TetR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 197 aa  73.2  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2602  transcriptional regulator, TetR family  49.35 
 
 		 214 aa  71.2  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.157273  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1767  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 209 aa  70.1  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.271955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2695  transcriptional regulator, TetR family  48.05 
 
 		 226 aa  68.9  0.00000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1261  TetR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 214 aa  68.9  0.00000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.100849  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0440  TetR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 207 aa  68.6  0.00000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  29.17 
 
 		 220 aa  67.4  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  25.77 
 
 		 247 aa  67.8  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 		 220 aa  67.4  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2507  TetR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 211 aa  67  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142913 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 212 aa  67  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  27.66 
 
 		 230 aa  66.6  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2732  transcriptional regulator, TetR family  29.48 
 
 		 208 aa  66.2  0.0000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.498805  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2400  regulatory protein TetR  39.51 
 
 		 198 aa  66.2  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.133792  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3014  TetR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 258 aa  66.2  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00422654  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  35.04 
 
 		 218 aa  66.2  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 220 aa  65.9  0.0000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  25.26 
 
 		 255 aa  65.5  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1461  TetR family transcriptional regulator  45 
 
 		 197 aa  65.5  0.0000000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0279876 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1838  TetR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 195 aa  65.1  0.0000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3896  transcriptional regulator, TetR family  26.35 
 
 		 202 aa  64.7  0.0000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.673039  normal  0.0314346 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 210 aa  63.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0270  TetR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 192 aa  64.3  0.000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.522665  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3154  regulatory protein, TetR  43.08 
 
 		 214 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0193225  normal  0.108939 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1419  TetR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 220 aa  62.8  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2743  TetR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 188 aa  63.2  0.000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.673676  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4024  TetR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 199 aa  62.8  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.497962  normal  0.530155 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7672  TetR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 198 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.245363  normal  0.688993 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  30.67 
 
 		 221 aa  62.8  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2962  TetR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 201 aa  62.4  0.000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  25.12 
 
 		 264 aa  62  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0543  TetR family transcriptional regulator  52.73 
 
 		 203 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.889127 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0252  transcriptional regulator, TetR family  33.05 
 
 		 194 aa  62.4  0.000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 226 aa  62.4  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0027  TetR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 209 aa  62  0.000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0194  TetR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 193 aa  62  0.000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5773  TetR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 198 aa  62  0.000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6138  TetR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 198 aa  62  0.000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.890581 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3319  transcriptional regulator, TetR family  42.19 
 
 		 214 aa  61.6  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00311946  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 213 aa  61.6  0.000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1027  transcriptional regulator, TetR family  41.18 
 
 		 201 aa  61.6  0.000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3008  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 215 aa  61.6  0.000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1039  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 201 aa  61.6  0.000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.747573 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3333  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 201 aa  61.6  0.000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0760  TetR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 192 aa  60.8  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0913287  normal  0.16222 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2983  TetR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 190 aa  60.8  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0564  transcriptional regulator, TetR family  27.1 
 
 		 203 aa  60.8  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1006  TetR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 189 aa  61.2  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 241 aa  61.2  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 266 aa  60.8  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  26.86 
 
 		 200 aa  61.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  26.86 
 
 		 200 aa  61.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 210 aa  61.2  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0871  TetR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 202 aa  60.8  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3151  TetR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 202 aa  60.8  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4802  TetR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 215 aa  60.8  0.00000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.96494  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21800  transcriptional regulator  42.25 
 
 		 265 aa  60.1  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.391718  normal  0.223847 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0186  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 203 aa  60.5  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.625871  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3293  TetR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 190 aa  60.1  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00124137 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2286  transcriptional regulator, TetR family  36.89 
 
 		 188 aa  60.1  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000280215 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1819  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 203 aa  60.5  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.191224 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2991  TetR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 188 aa  60.1  0.00000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0384605  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2954  transcriptional regulator, TetR family  36.89 
 
 		 188 aa  59.7  0.00000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.68265  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4290  transcriptional regulator, TetR family  36.92 
 
 		 226 aa  59.7  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567463  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2292  transcriptional regulator, TetR family  32.95 
 
 		 186 aa  59.7  0.00000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.030142  hitchhiker  0.00610108 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  26.42 
 
 		 219 aa  59.7  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 218 aa  59.7  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  37.89 
 
 		 226 aa  59.7  0.00000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3781  TetR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 214 aa  59.7  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2997  transcriptional regulator, TetR family  36.89 
 
 		 188 aa  60.1  0.00000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000711023  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3066  TetR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 190 aa  60.1  0.00000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.122558 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1965  TetR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 206 aa  59.3  0.00000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0526053  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3252  TetR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 200 aa  59.3  0.00000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2577  transcriptional regulator, TetR family  26.85 
 
 		 209 aa  59.3  0.00000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0153  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 205 aa  58.9  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.10564  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1649  TetR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 233 aa  58.9  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1623  transcriptional regulator, TetR family  27.92 
 
 		 205 aa  58.9  0.00000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0212  transcription regulator TetR/AcrR family protein  30.1 
 
 		 193 aa  58.9  0.00000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0787  TetR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 192 aa  58.5  0.00000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0101484 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 217 aa  58.9  0.00000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2742  TetR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 188 aa  58.5  0.00000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.845467  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2692  TetR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 188 aa  58.5  0.00000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0469224  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2671  TetR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 188 aa  58.5  0.00000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.083497  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2951  TetR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 188 aa  58.5  0.00000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3642  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 227 aa  58.5  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.494269 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0894  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 260 aa  58.5  0.00000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2951  transcriptional regulator, TetR family  43.1 
 
 		 188 aa  58.5  0.00000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.418779999999999e-31 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3710  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 226 aa  58.2  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4466  transcriptional regulator, TetR family  39.39 
 
 		 204 aa  58.2  0.00000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.575375  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2781  TetR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 206 aa  58.2  0.00000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000487748 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8533  putative transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 199 aa  58.2  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00958176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1719  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 196 aa  58.2  0.00000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4729  TetR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 240 aa  58.2  0.00000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1823  TetR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 222 aa  57.4  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.331222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3328  regulatory protein, TetR  43.55 
 
 		 187 aa  57.4  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>