More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5073 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5073  transcriptional regulator TetR family  100 
 
 		 227 aa  456  1e-127  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.479761  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  40.34 
 
 		 236 aa  75.5  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1050  transcriptional regulator, TetR family  30.92 
 
 		 225 aa  74.7  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.549541 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  40.37 
 
 		 224 aa  71.6  0.000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 221 aa  69.7  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0787  regulatory protein, TetR  29.9 
 
 		 226 aa  68.9  0.00000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 210 aa  68.6  0.00000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 213 aa  68.6  0.00000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0972  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 233 aa  68.6  0.00000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.93446  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  27.62 
 
 		 212 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3129  transcriptional regulator, TetR family  39.47 
 
 		 191 aa  68.2  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  35.93 
 
 		 218 aa  68.2  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 211 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4171  TetR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 203 aa  66.2  0.0000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0201849  hitchhiker  0.000462956 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0731  TetR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 227 aa  66.2  0.0000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250469 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 216 aa  65.5  0.0000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  28.66 
 
 		 208 aa  65.1  0.0000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1709  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 224 aa  65.1  0.0000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.400859  normal  0.0301663 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 216 aa  64.7  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4516  transcriptional regulator, TetR family  36.13 
 
 		 207 aa  64.3  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  27.95 
 
 		 226 aa  64.3  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 212 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 209 aa  64.3  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 211 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  36.13 
 
 		 207 aa  64.3  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  59.02 
 
 		 213 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  58.06 
 
 		 209 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  59.02 
 
 		 213 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  37.59 
 
 		 222 aa  64.3  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  59.02 
 
 		 213 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3992  transcriptional regulator, TetR family  27.36 
 
 		 218 aa  63.2  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0412  TetR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 216 aa  63.2  0.000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.742667  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  39.82 
 
 		 205 aa  63.5  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0661  transcriptional regulator, TetR family  27.93 
 
 		 205 aa  63.5  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2309  transcriptional regulator, TetR family  34.67 
 
 		 204 aa  63.2  0.000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.601552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 206 aa  63.5  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 216 aa  63.5  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5925  transcriptional regulator, TetR family  49.15 
 
 		 211 aa  63.5  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1993  transcriptional regulator, TetR family  25.13 
 
 		 223 aa  63.2  0.000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1924  TetR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 210 aa  62.8  0.000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.343626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4304  TetR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 202 aa  63.2  0.000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.148025  normal  0.676238 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5045  transcriptional regulator, TetR family  35.92 
 
 		 208 aa  62.8  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.301448 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  38.58 
 
 		 217 aa  62.4  0.000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 206 aa  62  0.000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1869  TetR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 215 aa  61.6  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007963  Csal_0947  TetR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 205 aa  62  0.000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0946183  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0056  transcriptional regulator, TetR family  30.3 
 
 		 198 aa  61.6  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 200 aa  61.6  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 200 aa  61.6  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0123  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 224 aa  61.2  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 206 aa  61.2  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1938  transcriptional regulator, TetR family  28.38 
 
 		 226 aa  60.8  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.165177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 212 aa  60.8  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3277  TetR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 188 aa  60.5  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_009715  CCV52592_1551  transcription regulator protein  28.93 
 
 		 205 aa  60.5  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000200418  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4306  TetR family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 202 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.651969  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  56.86 
 
 		 207 aa  60.5  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3682  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 540 aa  60.8  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0191871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  29.67 
 
 		 206 aa  60.1  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0155  TetR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 222 aa  59.7  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  60.42 
 
 		 206 aa  60.1  0.00000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6592  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 225 aa  60.1  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 205 aa  60.1  0.00000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2219  TetR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 207 aa  59.7  0.00000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.23135  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2416  TetR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 192 aa  59.7  0.00000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.363583 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0994  transcriptional regulator, TetR family  26.89 
 
 		 271 aa  59.3  0.00000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  53.57 
 
 		 226 aa  59.3  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.232227 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2176  TetR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 209 aa  59.3  0.00000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000096918  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 232 aa  59.3  0.00000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2423  transcriptional regulator, TetR family  46.88 
 
 		 207 aa  59.3  0.00000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3455  transcriptional regulator, TetR family  26.71 
 
 		 245 aa  59.3  0.00000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2242  TetR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 209 aa  58.9  0.00000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.640782  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2162  TetR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.116975  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7734  TetR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 217 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2406  TetR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 209 aa  58.9  0.00000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3598  TetR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 222 aa  58.9  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.822043 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  29.47 
 
 		 220 aa  58.9  0.00000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4481  transcriptional regulator, TetR family  50.91 
 
 		 216 aa  58.5  0.00000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.918639  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2959  transcriptional regulator, TetR family  48.39 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00177797 
 
 
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NC_011988  Avi_5949  transcriptional regulator TetR family  31.67 
 
 		 250 aa  58.5  0.00000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 208 aa  58.5  0.00000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
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NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  54.72 
 
 		 210 aa  58.2  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010338  Caul_1312  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 206 aa  57.8  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278349  normal  0.387509 
 
 
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NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  39.74 
 
 		 208 aa  57.8  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013131  Caci_6537  transcriptional regulator, TetR family  44 
 
 		 230 aa  58.2  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.563628  normal  0.0265458 
 
 
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NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  34.96 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013595  Sros_2689  putative transcriptional regulator, TetR family  26.77 
 
 		 325 aa  57.8  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.559134 
 
 
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NC_009921  Franean1_4695  TetR family transcriptional regulator  24.27 
 
 		 215 aa  57.8  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  26.19 
 
 		 209 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
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NC_003909  BCE_2441  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 205 aa  57.4  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.21008  n/a   
 
 
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NC_007494  RSP_3317  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 214 aa  57.4  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.305506  n/a   
 
 
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NC_011725  BCB4264_A2373  transcriptional regulator, TetR family  47.54 
 
 		 207 aa  57  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008146  Mmcs_4247  TetR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 212 aa  57  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0639864  n/a   
 
 
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NC_011894  Mnod_5527  transcriptional regulator, TetR family  28 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.107312  n/a   
 
 
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NC_008705  Mkms_4333  TetR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 212 aa  57  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.771402  normal  0.443044 
 
 
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NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 203 aa  57.4  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008752  Aave_0109  TetR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 207 aa  57  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009050  Rsph17029_4044  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 214 aa  57.4  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  26.46 
 
 		 217 aa  57  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009077  Mjls_4626  TetR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 212 aa  57  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.734291 
 
 
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