More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3211 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_3211  bacteriophytochrome-like protein  100 
 
 
842 aa  1733    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.880007  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1143  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.72 
 
 
502 aa  367  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.36757  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3648  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.54 
 
 
1237 aa  366  1e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.289797  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0551  PAS  29.4 
 
 
1026 aa  318  3e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.425664 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0484  multi-sensor histidine kinase  26.54 
 
 
1255 aa  307  6e-82  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.908962 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3163  sensory box histidine kinase  37.66 
 
 
683 aa  306  8.000000000000001e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3822  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.74 
 
 
717 aa  300  5e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.834811  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3487  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.56 
 
 
717 aa  301  5e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0542  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.94 
 
 
719 aa  299  1e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3948  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.95 
 
 
717 aa  299  1e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3766  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.32 
 
 
717 aa  298  3e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0502  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.53 
 
 
717 aa  298  3e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3330  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.21 
 
 
717 aa  296  1e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0544  sensory box histidine kinase  35.99 
 
 
717 aa  293  1e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0543  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.38 
 
 
717 aa  285  3.0000000000000004e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1934  two-component sensor kinase protein  34.71 
 
 
723 aa  285  4.0000000000000003e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0382  sensory box histidine kinase  35.18 
 
 
723 aa  284  5.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1434  sensory box histidine kinase  34.99 
 
 
821 aa  283  6.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0908  sensory box histidine kinase  34.99 
 
 
723 aa  284  6.000000000000001e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0174  sensory box histidine kinase  34.99 
 
 
821 aa  283  6.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1007  sensory box histidine kinase  34.65 
 
 
812 aa  284  6.000000000000001e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.572876  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0474  sensory box histidine kinase  34.99 
 
 
821 aa  284  6.000000000000001e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1844  sensory box histidine kinase  34.99 
 
 
723 aa  283  7.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.167823  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2663  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.11 
 
 
979 aa  275  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.366427 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1141  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.47 
 
 
520 aa  273  1e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3146  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.27 
 
 
521 aa  271  4e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.19 
 
 
657 aa  267  5e-70  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0157583  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1985  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.64 
 
 
639 aa  265  2e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.267533  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2786  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.81 
 
 
496 aa  263  8.999999999999999e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00094173  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2450  PAS sensor signal transduction histidine kinase  32.46 
 
 
499 aa  262  2e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6438  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.73 
 
 
668 aa  254  4.0000000000000004e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.160303  normal  0.0428099 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0202  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.23 
 
 
1054 aa  253  1e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0249  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.05 
 
 
484 aa  242  2e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1193  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  32.27 
 
 
857 aa  241  2.9999999999999997e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146062  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1835  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.24 
 
 
654 aa  238  3e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0773497  normal  0.315507 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4177  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.87 
 
 
490 aa  234  5e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  44.67 
 
 
1301 aa  230  7e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0114339  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2460  histidine kinase  38.36 
 
 
606 aa  229  2e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1411  diguanylate cyclase  40.25 
 
 
656 aa  226  1e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0946  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.66 
 
 
656 aa  226  2e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1703  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  32.88 
 
 
368 aa  224  4e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.301457  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2962  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.26 
 
 
869 aa  224  4.9999999999999996e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1722  GAF sensor signal transduction histidine kinase  41.64 
 
 
763 aa  223  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.418059 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1263  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.01 
 
 
869 aa  221  5e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2249  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  32.49 
 
 
908 aa  221  6e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1756  PAS sensor signal transduction histidine kinase  36.06 
 
 
718 aa  219  1e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.977279  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.89 
 
 
951 aa  218  4e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2132  bacteriophytochrome-like protein  33.79 
 
 
727 aa  218  4e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.205555  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3965  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.16 
 
 
1158 aa  217  7e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.342093 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3124  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.72 
 
 
1374 aa  215  1.9999999999999998e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.957955  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.53 
 
 
1015 aa  211  4e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1688  PAS sensor protein  27.94 
 
 
823 aa  209  2e-52  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6719  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  27.83 
 
 
1037 aa  207  7e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.556524  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1788  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.14 
 
 
763 aa  205  3e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1867  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.82 
 
 
763 aa  201  3.9999999999999996e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4104  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.08 
 
 
557 aa  201  5e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0461305 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2940  PAS  25.14 
 
 
1353 aa  200  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2090  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.11 
 
 
763 aa  199  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.163656  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2222  diguanylate cyclase  37.55 
 
 
847 aa  197  6e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.162543  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1810  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.17 
 
 
488 aa  195  4e-48  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.081179 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0285  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.81 
 
 
713 aa  191  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0316  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.27 
 
 
713 aa  187  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.810499  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3034  putative diguanylate cyclase (GGDEF)/ phosphodiesterase (EAL) with PAS/PAC and Chase sensors  27.9 
 
 
929 aa  185  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.124331  unclonable  0.00000356382 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0300  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.29 
 
 
887 aa  184  7e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.328128  normal  0.0126688 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3250  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  26.42 
 
 
1036 aa  181  4.999999999999999e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00475  two-component system sensor histidine kinase-response regulator hybridprotein  25.37 
 
 
1364 aa  179  1e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.679058  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2015  putative PAS/PAC sensor protein  27.69 
 
 
1119 aa  179  2e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000673901 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2563  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.88 
 
 
543 aa  178  3e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4313  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.72 
 
 
965 aa  178  4e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.975749 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2607  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.05 
 
 
1144 aa  172  2e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2663  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.54 
 
 
712 aa  172  3e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0547872  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5522  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  27.63 
 
 
1076 aa  168  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1548  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.51 
 
 
430 aa  168  2.9999999999999998e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.758672 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3061  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.75 
 
 
704 aa  168  5e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352611  hitchhiker  0.00632845 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2280  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.84 
 
 
821 aa  167  5.9999999999999996e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2531  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.73 
 
 
880 aa  167  5.9999999999999996e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2148  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.45 
 
 
770 aa  167  8e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1997  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.63 
 
 
592 aa  165  3e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5317  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.89 
 
 
421 aa  165  4.0000000000000004e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0091  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.11 
 
 
854 aa  163  1e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0630  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.47 
 
 
713 aa  163  1e-38  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.908922  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0667  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.92 
 
 
929 aa  162  3e-38  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2188  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.79 
 
 
413 aa  162  3e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.925316 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3028  multi-sensor hybrid histidine kinase  27 
 
 
1426 aa  162  3e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.514624  normal  0.437775 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3794  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  26.1 
 
 
915 aa  161  5e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6214  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.84 
 
 
772 aa  159  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.459564 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3966  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25 
 
 
817 aa  159  2e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0238  multi-component transcriptional regulator  27.55 
 
 
1629 aa  159  3e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1289  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.09 
 
 
662 aa  157  6e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1531  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.49 
 
 
643 aa  157  6e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.963114 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4276  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.91 
 
 
779 aa  156  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26 
 
 
634 aa  157  1e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.125308  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1976  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.84 
 
 
1383 aa  156  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.624185 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2237  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.92 
 
 
381 aa  155  2e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.5102  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4311  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.87 
 
 
1291 aa  156  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0906  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.06 
 
 
1195 aa  156  2e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2480  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.84 
 
 
846 aa  156  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000921222 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1357  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.39 
 
 
1807 aa  155  2.9999999999999998e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.869779  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2336  PAS sensor protein  31.91 
 
 
350 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.870969  normal  0.135011 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2096  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.21 
 
 
1140 aa  155  2.9999999999999998e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.166751  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>