More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4113 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4113  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 375 aa  768    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.197438  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2407  transcriptional regulator, AraC family  36.22 
 
 		 399 aa  245  6.999999999999999e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.411749  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1306  transcriptional regulator, AraC family  28 
 
 		 390 aa  116  6.9999999999999995e-25  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2599  transcriptional regulator, AraC family  38.96 
 
 		 373 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3057  AraC family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 389 aa  107  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0161665  normal  0.0111828 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3167  response regulator receiver protein  24.82 
 
 		 406 aa  101  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1555  AraC family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 385 aa  95.1  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294968  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1285  helix-turn-helix domain-containing protein  30.88 
 
 		 379 aa  95.1  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112275  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2495  AraC family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 379 aa  94.4  3e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.939158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2999  response regulator receiver/GGDEF/EAL domain-containing protein  26.64 
 
 		 404 aa  92  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3101  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.67 
 
 		 389 aa  91.7  2e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.866891  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0664  AraC family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 422 aa  91.7  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0841  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 392 aa  91.7  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.271665 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0537  helix-turn-helix domain-containing protein  26.47 
 
 		 349 aa  91.7  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.379134  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2928  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 390 aa  90.5  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3025  AraC family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 390 aa  90.5  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000202158 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3809  transcriptional regulator, AraC family  39.02 
 
 		 376 aa  90.5  5e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2491  response regulator receiver protein  35 
 
 		 379 aa  90.1  5e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00299433  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0135  AraC family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 391 aa  87.8  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0106255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1550  AraC family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 383 aa  87  5e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000434853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2491  AraC family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 385 aa  86.3  9e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3153  AraC family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 364 aa  84.7  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0802  AraC family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 381 aa  84  0.000000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3234  helix-turn-helix domain-containing protein  41.41 
 
 		 106 aa  83.6  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2982  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  22.38 
 
 		 398 aa  81.3  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0404  AraC family transcriptional regulator  38.4 
 
 		 399 aa  81.6  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2274  AraC family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 392 aa  80.9  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.567279 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6150  transcriptional regulator, AraC family  22 
 
 		 381 aa  80.1  0.00000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0538  helix-turn-helix domain-containing protein  39.81 
 
 		 353 aa  80.1  0.00000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.214837  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2170  helix-turn-helix, AraC type  32.73 
 
 		 328 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1147  response regulator receiver protein  25.15 
 
 		 397 aa  79  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3808  AraC family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 377 aa  79.3  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3165  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.56 
 
 		 389 aa  78.2  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1391  AraC family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 379 aa  77.8  0.0000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2203  transcriptional regulator, AraC family  33.93 
 
 		 285 aa  77.8  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0328064 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3858  AraC family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 393 aa  75.1  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0018  AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 358 aa  73.2  0.000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.710124 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0906  helix-turn-helix domain-containing protein  36.21 
 
 		 274 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.472278 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2253  two component AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 532 aa  70.9  0.00000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0638  transcriptional regulator, AraC family  25.57 
 
 		 377 aa  69.7  0.00000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0876  AraC family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 274 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00939857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1982  two component transcriptional regulator, AraC family  35.78 
 
 		 544 aa  68.9  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184696  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3712  AraC family transcriptional regulator  23.21 
 
 		 337 aa  68.6  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.660721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  34.31 
 
 		 365 aa  68.6  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0920  AraC family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 274 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100818  normal  0.609356 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0879  transcriptional regulator, AraC family  32.65 
 
 		 363 aa  67.4  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4331  transcriptional regulator, AraC family  29.36 
 
 		 371 aa  67  0.0000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248399  normal  0.118283 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0106  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.88 
 
 		 394 aa  66.6  0.0000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4302  AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 269 aa  66.2  0.0000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0312  AraC/XylS family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 347 aa  66.2  0.0000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  35.96 
 
 		 760 aa  65.9  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2674  AraC family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 271 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 533 aa  64.3  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2262  transcriptional regulator, AraC family  27.2 
 
 		 335 aa  63.5  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1634  AraC family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 380 aa  63.5  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3410  transcriptional regulator, AraC family  32.65 
 
 		 359 aa  63.5  0.000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.493578  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19070  transcriptional regulator, AraC family  39.78 
 
 		 279 aa  63.2  0.000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.163333  normal  0.137069 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2584  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 357 aa  61.6  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160731  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4147  transcriptional regulator, AraC family  32.73 
 
 		 438 aa  62  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0286987  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  26.89 
 
 		 537 aa  60.5  0.00000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1276  transcriptional regulator AraC family  22.59 
 
 		 380 aa  60.1  0.00000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2316  transcriptional regulator, AraC family  39.02 
 
 		 273 aa  60.1  0.00000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.870051  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  32.43 
 
 		 513 aa  60.1  0.00000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2152  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 275 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.488211  normal  0.369795 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0579  two component AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 531 aa  58.9  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  35.56 
 
 		 295 aa  57.8  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  30.88 
 
 		 538 aa  57.8  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0895  AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 302 aa  57.8  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41160  Response regulator  33.7 
 
 		 261 aa  57.4  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4396  DNA-binding response regulator  35.71 
 
 		 231 aa  57  0.0000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4736  DNA-binding response regulator  35.71 
 
 		 231 aa  57  0.0000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3660  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 332 aa  57  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.954099  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4237  DNA-binding response regulator  35.71 
 
 		 231 aa  57  0.0000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4249  DNA-binding response regulator  35.71 
 
 		 231 aa  57  0.0000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4614  DNA-binding response regulator  35.71 
 
 		 231 aa  57  0.0000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4604  two component transcriptional regulator, AraC family  36.59 
 
 		 281 aa  56.6  0.0000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.514268  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1287  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 368 aa  56.6  0.0000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.537021  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  29.55 
 
 		 515 aa  56.2  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5151  AraC family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 313 aa  56.2  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5532  AraC family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 313 aa  56.2  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.501091 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0474  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 284 aa  55.8  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5240  AraC family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 313 aa  56.2  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.183417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2076  helix-turn-helix domain-containing protein  31.55 
 
 		 343 aa  55.8  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000022651  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0171  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 719 aa  55.1  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1228  two component transcriptional regulator, AraC family  27.84 
 
 		 532 aa  54.7  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1856  transcriptional regulator, AraC family  28.1 
 
 		 793 aa  54.3  0.000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.1682  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1548  transcriptional regulator, AraC family  34.83 
 
 		 276 aa  54.7  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1109  hypothetical protein  30.3 
 
 		 352 aa  54.7  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 297 aa  53.9  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5636  transcriptional regulator, AraC family  34.52 
 
 		 319 aa  54.3  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0426  helix-turn-helix domain-containing protein  23.39 
 
 		 349 aa  54.3  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0607795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0771  two component AraC family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 355 aa  53.9  0.000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000862622  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2635  transcriptional regulator, AraC family  26.61 
 
 		 285 aa  54.3  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.82539 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1038  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.33 
 
 		 394 aa  53.9  0.000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.895405  normal  0.923131 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19800  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 247 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3165  helix-turn-helix domain-containing protein  30.77 
 
 		 308 aa  54.3  0.000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00840402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  33.12 
 
 		 1374 aa  53.9  0.000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1695  transcriptional regulator, AraC family  32.61 
 
 		 324 aa  53.5  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.674415  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  32.95 
 
 		 297 aa  53.9  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4767  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 318 aa  53.9  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179878  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>