More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_0223 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_0223  sensor histidine kinase  100 
 
 
655 aa  1337    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.142406  normal  0.0289163 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0675  aerobic respiration sensor-response protein; histidine protein kinase  28.99 
 
 
646 aa  246  6.999999999999999e-64  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.779748  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1222  signal transduction histidine kinase  27.55 
 
 
650 aa  240  5e-62  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.495402  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1637  sensor histidine kinase  29.89 
 
 
656 aa  228  2e-58  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0556277  normal  0.025492 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3468  sensor histidine kinase  26.78 
 
 
651 aa  194  6e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.355091 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3091  sensor histidine kinase  31.8 
 
 
444 aa  139  2e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4944  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  20.99 
 
 
782 aa  137  7.000000000000001e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.947631  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4781  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  20.68 
 
 
662 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00238573 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1134  two-component sensor  20.32 
 
 
795 aa  134  5e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0980947  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4657  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  20.58 
 
 
662 aa  134  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.475165 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2879  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.88 
 
 
819 aa  133  1.0000000000000001e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000152143 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2392  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.84 
 
 
363 aa  131  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4796  sensor histidine kinase  20 
 
 
668 aa  127  5e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.679836  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4835  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  21.09 
 
 
662 aa  127  7e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203793  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1315  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.14 
 
 
365 aa  125  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0639  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  19.39 
 
 
663 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2081  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.68 
 
 
396 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.281834 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4339  sensor histidine kinase  19.87 
 
 
677 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.691571  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3029  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.19 
 
 
461 aa  120  9.999999999999999e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.20083  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3766  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  19.81 
 
 
802 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0676736 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1316  Diverse 7TM receptor transmembrane region  21.6 
 
 
708 aa  119  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1092  aerobic respiration sensor-response protein; histidine protein kinase  32.59 
 
 
584 aa  119  1.9999999999999998e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.962322  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2540  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.29 
 
 
809 aa  110  8.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1956  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.96 
 
 
477 aa  109  2e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0317  sensor histidine kinase  34.55 
 
 
737 aa  109  2e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.824856  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2577  sensor histidine kinase  28.76 
 
 
349 aa  107  6e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1988  sensor protein for response regulator AtoC  22.51 
 
 
715 aa  106  1e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.431904  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2391  Diverse 7TM receptor transmembrane region  22.5 
 
 
726 aa  105  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3454  histidine kinase  28.45 
 
 
439 aa  104  4e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0351684 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1722  histidine kinase  31.35 
 
 
1361 aa  103  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.169999 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3548  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.23 
 
 
486 aa  101  4e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3001  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.91 
 
 
499 aa  101  6e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.23664  normal  0.409257 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2495  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  30.56 
 
 
1362 aa  100  7e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29 
 
 
749 aa  100  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.541129  normal  0.358425 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0507  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.98 
 
 
1045 aa  99.8  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1145  multi-sensor signal transduction multi-kinase  27.42 
 
 
532 aa  99.4  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0992  two-component sensor histidine kinase  24.76 
 
 
696 aa  99  2e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0439814  normal  0.153335 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1596  Diverse 7TM receptor transmembrane region  23.61 
 
 
660 aa  99.4  2e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.351374 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1012  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.44 
 
 
1029 aa  99.4  2e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.135444  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2045  histidine kinase  28.85 
 
 
906 aa  97.8  6e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189516  normal  0.433786 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2607  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.82 
 
 
1144 aa  96.7  1e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2663  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.63 
 
 
712 aa  95.9  2e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0547872  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00490  sensor protein BarA  21.77 
 
 
1042 aa  95.1  3e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4358  Diverse 7TM receptor transmembrane region  23.04 
 
 
600 aa  95.5  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.934126  normal  0.0321305 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0735  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.11 
 
 
396 aa  94.7  5e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1270  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.65 
 
 
941 aa  94.4  6e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.109629  normal  0.20707 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3338  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.12 
 
 
526 aa  94  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00782598 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5844  Bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)-like protein  25.66 
 
 
529 aa  94  7e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.533062 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1730  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.38 
 
 
591 aa  93.6  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.319599  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0010  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.91 
 
 
604 aa  92.8  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1810  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.74 
 
 
488 aa  92  3e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.081179 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0520  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.08 
 
 
405 aa  92  3e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.103033  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0748  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.88 
 
 
815 aa  92.4  3e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1976  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.97 
 
 
1383 aa  92.4  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.624185 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1524  Signal transduction histidine kinase  30.84 
 
 
517 aa  91.7  4e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.13171  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1525  ATP-binding region ATPase domain protein  30.36 
 
 
359 aa  91.7  4e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.331233  normal  0.636632 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1286  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.59 
 
 
859 aa  91.3  6e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0773  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.04 
 
 
590 aa  90.9  7e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.264921  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1125  histidine kinase  25.62 
 
 
564 aa  90.5  8e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0423  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.3 
 
 
510 aa  90.5  8e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1152  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.85 
 
 
442 aa  90.5  9e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0534  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.08 
 
 
405 aa  90.5  9e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.132719  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1435  phosphate regulon sensor protein PhoR  27.85 
 
 
442 aa  90.5  9e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5079  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.2 
 
 
695 aa  90.5  9e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.929766 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2729  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.55 
 
 
960 aa  90.5  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0201203  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2958  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  22.59 
 
 
914 aa  90.1  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0730745  normal  0.010886 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4293  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.67 
 
 
1011 aa  89.7  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.291525  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5145  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  29.46 
 
 
603 aa  90.1  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0881  sensor histidine kinase  25.55 
 
 
524 aa  89.4  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.525652  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2388  sensory box histidine kinase  24.56 
 
 
733 aa  89.4  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2673  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  28.11 
 
 
452 aa  89.4  2e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.319226  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2811  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.08 
 
 
738 aa  89.4  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3546  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.48 
 
 
518 aa  89  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1254  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.16 
 
 
457 aa  88.6  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.877162  hitchhiker  0.000367617 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3323  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.79 
 
 
445 aa  88.6  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1652  sensor histidine kinase  26.52 
 
 
458 aa  88.2  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.736934  normal  0.804947 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34990  integral membrane hybrid histidine protein kinase  20.65 
 
 
914 aa  88.6  4e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3211  bacteriophytochrome-like protein  25.1 
 
 
842 aa  87.8  5e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.880007  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0786  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.19 
 
 
582 aa  88.2  5e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1642  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  26.74 
 
 
406 aa  88.2  5e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.905013  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1667  histidine kinase  26.43 
 
 
537 aa  87.8  6e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0824698 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3163  sensory box histidine kinase  30.04 
 
 
683 aa  87.4  7e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3061  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.86 
 
 
704 aa  87.4  7e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352611  hitchhiker  0.00632845 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2761  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.46 
 
 
679 aa  87.4  7e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.47205 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1693  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.32 
 
 
608 aa  87.4  7e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.575555  decreased coverage  0.000125186 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3365  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.67 
 
 
733 aa  87.4  7e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0051  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.85 
 
 
651 aa  87.4  8e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0491  signal transduction histidine kinase-like protein  23.65 
 
 
617 aa  87  9e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.146334  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0678  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.85 
 
 
721 aa  86.3  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.146546  normal  0.0234435 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4065  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.16 
 
 
463 aa  86.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.860107  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0630  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.64 
 
 
713 aa  87  0.000000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.908922  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0316  histidine kinase  33.48 
 
 
469 aa  86.7  0.000000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3764  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.03 
 
 
538 aa  86.7  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.180542  normal  0.0415669 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  23.42 
 
 
588 aa  86.7  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4061  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.73 
 
 
885 aa  86.7  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.193403  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2002  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.51 
 
 
761 aa  86.3  0.000000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.897805  normal  0.398669 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4451  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.79 
 
 
775 aa  85.9  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3648  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.49 
 
 
1237 aa  86.3  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.289797  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2796  phosphoglycerate transport; protein for signal transmission  21.88 
 
 
724 aa  85.9  0.000000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000463972  normal  0.015669 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1828  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.02 
 
 
466 aa  85.9  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0770919  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>