More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3546 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3546  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
518 aa  1080    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3952  sensor histidine kinase  41.18 
 
 
594 aa  211  2e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.173157  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3299  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.3 
 
 
757 aa  208  2e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3605  ATP-binding region, ATPase-like protein  38.41 
 
 
873 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2524  hypothetical protein  39.26 
 
 
425 aa  187  4e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2377  hypothetical protein  36.07 
 
 
425 aa  186  9e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1216  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.86 
 
 
769 aa  185  2.0000000000000003e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.328064  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3163  sensory box histidine kinase  39.27 
 
 
683 aa  182  1e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3323  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.52 
 
 
445 aa  179  8e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1976  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.26 
 
 
1383 aa  178  2e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.624185 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1419  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.18 
 
 
831 aa  178  3e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5079  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.91 
 
 
695 aa  177  4e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.929766 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4442  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.57 
 
 
1267 aa  173  5.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2084  sensor histidine kinase  40 
 
 
816 aa  172  1e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2074  sensor histidine kinase  40 
 
 
816 aa  171  2e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1289  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.15 
 
 
662 aa  172  2e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1559  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  28.85 
 
 
508 aa  169  1e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0906975 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6177  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.15 
 
 
422 aa  168  2e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.5027  normal  0.54606 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0543  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.06 
 
 
717 aa  167  4e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0502  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 
717 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3487  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.65 
 
 
717 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2786  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.4 
 
 
496 aa  166  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00094173  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3948  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 
717 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0542  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.25 
 
 
719 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3766  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.1 
 
 
717 aa  163  9e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5224  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.43 
 
 
374 aa  163  9e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3822  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.69 
 
 
717 aa  162  1e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.834811  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0544  sensory box histidine kinase  37.1 
 
 
717 aa  162  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3330  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.84 
 
 
717 aa  161  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3765  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.94 
 
 
562 aa  156  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.13531 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2165  histidine kinase  38.33 
 
 
489 aa  146  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2359  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.62 
 
 
767 aa  142  1.9999999999999998e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0555  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.46 
 
 
416 aa  142  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.564143 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4049  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.74 
 
 
883 aa  138  3.0000000000000003e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1703  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  32.46 
 
 
368 aa  137  5e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.301457  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5112  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.98 
 
 
1252 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.758591 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1143  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.2 
 
 
502 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.36757  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1810  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.42 
 
 
488 aa  134  3.9999999999999996e-30  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.081179 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2049  histidine kinase  34.32 
 
 
494 aa  134  5e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2292  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.58 
 
 
793 aa  134  5e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4970  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.21 
 
 
361 aa  134  5e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.121387  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2280  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.13 
 
 
821 aa  134  6e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1656  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.84 
 
 
478 aa  133  6.999999999999999e-30  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.999121 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0906  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.74 
 
 
1195 aa  133  7.999999999999999e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0902  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.28 
 
 
732 aa  133  7.999999999999999e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.16722  normal  0.0140597 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0270  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.23 
 
 
626 aa  133  9e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3017  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.28 
 
 
1669 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0323  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.5 
 
 
789 aa  132  1.0000000000000001e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.179581  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2663  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.68 
 
 
712 aa  131  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0547872  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11588  two-component sensor histidine kinase  35.22 
 
 
403 aa  132  2.0000000000000002e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.339726  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1862  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.88 
 
 
869 aa  132  2.0000000000000002e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.557725  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1934  two-component sensor kinase protein  32.94 
 
 
723 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0382  sensory box histidine kinase  32.94 
 
 
723 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3297  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.06 
 
 
838 aa  131  4.0000000000000003e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2827  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.06 
 
 
1064 aa  130  5.0000000000000004e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0908  sensory box histidine kinase  32.94 
 
 
723 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1844  sensory box histidine kinase  32.55 
 
 
723 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.167823  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0174  sensory box histidine kinase  32.94 
 
 
821 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1434  sensory box histidine kinase  32.94 
 
 
821 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0474  sensory box histidine kinase  32.94 
 
 
821 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1007  sensory box histidine kinase  32.94 
 
 
812 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.572876  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0970  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.66 
 
 
729 aa  130  7.000000000000001e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0519  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 
1532 aa  130  7.000000000000001e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3188  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.41 
 
 
810 aa  129  1.0000000000000001e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2179  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.6 
 
 
710 aa  129  1.0000000000000001e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.312055 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1725  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.33 
 
 
407 aa  128  2.0000000000000002e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2002  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.01 
 
 
761 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.897805  normal  0.398669 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0667  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 
929 aa  128  3e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2907  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 
520 aa  128  3e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.2 
 
 
681 aa  128  3e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5360  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.76 
 
 
515 aa  128  3e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.183815  normal 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4064  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.12 
 
 
639 aa  127  4.0000000000000003e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.12518  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.77 
 
 
749 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.541129  normal  0.358425 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11543  sensory transduction histidine kinase  31.98 
 
 
952 aa  127  6e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.166055  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5080  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.65 
 
 
677 aa  127  6e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3966  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.98 
 
 
817 aa  127  7e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4111  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.67 
 
 
760 aa  126  8.000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2607  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.38 
 
 
1144 aa  126  8.000000000000001e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.67 
 
 
760 aa  126  8.000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0994  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.14 
 
 
640 aa  125  1e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.620121  normal  0.0418978 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0946  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.91 
 
 
656 aa  126  1e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3046  two-component sensor histidine kinase  28.4 
 
 
515 aa  125  1e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.3846  normal  0.30289 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1814  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.39 
 
 
566 aa  125  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000267062 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6522  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.34 
 
 
556 aa  125  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0707299 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3795  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.72 
 
 
665 aa  125  2e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.15018  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2310  sensor histidine kinase/GAF domain-containing protein  33.77 
 
 
400 aa  125  2e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.40578 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4221  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.05 
 
 
380 aa  125  2e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1359  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.94 
 
 
628 aa  124  3e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.117845  decreased coverage  0.00612296 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0291  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.89 
 
 
543 aa  125  3e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.808463 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4119  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.13 
 
 
380 aa  124  3e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2911  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.32 
 
 
642 aa  124  3e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1003  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  35.24 
 
 
751 aa  124  4e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.972748  hitchhiker  0.000165551 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2077  sensor histidine kinase/response regulator fusion protein (sensor for arcA)  32.94 
 
 
492 aa  124  4e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0651522  normal  0.191572 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3061  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.7 
 
 
704 aa  124  5e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352611  hitchhiker  0.00632845 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2316  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.52 
 
 
594 aa  123  7e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.574326  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1899  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.2 
 
 
407 aa  123  8e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.512504  normal  0.0507183 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1083  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.83 
 
 
973 aa  123  9e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3954  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.66 
 
 
792 aa  122  9.999999999999999e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22960  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  32.76 
 
 
552 aa  122  9.999999999999999e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.282071 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2096  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.33 
 
 
1140 aa  122  1.9999999999999998e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.166751  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>