More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3605 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_3605  ATP-binding region, ATPase-like protein  100 
 
 
873 aa  1791    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3163  sensory box histidine kinase  37.34 
 
 
683 aa  302  2e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3948  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.94 
 
 
717 aa  296  2e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3766  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.05 
 
 
717 aa  291  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0502  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.05 
 
 
717 aa  290  8e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3822  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.79 
 
 
717 aa  289  1e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.834811  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0542  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.38 
 
 
719 aa  286  1.0000000000000001e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0544  sensory box histidine kinase  36.75 
 
 
717 aa  286  2.0000000000000002e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3330  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.21 
 
 
717 aa  281  4e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0543  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.34 
 
 
717 aa  280  7e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3487  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.98 
 
 
717 aa  276  9e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1289  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.87 
 
 
662 aa  236  2.0000000000000002e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3299  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.05 
 
 
757 aa  225  2e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6177  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.02 
 
 
422 aa  222  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.5027  normal  0.54606 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5224  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.93 
 
 
374 aa  221  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1419  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.79 
 
 
831 aa  220  1e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3323  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.44 
 
 
445 aa  220  1e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4442  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.43 
 
 
1267 aa  218  2.9999999999999998e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5079  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.24 
 
 
695 aa  217  8e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.929766 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3952  sensor histidine kinase  46.15 
 
 
594 aa  215  1.9999999999999998e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.173157  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1559  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  39.86 
 
 
508 aa  215  2.9999999999999995e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0906975 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3765  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.44 
 
 
562 aa  215  2.9999999999999995e-54  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.13531 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2377  hypothetical protein  32.73 
 
 
425 aa  209  1e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2524  hypothetical protein  32.73 
 
 
425 aa  209  2e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0285  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.47 
 
 
713 aa  199  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3546  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.41 
 
 
518 aa  198  3e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0316  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.66 
 
 
713 aa  198  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.810499  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1216  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.75 
 
 
769 aa  194  4e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.328064  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1976  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.03 
 
 
1383 aa  193  1e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.624185 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2074  sensor histidine kinase  42.15 
 
 
816 aa  188  4e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2786  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.82 
 
 
496 aa  187  9e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00094173  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2084  sensor histidine kinase  41.7 
 
 
816 aa  186  1.0000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1703  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  33.82 
 
 
368 aa  185  4.0000000000000006e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.301457  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1934  two-component sensor kinase protein  30.96 
 
 
723 aa  177  8e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0908  sensory box histidine kinase  30.68 
 
 
723 aa  176  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0382  sensory box histidine kinase  30.68 
 
 
723 aa  176  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0174  sensory box histidine kinase  30.68 
 
 
821 aa  176  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0474  sensory box histidine kinase  30.68 
 
 
821 aa  176  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1844  sensory box histidine kinase  30.68 
 
 
723 aa  176  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.167823  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1434  sensory box histidine kinase  30.68 
 
 
821 aa  176  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1660  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.53 
 
 
781 aa  176  1.9999999999999998e-42  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1007  sensory box histidine kinase  30.7 
 
 
812 aa  175  3.9999999999999995e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.572876  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0902  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  41.33 
 
 
732 aa  169  2e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.16722  normal  0.0140597 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2165  histidine kinase  40.36 
 
 
489 aa  168  4e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2450  PAS sensor signal transduction histidine kinase  31.96 
 
 
499 aa  164  8.000000000000001e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1143  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.29 
 
 
502 aa  162  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.36757  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1862  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.23 
 
 
869 aa  161  4e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.557725  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3017  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.89 
 
 
1669 aa  157  7e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1371  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.38 
 
 
516 aa  157  8e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.768214  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3061  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.29 
 
 
704 aa  157  9e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352611  hitchhiker  0.00632845 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2461  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.12 
 
 
575 aa  156  1e-36  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2002  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.01 
 
 
761 aa  157  1e-36  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.897805  normal  0.398669 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2663  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.28 
 
 
712 aa  155  2.9999999999999998e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0547872  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3795  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.83 
 
 
665 aa  155  2.9999999999999998e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.15018  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0667  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.32 
 
 
929 aa  155  4e-36  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2531  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.28 
 
 
880 aa  154  1e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.43 
 
 
681 aa  152  2e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4842  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.68 
 
 
1339 aa  152  4e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1141  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.2 
 
 
520 aa  151  6e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2148  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.77 
 
 
770 aa  151  6e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3146  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.37 
 
 
521 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2837  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.87 
 
 
716 aa  149  3e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.4 
 
 
553 aa  147  6e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.3 
 
 
774 aa  147  6e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00413354  normal  0.0431838 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4970  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.87 
 
 
384 aa  146  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00811703  normal  0.288098 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1656  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.55 
 
 
478 aa  146  1e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.999121 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2410  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.89 
 
 
628 aa  146  2e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2607  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.21 
 
 
1144 aa  144  5e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1997  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.34 
 
 
592 aa  144  6e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0946  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.75 
 
 
656 aa  143  9.999999999999999e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4311  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.16 
 
 
1291 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1810  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.82 
 
 
488 aa  142  3.9999999999999997e-32  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.081179 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0790  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.78 
 
 
566 aa  140  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.391268  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2280  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.54 
 
 
821 aa  140  1e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1875  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  28.07 
 
 
501 aa  139  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3954  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.35 
 
 
792 aa  139  2e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4221  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.01 
 
 
380 aa  139  2e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11543  sensory transduction histidine kinase  32.91 
 
 
952 aa  139  3.0000000000000003e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.166055  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1756  PAS sensor signal transduction histidine kinase  29.16 
 
 
718 aa  138  4e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.977279  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0238  multi-component transcriptional regulator  28.21 
 
 
1629 aa  137  6.0000000000000005e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1357  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.65 
 
 
1807 aa  138  6.0000000000000005e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.869779  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5360  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.76 
 
 
515 aa  137  7.000000000000001e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.183815  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11588  two-component sensor histidine kinase  34.1 
 
 
403 aa  137  7.000000000000001e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.339726  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2292  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.05 
 
 
793 aa  137  7.000000000000001e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.03 
 
 
749 aa  137  9e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.541129  normal  0.358425 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5034  histidine kinase  34.17 
 
 
498 aa  137  9.999999999999999e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2336  PAS sensor protein  28.24 
 
 
350 aa  137  9.999999999999999e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.870969  normal  0.135011 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0291  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.39 
 
 
543 aa  135  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.808463 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2077  sensor histidine kinase/response regulator fusion protein (sensor for arcA)  26.93 
 
 
492 aa  136  1.9999999999999998e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0651522  normal  0.191572 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3852  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  34.77 
 
 
765 aa  135  3e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2495  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.36 
 
 
363 aa  135  3.9999999999999996e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1531  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.83 
 
 
643 aa  135  5e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.963114 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2114  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.43 
 
 
674 aa  134  5e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0994  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.9 
 
 
640 aa  135  5e-30  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.620121  normal  0.0418978 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2129  sensory box histidine kinase/response regulator  28.92 
 
 
746 aa  134  7.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.706377  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3211  bacteriophytochrome-like protein  25.54 
 
 
842 aa  133  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.880007  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2096  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.5 
 
 
1140 aa  134  1.0000000000000001e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.166751  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2103  histidine kinase  35.93 
 
 
382 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2907  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.93 
 
 
520 aa  132  2.0000000000000002e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3966  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.6 
 
 
817 aa  133  2.0000000000000002e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>