More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0544 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_3766  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  74.27 
 
 		 717 aa  1133    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0542  multi-sensor signal transduction histidine kinase  80.53 
 
 		 719 aa  1229    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3822  multi-sensor signal transduction histidine kinase  73.85 
 
 		 717 aa  1134    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.834811  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3163  sensory box histidine kinase  54.11 
 
 		 683 aa  737    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0544  sensory box histidine kinase  100 
 
 		 717 aa  1481    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3948  multi-sensor signal transduction histidine kinase  73.99 
 
 		 717 aa  1130    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3330  multi-sensor signal transduction histidine kinase  74.69 
 
 		 717 aa  1120    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0502  multi-sensor signal transduction histidine kinase  73.85 
 
 		 717 aa  1124    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0543  multi-sensor signal transduction histidine kinase  80.61 
 
 		 717 aa  1213    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3487  multi-sensor signal transduction histidine kinase  80.47 
 
 		 717 aa  1214    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3211  bacteriophytochrome-like protein  35.99 
 
 		 842 aa  293  1e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.880007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3605  ATP-binding region, ATPase-like protein  36.75 
 
 		 873 aa  286  1.0000000000000001e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4313  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.91 
 
 		 965 aa  260  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.975749 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2962  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.28 
 
 		 869 aa  244  3e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1263  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.05 
 
 		 869 aa  236  1.0000000000000001e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6177  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.6 
 
 		 422 aa  233  8.000000000000001e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.5027  normal  0.54606 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1289  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.21 
 
 		 662 aa  232  2e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2786  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.65 
 
 		 496 aa  231  2e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00094173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1867  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.82 
 
 		 763 aa  226  1e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5224  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.85 
 
 		 374 aa  226  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3299  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.64 
 
 		 757 aa  226  2e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1419  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.84 
 
 		 831 aa  222  1.9999999999999999e-56  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1007  sensory box histidine kinase  34.38 
 
 		 812 aa  221  3.9999999999999997e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.572876  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3765  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.07 
 
 		 562 aa  221  3.9999999999999997e-56  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.13531 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0202  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.98 
 
 		 1054 aa  221  5e-56  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1788  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.97 
 
 		 763 aa  221  5e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0474  sensory box histidine kinase  34.67 
 
 		 821 aa  218  2e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1434  sensory box histidine kinase  34.67 
 
 		 821 aa  218  2e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0174  sensory box histidine kinase  34.67 
 
 		 821 aa  218  2e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2377  hypothetical protein  35.86 
 
 		 425 aa  218  2.9999999999999998e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0908  sensory box histidine kinase  34.67 
 
 		 723 aa  218  4e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0382  sensory box histidine kinase  34.67 
 
 		 723 aa  218  4e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1844  sensory box histidine kinase  34.67 
 
 		 723 aa  218  4e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.167823  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1934  two-component sensor kinase protein  34.67 
 
 		 723 aa  217  5.9999999999999996e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2524  hypothetical protein  35.57 
 
 		 425 aa  216  9.999999999999999e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1835  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.78 
 
 		 654 aa  212  2e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0773497  normal  0.315507 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0484  multi-sensor histidine kinase  33.7 
 
 		 1255 aa  210  9e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.908962 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1559  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  42.28 
 
 		 508 aa  209  1e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0906975 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5079  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.73 
 
 		 695 aa  206  1e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.929766 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0946  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.17 
 
 		 656 aa  205  2e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1976  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.03 
 
 		 1383 aa  203  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.624185 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1985  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.57 
 
 		 639 aa  201  3.9999999999999996e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.267533  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4442  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.6 
 
 		 1267 aa  199  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3323  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.51 
 
 		 445 aa  197  7e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1143  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.93 
 
 		 502 aa  197  8.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.36757  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2460  histidine kinase  40.48 
 
 		 606 aa  196  2e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0551  PAS  33.94 
 
 		 1026 aa  194  4e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.425664 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3648  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.13 
 
 		 1237 aa  193  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.289797  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2084  sensor histidine kinase  41.05 
 
 		 816 aa  191  5.999999999999999e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1703  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  30.51 
 
 		 368 aa  189  2e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.301457  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  29.31 
 
 		 1301 aa  187  4e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0114339  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0285  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.79 
 
 		 713 aa  187  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2074  sensor histidine kinase  40.61 
 
 		 816 aa  187  5e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1411  diguanylate cyclase  32.81 
 
 		 656 aa  187  6e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1722  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.98 
 
 		 763 aa  186  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.418059 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0249  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.81 
 
 		 484 aa  185  2.0000000000000003e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3952  sensor histidine kinase  40.61 
 
 		 594 aa  184  4.0000000000000006e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.173157  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4177  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.43 
 
 		 490 aa  183  9.000000000000001e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2249  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  30.77 
 
 		 908 aa  183  1e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0316  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.29 
 
 		 713 aa  183  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.810499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0902  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  45.13 
 
 		 732 aa  181  4e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.16722  normal  0.0140597 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2222  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 847 aa  181  5.999999999999999e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.162543  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1756  PAS sensor signal transduction histidine kinase  33.59 
 
 		 718 aa  176  9.999999999999999e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.977279  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1141  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.57 
 
 		 520 aa  176  1.9999999999999998e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.56 
 
 		 1015 aa  174  5e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3250  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  28.83 
 
 		 1036 aa  174  6.999999999999999e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3146  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.91 
 
 		 521 aa  173  9e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6719  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  29.41 
 
 		 1037 aa  171  5e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.556524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1216  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.09 
 
 		 769 aa  168  4e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.328064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2090  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.62 
 
 		 763 aa  166  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.163656  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2361  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.52 
 
 		 1560 aa  164  4.0000000000000004e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3546  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.1 
 
 		 518 aa  162  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2607  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.85 
 
 		 1144 aa  160  6e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3028  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.58 
 
 		 1426 aa  152  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.514624  normal  0.437775 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  30.45 
 
 		 523 aa  152  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3795  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.98 
 
 		 665 aa  152  3e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.15018  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3794  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  29.02 
 
 		 915 aa  150  5e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4133  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.66 
 
 		 1629 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3034  putative diguanylate cyclase (GGDEF)/ phosphodiesterase (EAL) with PAS/PAC and Chase sensors  26.64 
 
 		 929 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.124331  unclonable  0.00000356382 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0300  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.19 
 
 		 887 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.328128  normal  0.0126688 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1683  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.24 
 
 		 1659 aa  147  6e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11543  sensory transduction histidine kinase  35.47 
 
 		 952 aa  146  1e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.166055  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2663  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.33 
 
 		 712 aa  146  1e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0547872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2531  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.51 
 
 		 880 aa  146  1e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2165  histidine kinase  34.47 
 
 		 489 aa  145  3e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2663  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.98 
 
 		 979 aa  145  3e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.366427 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2148  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.66 
 
 		 770 aa  145  3e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1660  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.69 
 
 		 781 aa  145  4e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2450  PAS sensor signal transduction histidine kinase  29.64 
 
 		 499 aa  144  5e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4104  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.08 
 
 		 557 aa  144  6e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0461305 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4016  putative PAS/PAC sensor protein  28.32 
 
 		 1626 aa  144  8e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5080  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.22 
 
 		 677 aa  143  9.999999999999999e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3046  two-component sensor histidine kinase  33.58 
 
 		 515 aa  142  9.999999999999999e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.3846  normal  0.30289 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1623  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.55 
 
 		 377 aa  142  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.632325  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4970  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 		 384 aa  142  1.9999999999999998e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00811703  normal  0.288098 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3061  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.02 
 
 		 704 aa  142  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352611  hitchhiker  0.00632845 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5522  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  24.84 
 
 		 1076 aa  142  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2461  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.22 
 
 		 575 aa  142  3e-32  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0747  signal transduction histidine kinase-like protein  24.51 
 
 		 1287 aa  140  8.999999999999999e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1814  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.98 
 
 		 566 aa  139  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000267062 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>