More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1875 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_1875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
282 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.272239 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  72.26 
 
 
275 aa  412  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.63 
 
 
268 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.132955  normal  0.0662114 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1205  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.26 
 
 
268 aa  394  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.89 
 
 
268 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.148832  normal  0.242571 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0902  hypothetical protein  68.03 
 
 
275 aa  392  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.16717  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.9 
 
 
274 aa  393  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.212771 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4240  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.17 
 
 
268 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1053  hypothetical protein  68.03 
 
 
275 aa  389  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1726  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.92 
 
 
277 aa  375  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000145035  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.32 
 
 
279 aa  375  1e-103  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00118194  normal  0.0268185 
 
 
-
 
NC_003296  RS05364  hypothetical protein  63.5 
 
 
282 aa  344  1e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.024551 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4447  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.83 
 
 
281 aa  335  5e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0155912  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4581  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.83 
 
 
281 aa  335  5e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.993557  normal  0.56488 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.84 
 
 
272 aa  319  3.9999999999999996e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.452944 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0191  hypothetical protein  60.92 
 
 
311 aa  295  8e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.3 
 
 
277 aa  294  1e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.51 
 
 
269 aa  291  1e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0687674  normal  0.997243 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5673  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.44 
 
 
277 aa  291  1e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.51 
 
 
269 aa  291  1e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.223189  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.44 
 
 
278 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2716  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.81 
 
 
278 aa  288  7e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.44 
 
 
278 aa  288  8e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3453  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.07 
 
 
278 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1806  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.07 
 
 
278 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.05 
 
 
261 aa  285  7e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4866  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.9 
 
 
280 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.314841  normal  0.126778 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1800  hypothetical protein  54.31 
 
 
280 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.388037  hitchhiker  0.000742601 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2474  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.11 
 
 
267 aa  279  4e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.37 
 
 
273 aa  276  2e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3405  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.16 
 
 
265 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.3673  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3373  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.55 
 
 
266 aa  258  9e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.13 
 
 
268 aa  253  2.0000000000000002e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2417  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.49 
 
 
279 aa  210  3e-53  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.63 
 
 
276 aa  209  5e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00512968 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.53 
 
 
271 aa  207  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.725302  normal  0.780103 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1807  hypothetical protein  41.11 
 
 
278 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0111312 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.3 
 
 
267 aa  206  3e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  hitchhiker  0.00605708  decreased coverage  0.00179082 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4856  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.86 
 
 
278 aa  206  5e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.188052  normal  0.482057 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1485  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.07 
 
 
274 aa  199  3.9999999999999996e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4379  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.23 
 
 
274 aa  193  3e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.601592  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1797  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.1 
 
 
273 aa  191  9e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41974  normal  0.0188791 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5694  hypothetical protein  43.91 
 
 
255 aa  188  7e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.704204  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5154  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.78 
 
 
274 aa  187  1e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251711  normal  0.0433393 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0612  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.09 
 
 
295 aa  186  3e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.477522  normal  0.0234327 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7512  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.33 
 
 
273 aa  184  1.0000000000000001e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1140  hypothetical protein  42.41 
 
 
267 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.298631  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3497  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  39.47 
 
 
275 aa  183  2.0000000000000003e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0172625 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2833  putative UDP-glucose 4-epimerase  42.32 
 
 
244 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.471833  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.3 
 
 
276 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00756202  normal  0.114208 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5445  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.08 
 
 
276 aa  182  6e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00620195 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.46 
 
 
272 aa  180  2e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.662077  normal  0.637306 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40 
 
 
261 aa  179  4e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.273887  normal  0.388948 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39 
 
 
278 aa  167  2e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0483  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.98 
 
 
278 aa  160  2e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00129402  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36890  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  39.11 
 
 
273 aa  159  4e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.578301 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2093  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39 
 
 
277 aa  157  2e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000357423 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02700  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  37.7 
 
 
270 aa  153  2e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.262568  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3523  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.56 
 
 
277 aa  151  8.999999999999999e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.479563  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2002  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.22 
 
 
560 aa  141  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1140  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  38.31 
 
 
252 aa  136  3.0000000000000003e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19740  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  37.55 
 
 
263 aa  133  3.9999999999999996e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.193802  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0125  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.27 
 
 
249 aa  130  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.826722 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1729  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
290 aa  124  2e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2247  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.21 
 
 
247 aa  122  6e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0576  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.1 
 
 
255 aa  121  1.9999999999999998e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.73 
 
 
252 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.13414  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.74 
 
 
249 aa  116  3.9999999999999997e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.44 
 
 
257 aa  112  5e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.759613  decreased coverage  0.00160839 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.31 
 
 
278 aa  112  9e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00691112  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.23 
 
 
298 aa  110  3e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.603916 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4212  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.79 
 
 
283 aa  100  3e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.12 
 
 
299 aa  100  3e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.91 
 
 
303 aa  99  9e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.86 
 
 
256 aa  93.2  4e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.243124  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.3 
 
 
309 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.87 
 
 
302 aa  86.3  5e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0195727  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.26 
 
 
310 aa  85.9  6e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0833  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.32 
 
 
302 aa  84.7  0.000000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.07 
 
 
256 aa  85.1  0.000000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.3 
 
 
310 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.3 
 
 
309 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.3 
 
 
309 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.3 
 
 
310 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.3 
 
 
310 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.92 
 
 
303 aa  83.2  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.141265  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.7 
 
 
375 aa  80.9  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.688935  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.56 
 
 
306 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.52 
 
 
314 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0785  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.43 
 
 
282 aa  79  0.00000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.858296  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.39 
 
 
312 aa  79  0.00000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.3 
 
 
314 aa  77.8  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.14 
 
 
312 aa  77  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.51 
 
 
308 aa  76.6  0.0000000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.14 
 
 
313 aa  75.9  0.0000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  34.39 
 
 
292 aa  75.5  0.0000000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0386501 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.88 
 
 
292 aa  75.5  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32 
 
 
313 aa  73.9  0.000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0794715  normal  0.286988 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3839  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.21 
 
 
305 aa  72.4  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.184937  normal  0.641211 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4916  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.21 
 
 
305 aa  72.4  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.511377  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>