More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5888 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_5888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
268 aa  548  1e-155  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.98 
 
 
261 aa  264  1e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2474  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.23 
 
 
267 aa  254  7e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.13 
 
 
282 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.272239 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.52 
 
 
272 aa  253  2.0000000000000002e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.452944 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1726  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.57 
 
 
277 aa  253  3e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000145035  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1205  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.68 
 
 
268 aa  249  4e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.47 
 
 
279 aa  248  6e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00118194  normal  0.0268185 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4581  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.57 
 
 
281 aa  248  8e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.993557  normal  0.56488 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4447  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.57 
 
 
281 aa  248  8e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0155912  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.5 
 
 
277 aa  248  1e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.73 
 
 
268 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.132955  normal  0.0662114 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5673  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.09 
 
 
277 aa  246  2e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05364  hypothetical protein  47.94 
 
 
282 aa  246  3e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.024551 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1800  hypothetical protein  49.04 
 
 
280 aa  246  3e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.388037  hitchhiker  0.000742601 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.97 
 
 
275 aa  246  3e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3405  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.26 
 
 
265 aa  246  4e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.3673  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0902  hypothetical protein  45.52 
 
 
275 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.16717  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.85 
 
 
278 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4240  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.73 
 
 
268 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.11 
 
 
268 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.148832  normal  0.242571 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3453  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.85 
 
 
278 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1806  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.71 
 
 
274 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.212771 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4866  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.24 
 
 
280 aa  244  8e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.314841  normal  0.126778 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.46 
 
 
278 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2716  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.08 
 
 
278 aa  242  5e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.73 
 
 
269 aa  242  6e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.223189  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.08 
 
 
278 aa  241  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.15 
 
 
273 aa  240  2e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1053  hypothetical protein  45.45 
 
 
275 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.59 
 
 
269 aa  239  4e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0687674  normal  0.997243 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3373  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.67 
 
 
266 aa  234  8e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1797  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.31 
 
 
273 aa  229  3e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41974  normal  0.0188791 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2417  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.92 
 
 
279 aa  229  4e-59  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.83 
 
 
271 aa  228  7e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.725302  normal  0.780103 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1807  hypothetical protein  44.44 
 
 
278 aa  227  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0111312 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4856  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.44 
 
 
278 aa  227  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.188052  normal  0.482057 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0191  hypothetical protein  49.03 
 
 
311 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5154  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.07 
 
 
274 aa  215  5.9999999999999996e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251711  normal  0.0433393 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2833  putative UDP-glucose 4-epimerase  46.32 
 
 
244 aa  211  7e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.471833  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7512  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.65 
 
 
273 aa  211  1e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.26 
 
 
261 aa  206  3e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.273887  normal  0.388948 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1485  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.5 
 
 
274 aa  202  4e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3497  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  43.83 
 
 
275 aa  201  9.999999999999999e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0172625 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.49 
 
 
276 aa  198  9e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00512968 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.24 
 
 
267 aa  196  2.0000000000000003e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  hitchhiker  0.00605708  decreased coverage  0.00179082 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1140  hypothetical protein  44.26 
 
 
267 aa  192  4e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.298631  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5694  hypothetical protein  44.98 
 
 
255 aa  187  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.704204  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4379  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.51 
 
 
274 aa  187  2e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.601592  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0612  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.47 
 
 
295 aa  181  8.000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.477522  normal  0.0234327 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2247  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.39 
 
 
247 aa  178  9e-44  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.46 
 
 
276 aa  177  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00756202  normal  0.114208 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5445  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.69 
 
 
276 aa  175  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00620195 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.95 
 
 
272 aa  173  2.9999999999999996e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.662077  normal  0.637306 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19740  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  44.21 
 
 
263 aa  172  5.999999999999999e-42  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.193802  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.49 
 
 
278 aa  169  5e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.67 
 
 
298 aa  162  6e-39  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.603916 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36890  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  37.55 
 
 
273 aa  161  1e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.578301 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40 
 
 
249 aa  160  1e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02700  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  42.62 
 
 
270 aa  160  2e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.262568  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2093  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.74 
 
 
277 aa  154  1e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000357423 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0576  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.08 
 
 
255 aa  154  2e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0483  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.66 
 
 
278 aa  153  2.9999999999999998e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00129402  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2002  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.95 
 
 
560 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3523  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.08 
 
 
277 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.479563  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1729  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.21 
 
 
290 aa  145  9e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0125  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.55 
 
 
249 aa  142  7e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.826722 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1140  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  39.1 
 
 
252 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.87 
 
 
278 aa  121  9.999999999999999e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00691112  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.43 
 
 
257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.759613  decreased coverage  0.00160839 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4212  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.32 
 
 
283 aa  114  2.0000000000000002e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.39 
 
 
252 aa  105  1e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.13414  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.08 
 
 
256 aa  101  2e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.243124  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0833  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.21 
 
 
302 aa  99  8e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.73 
 
 
299 aa  97.4  2e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  35.33 
 
 
292 aa  95.9  6e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0386501 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.74 
 
 
256 aa  94.7  1e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.72 
 
 
279 aa  94.7  1e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.27 
 
 
303 aa  87.4  2e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.33 
 
 
298 aa  86.7  3e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.47 
 
 
309 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.2 
 
 
297 aa  86.3  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1317  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.4 
 
 
297 aa  85.5  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0188901  normal  0.208154 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3286  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.39 
 
 
292 aa  84.3  0.000000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2865  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.03 
 
 
305 aa  83.6  0.000000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.125961 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1610  putative UDP-glucose 4-epimerase  26.86 
 
 
299 aa  83.2  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0785  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.64 
 
 
282 aa  82.4  0.000000000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.858296  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.28 
 
 
303 aa  82  0.000000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.141265  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1894  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
302 aa  81.3  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.32 
 
 
300 aa  80.5  0.00000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.386325 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.42 
 
 
297 aa  80.1  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0103868 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.69 
 
 
301 aa  80.1  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.73675  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.98 
 
 
296 aa  79.7  0.00000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.31 
 
 
302 aa  79.3  0.00000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0195727  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02194  putative oxidoreductase protein  31.13 
 
 
305 aa  79.3  0.00000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.415405  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.22 
 
 
292 aa  79.3  0.00000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5668  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.02 
 
 
298 aa  79  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.642611  normal  0.440352 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0895  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.95 
 
 
338 aa  79  0.00000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.0000813821  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1230  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.18 
 
 
295 aa  79  0.00000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.419634 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.95 
 
 
319 aa  79  0.00000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.792015  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>