More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1115 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
272 aa  559  1e-158  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.452944 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  71.96 
 
 
273 aa  415  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.35 
 
 
269 aa  370  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0687674  normal  0.997243 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  70.11 
 
 
269 aa  374  1e-102  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.223189  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4581  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.12 
 
 
281 aa  343  1e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.993557  normal  0.56488 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4447  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.12 
 
 
281 aa  343  1e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0155912  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.17 
 
 
275 aa  344  1e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1205  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.74 
 
 
268 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1053  hypothetical protein  60 
 
 
275 aa  341  5.999999999999999e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4240  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.97 
 
 
268 aa  341  9e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.98 
 
 
268 aa  340  2e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.132955  normal  0.0662114 
 
 
-
 
NC_003296  RS05364  hypothetical protein  62.74 
 
 
282 aa  340  2e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.024551 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.57 
 
 
274 aa  338  8e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.212771 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1726  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.8 
 
 
277 aa  337  9.999999999999999e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000145035  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.07 
 
 
268 aa  334  9e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.148832  normal  0.242571 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.93 
 
 
279 aa  333  1e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00118194  normal  0.0268185 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0902  hypothetical protein  58.52 
 
 
275 aa  333  2e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.16717  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.84 
 
 
282 aa  319  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.272239 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4866  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.27 
 
 
280 aa  306  3e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.314841  normal  0.126778 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3405  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.12 
 
 
265 aa  300  2e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.3673  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1800  hypothetical protein  54.37 
 
 
280 aa  298  9e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.388037  hitchhiker  0.000742601 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.75 
 
 
277 aa  295  4e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3373  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.23 
 
 
266 aa  293  2e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2716  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.13 
 
 
278 aa  293  2e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2474  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.23 
 
 
267 aa  292  3e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.75 
 
 
278 aa  293  3e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.75 
 
 
278 aa  292  4e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3453  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.13 
 
 
278 aa  292  4e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1806  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.13 
 
 
278 aa  292  4e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5673  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.61 
 
 
277 aa  290  2e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0191  hypothetical protein  57.93 
 
 
311 aa  288  5.0000000000000004e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.19 
 
 
261 aa  260  2e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.52 
 
 
268 aa  253  2.0000000000000002e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1485  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.74 
 
 
274 aa  213  2.9999999999999995e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.66 
 
 
267 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  hitchhiker  0.00605708  decreased coverage  0.00179082 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2417  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.59 
 
 
279 aa  210  2e-53  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0612  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.02 
 
 
295 aa  206  3e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.477522  normal  0.0234327 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.8 
 
 
276 aa  205  6e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00756202  normal  0.114208 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5445  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.8 
 
 
276 aa  205  7e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00620195 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1797  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.09 
 
 
273 aa  202  3e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41974  normal  0.0188791 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5154  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.61 
 
 
274 aa  202  3e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251711  normal  0.0433393 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3497  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  41.96 
 
 
275 aa  200  1.9999999999999998e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0172625 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.61 
 
 
271 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.725302  normal  0.780103 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4379  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.03 
 
 
274 aa  198  7e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.601592  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2833  putative UDP-glucose 4-epimerase  44.35 
 
 
244 aa  196  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.471833  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7512  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.7 
 
 
273 aa  196  3e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.69 
 
 
276 aa  190  2e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00512968 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4856  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.47 
 
 
278 aa  190  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.188052  normal  0.482057 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1807  hypothetical protein  41.47 
 
 
278 aa  188  7e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0111312 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1140  hypothetical protein  43.97 
 
 
267 aa  187  1e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.298631  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5694  hypothetical protein  45.37 
 
 
255 aa  187  2e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.704204  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.29 
 
 
261 aa  186  3e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.273887  normal  0.388948 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.84 
 
 
272 aa  173  1.9999999999999998e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.662077  normal  0.637306 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.29 
 
 
278 aa  172  5e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0483  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.25 
 
 
278 aa  164  1.0000000000000001e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00129402  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36890  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  41.22 
 
 
273 aa  159  4e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.578301 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2002  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.86 
 
 
560 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2093  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.51 
 
 
277 aa  157  2e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000357423 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3523  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.13 
 
 
277 aa  154  1e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.479563  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02700  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  38.24 
 
 
270 aa  151  1e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.262568  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19740  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  40.77 
 
 
263 aa  150  3e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.193802  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1140  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  40.51 
 
 
252 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1729  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.27 
 
 
290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0576  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.99 
 
 
255 aa  124  2e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2247  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.3 
 
 
247 aa  119  6e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.21 
 
 
298 aa  118  9e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.603916 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.3 
 
 
249 aa  118  9.999999999999999e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.9 
 
 
278 aa  117  3e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00691112  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0125  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.78 
 
 
249 aa  116  3.9999999999999997e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.826722 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.3 
 
 
257 aa  115  1.0000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.759613  decreased coverage  0.00160839 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.32 
 
 
256 aa  109  6e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.243124  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.55 
 
 
299 aa  105  7e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4212  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.68 
 
 
283 aa  104  2e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.04 
 
 
252 aa  103  4e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.13414  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.34 
 
 
256 aa  103  4e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.15 
 
 
303 aa  94.7  1e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2607  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.53 
 
 
283 aa  87  3e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00262717  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4916  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.46 
 
 
305 aa  82  0.000000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.511377  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3839  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.46 
 
 
305 aa  82  0.000000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.184937  normal  0.641211 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0833  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.34 
 
 
302 aa  80.5  0.00000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02194  putative oxidoreductase protein  29.9 
 
 
305 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.415405  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.96 
 
 
303 aa  79.7  0.00000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.141265  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.09 
 
 
302 aa  79.3  0.00000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0195727  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.42 
 
 
310 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.47 
 
 
310 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.99 
 
 
310 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.88 
 
 
310 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.12 
 
 
375 aa  75.5  0.0000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.688935  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.82 
 
 
328 aa  74.3  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.86 
 
 
309 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.86 
 
 
320 aa  73.6  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.04011 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.12 
 
 
312 aa  72  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.33 
 
 
309 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
309 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.72 
 
 
340 aa  70.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.71 
 
 
306 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1211  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.57 
 
 
347 aa  70.5  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.72 
 
 
340 aa  70.1  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1325  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.72 
 
 
340 aa  70.1  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.95 
 
 
308 aa  70.1  0.00000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>