More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1171 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
268 aa  556  1e-157  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.132955  normal  0.0662114 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1205  NAD-dependent epimerase/dehydratase  97.39 
 
 
268 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4240  NAD-dependent epimerase/dehydratase  95.9 
 
 
268 aa  535  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  94.03 
 
 
268 aa  529  1e-149  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.148832  normal  0.242571 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  77.94 
 
 
275 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1053  hypothetical protein  78.2 
 
 
275 aa  448  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0902  hypothetical protein  77.44 
 
 
275 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.16717  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  76.52 
 
 
274 aa  434  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.212771 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1726  NAD-dependent epimerase/dehydratase  71.97 
 
 
277 aa  407  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000145035  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.63 
 
 
282 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.272239 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.96 
 
 
279 aa  398  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00118194  normal  0.0268185 
 
 
-
 
NC_003296  RS05364  hypothetical protein  69.7 
 
 
282 aa  371  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.024551 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4581  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.42 
 
 
281 aa  360  1e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.993557  normal  0.56488 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4447  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.42 
 
 
281 aa  360  1e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0155912  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.98 
 
 
272 aa  340  2e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.452944 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.69 
 
 
269 aa  319  3e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0687674  normal  0.997243 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.7 
 
 
269 aa  311  9e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.223189  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.43 
 
 
277 aa  302  3.0000000000000004e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1800  hypothetical protein  55.06 
 
 
280 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.388037  hitchhiker  0.000742601 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3405  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.42 
 
 
265 aa  302  4.0000000000000003e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.3673  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2716  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.23 
 
 
278 aa  301  7.000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4866  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.55 
 
 
280 aa  300  1e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.314841  normal  0.126778 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0191  hypothetical protein  63.16 
 
 
311 aa  298  5e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3453  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.85 
 
 
278 aa  298  7e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1806  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.85 
 
 
278 aa  298  7e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2474  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.79 
 
 
267 aa  298  8e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5673  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.53 
 
 
277 aa  297  1e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.85 
 
 
278 aa  297  1e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.92 
 
 
278 aa  296  3e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.93 
 
 
273 aa  295  7e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3373  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.7 
 
 
266 aa  290  2e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.14 
 
 
261 aa  272  4.0000000000000004e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.73 
 
 
268 aa  247  2e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.45 
 
 
276 aa  225  7e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00512968 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.75 
 
 
271 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.725302  normal  0.780103 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1485  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.51 
 
 
274 aa  209  3e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.56 
 
 
267 aa  207  2e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  hitchhiker  0.00605708  decreased coverage  0.00179082 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2417  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.77 
 
 
279 aa  206  4e-52  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1797  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.63 
 
 
273 aa  206  5e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41974  normal  0.0188791 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1807  hypothetical protein  41.02 
 
 
278 aa  202  5e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0111312 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3497  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  41.31 
 
 
275 aa  201  9.999999999999999e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0172625 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4856  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.41 
 
 
278 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.188052  normal  0.482057 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7512  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.76 
 
 
273 aa  201  9.999999999999999e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5154  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.67 
 
 
274 aa  199  5e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251711  normal  0.0433393 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2833  putative UDP-glucose 4-epimerase  46.09 
 
 
244 aa  196  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.471833  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0612  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.85 
 
 
295 aa  195  6e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.477522  normal  0.0234327 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1140  hypothetical protein  42.91 
 
 
267 aa  194  1e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.298631  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.28 
 
 
276 aa  188  8e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00756202  normal  0.114208 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4379  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.51 
 
 
274 aa  187  2e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.601592  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5694  hypothetical protein  43.04 
 
 
255 aa  184  2.0000000000000003e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.704204  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.3 
 
 
261 aa  182  4.0000000000000006e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.273887  normal  0.388948 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5445  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.89 
 
 
276 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00620195 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.31 
 
 
278 aa  169  4e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.02 
 
 
272 aa  164  2.0000000000000002e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.662077  normal  0.637306 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0483  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.59 
 
 
278 aa  161  1e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00129402  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02700  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  36.43 
 
 
270 aa  160  2e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.262568  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3523  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.36 
 
 
277 aa  155  6e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.479563  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2093  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.91 
 
 
277 aa  153  2e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000357423 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36890  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  36.84 
 
 
273 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.578301 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2002  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.71 
 
 
560 aa  135  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0576  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.33 
 
 
255 aa  124  2e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19740  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  34.87 
 
 
263 aa  123  3e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.193802  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0125  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.8 
 
 
249 aa  122  4e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.826722 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1140  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  35.63 
 
 
252 aa  121  9.999999999999999e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2247  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.57 
 
 
247 aa  119  3.9999999999999996e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.83 
 
 
257 aa  119  7e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.759613  decreased coverage  0.00160839 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.88 
 
 
249 aa  118  9.999999999999999e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.13 
 
 
278 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00691112  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.64 
 
 
252 aa  116  3e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.13414  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
298 aa  113  4.0000000000000004e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.603916 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1729  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27 
 
 
290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.38 
 
 
299 aa  100  2e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.22 
 
 
303 aa  99  7e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4212  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.15 
 
 
283 aa  93.2  4e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.29 
 
 
256 aa  89  7e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.243124  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.14 
 
 
256 aa  87  3e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0833  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.49 
 
 
302 aa  82.4  0.000000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2607  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.78 
 
 
283 aa  78.2  0.0000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00262717  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.98 
 
 
309 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.37 
 
 
310 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.94 
 
 
375 aa  74.3  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.688935  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.15 
 
 
310 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.15 
 
 
310 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.15 
 
 
310 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.14 
 
 
314 aa  72.4  0.000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.24 
 
 
302 aa  70.9  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0195727  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0785  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.86 
 
 
282 aa  70.1  0.00000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.858296  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0308  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.41 
 
 
283 aa  70.1  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0393697  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.38 
 
 
309 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.38 
 
 
309 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.59 
 
 
312 aa  68.2  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.94 
 
 
313 aa  68.6  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.95 
 
 
316 aa  67.4  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.72 
 
 
315 aa  67.8  0.0000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.113189  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.81 
 
 
306 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2865  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.78 
 
 
305 aa  67  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.125961 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.92 
 
 
292 aa  67  0.0000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.51 
 
 
279 aa  67  0.0000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.99 
 
 
303 aa  67  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.141265  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.57 
 
 
296 aa  66.6  0.0000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>