More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_3880 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 217 aa  429  1e-119  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  45.63 
 
 		 214 aa  158  7e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5077  transcriptional regulator, TetR family  45.64 
 
 		 212 aa  147  9e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  42.42 
 
 		 209 aa  146  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  38.83 
 
 		 222 aa  137  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  43.2 
 
 		 218 aa  134  9e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2416  TetR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 192 aa  117  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.363583 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 212 aa  109  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2309  transcriptional regulator, TetR family  40.51 
 
 		 204 aa  109  4.0000000000000004e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.601552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 210 aa  105  8e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 210 aa  104  9e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6001  transcriptional regulator, TetR family  35.86 
 
 		 224 aa  103  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903994  normal  0.20153 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 208 aa  100  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 234 aa  100  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 225 aa  100  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  36.92 
 
 		 221 aa  100  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 208 aa  99.8  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7149  transcriptional regulator, TetR family  34.83 
 
 		 224 aa  99  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  33.52 
 
 		 219 aa  98.2  9e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  35.45 
 
 		 220 aa  97.4  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 209 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 257 aa  97.1  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 213 aa  95.5  5e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  30.61 
 
 		 230 aa  95.5  6e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  35.12 
 
 		 220 aa  95.1  7e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  34.38 
 
 		 220 aa  94.4  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  41.5 
 
 		 236 aa  94  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 218 aa  93.6  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 228 aa  92.4  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 213 aa  92  6e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 213 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  33 
 
 		 210 aa  90.1  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 211 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  34.73 
 
 		 226 aa  90.1  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 211 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 218 aa  89.7  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  36.22 
 
 		 207 aa  89.4  3e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  31.71 
 
 		 212 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2624  TetR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 214 aa  89.4  4e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.373378  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 213 aa  88.2  8e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 244 aa  87.8  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 209 aa  87.8  1e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 214 aa  87.4  1e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 202 aa  87.4  1e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  32.5 
 
 		 207 aa  87  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4666  TetR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 214 aa  87  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 216 aa  86.7  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  31.71 
 
 		 237 aa  87  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 208 aa  86.3  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 228 aa  86.7  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1981  TetR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 227 aa  86.3  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0412771  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 207 aa  85.5  5e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 207 aa  85.5  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8103  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 223 aa  85.5  6e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1609  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 224 aa  85.5  6e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193721 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 207 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 225 aa  84.3  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  37.58 
 
 		 208 aa  84  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 212 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 204 aa  82.8  0.000000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8304  transcriptional regulator, TetR family  35.21 
 
 		 223 aa  83.2  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.505381  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6592  TetR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 225 aa  83.2  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1938  transcriptional regulator, TetR family  31.86 
 
 		 226 aa  82.8  0.000000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.165177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 210 aa  82.4  0.000000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  31.31 
 
 		 217 aa  82.4  0.000000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 216 aa  82  0.000000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  36.31 
 
 		 208 aa  82  0.000000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 226 aa  81.6  0.000000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.232227 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  32.38 
 
 		 215 aa  81.6  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  32.26 
 
 		 213 aa  82  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  32.65 
 
 		 224 aa  82  0.000000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 259 aa  82  0.000000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1403  TetR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 241 aa  81.6  0.000000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5925  transcriptional regulator, TetR family  34.13 
 
 		 211 aa  81.6  0.000000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4695  TetR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 215 aa  81.6  0.000000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 247 aa  80.9  0.00000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 221 aa  80.9  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0155  TetR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 222 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 247 aa  80.9  0.00000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  32.62 
 
 		 213 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 231 aa  80.5  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  33 
 
 		 216 aa  80.5  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 220 aa  79.3  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1360  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 270 aa  79.3  0.00000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.100226  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3466  TetR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 245 aa  79  0.00000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.130911  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  39.05 
 
 		 217 aa  79  0.00000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  40.77 
 
 		 211 aa  78.6  0.00000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  36.91 
 
 		 218 aa  79  0.00000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 207 aa  78.2  0.00000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
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NC_003910  CPS_1358  TetR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 202 aa  77.8  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007908  Rfer_2599  TetR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 233 aa  77.4  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87329  n/a   
 
 
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NC_007925  RPC_1187  TetR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 221 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.49367  normal  1 
 
 
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NC_009720  Xaut_1059  TetR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 211 aa  77.8  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  25 
 
 		 201 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007347  Reut_A0754  TetR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 273 aa  77  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009485  BBta_5306  TetR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 219 aa  76.6  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
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NC_007958  RPD_1553  regulatory protein, TetR  29.86 
 
 		 234 aa  76.3  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010338  Caul_1312  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 206 aa  75.9  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278349  normal  0.387509 
 
 
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NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 200 aa  75.5  0.0000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013131  Caci_6537  transcriptional regulator, TetR family  33.17 
 
 		 230 aa  75.5  0.0000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.563628  normal  0.0265458 
 
 
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