More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5236 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_5236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
278 aa  571  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  98.56 
 
 
278 aa  563  1e-160  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2716  NAD-dependent epimerase/dehydratase  93.88 
 
 
278 aa  542  1e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  93.53 
 
 
278 aa  540  1e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3453  NAD-dependent epimerase/dehydratase  93.17 
 
 
278 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1806  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  89.89 
 
 
277 aa  521  1e-147  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5673  NAD-dependent epimerase/dehydratase  82.67 
 
 
277 aa  488  1e-137  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4866  NAD-dependent epimerase/dehydratase  75.82 
 
 
280 aa  441  1e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.314841  normal  0.126778 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1800  hypothetical protein  75.82 
 
 
280 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.388037  hitchhiker  0.000742601 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4240  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.6 
 
 
268 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1205  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.23 
 
 
268 aa  298  5e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.85 
 
 
268 aa  297  1e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.132955  normal  0.0662114 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.92 
 
 
268 aa  296  2e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.148832  normal  0.242571 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0902  hypothetical protein  54.04 
 
 
275 aa  295  4e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.16717  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.09 
 
 
275 aa  295  4e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.75 
 
 
272 aa  292  4e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.452944 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1053  hypothetical protein  53.31 
 
 
275 aa  292  5e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.44 
 
 
282 aa  288  8e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.272239 
 
 
-
 
NC_003296  RS05364  hypothetical protein  58.08 
 
 
282 aa  286  2e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.024551 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1726  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.92 
 
 
277 aa  287  2e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000145035  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3373  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.69 
 
 
266 aa  286  2.9999999999999996e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.28 
 
 
274 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.212771 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.38 
 
 
269 aa  281  8.000000000000001e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.223189  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4581  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.23 
 
 
281 aa  280  2e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.993557  normal  0.56488 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4447  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.23 
 
 
281 aa  280  2e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0155912  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.79 
 
 
273 aa  279  3e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.48 
 
 
261 aa  279  4e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.23 
 
 
269 aa  277  2e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0687674  normal  0.997243 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.16 
 
 
279 aa  274  1.0000000000000001e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00118194  normal  0.0268185 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3405  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.33 
 
 
265 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.3673  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2474  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.53 
 
 
267 aa  265  7e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0191  hypothetical protein  57.25 
 
 
311 aa  262  4e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.46 
 
 
268 aa  244  1.9999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1807  hypothetical protein  42.58 
 
 
278 aa  210  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0111312 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1797  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.15 
 
 
273 aa  207  1e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41974  normal  0.0188791 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.32 
 
 
271 aa  206  4e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.725302  normal  0.780103 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4856  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.58 
 
 
278 aa  206  4e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.188052  normal  0.482057 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.36 
 
 
267 aa  202  3e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  hitchhiker  0.00605708  decreased coverage  0.00179082 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3497  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  44.92 
 
 
275 aa  202  7e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0172625 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0612  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.7 
 
 
295 aa  198  6e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.477522  normal  0.0234327 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.21 
 
 
276 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00512968 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4379  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.75 
 
 
274 aa  195  6e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.601592  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.86 
 
 
261 aa  195  8.000000000000001e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.273887  normal  0.388948 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2417  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.18 
 
 
279 aa  187  2e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2833  putative UDP-glucose 4-epimerase  43.04 
 
 
244 aa  186  3e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.471833  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7512  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.73 
 
 
273 aa  186  4e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5154  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.47 
 
 
274 aa  184  1.0000000000000001e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251711  normal  0.0433393 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5694  hypothetical protein  42.29 
 
 
255 aa  179  4.999999999999999e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.704204  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1485  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.31 
 
 
274 aa  176  5e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1140  hypothetical protein  40.23 
 
 
267 aa  172  6.999999999999999e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.298631  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.61 
 
 
276 aa  171  9e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00756202  normal  0.114208 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5445  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.37 
 
 
276 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00620195 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0483  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.5 
 
 
278 aa  165  5.9999999999999996e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00129402  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.23 
 
 
278 aa  159  5e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.88 
 
 
272 aa  157  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.662077  normal  0.637306 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2093  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.49 
 
 
277 aa  155  9e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000357423 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02700  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  37.93 
 
 
270 aa  154  2e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.262568  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36890  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  37.36 
 
 
273 aa  152  5e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.578301 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2002  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.08 
 
 
560 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3523  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.75 
 
 
277 aa  144  2e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.479563  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19740  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  37.82 
 
 
263 aa  140  3e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.193802  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1140  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  37.6 
 
 
252 aa  136  3.0000000000000003e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1729  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.33 
 
 
290 aa  132  7.999999999999999e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2247  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.33 
 
 
247 aa  131  1.0000000000000001e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0125  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.55 
 
 
249 aa  129  4.0000000000000003e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.826722 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0576  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.8 
 
 
255 aa  129  5.0000000000000004e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.84 
 
 
249 aa  129  6e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.62 
 
 
278 aa  120  3e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00691112  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.6 
 
 
298 aa  119  7e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.603916 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.43 
 
 
252 aa  114  3e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.13414  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4212  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.18 
 
 
283 aa  113  4.0000000000000004e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30 
 
 
256 aa  110  2.0000000000000002e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.243124  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.26 
 
 
299 aa  109  4.0000000000000004e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.04 
 
 
257 aa  105  9e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.759613  decreased coverage  0.00160839 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.21 
 
 
256 aa  104  1e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.1 
 
 
303 aa  94.4  2e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0833  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.56 
 
 
302 aa  94.7  2e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.52 
 
 
309 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.69 
 
 
303 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.141265  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.76 
 
 
320 aa  79.3  0.00000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.04011 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.14 
 
 
320 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.974335  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.15 
 
 
310 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35 
 
 
308 aa  76.6  0.0000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.15 
 
 
310 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.55 
 
 
375 aa  76.3  0.0000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.688935  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1610  putative UDP-glucose 4-epimerase  27.76 
 
 
299 aa  75.5  0.0000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.43 
 
 
310 aa  75.5  0.0000000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4674  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.08 
 
 
323 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0308  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.96 
 
 
283 aa  75.5  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0393697  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.58 
 
 
310 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.52 
 
 
313 aa  73.6  0.000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.15 
 
 
310 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.89 
 
 
312 aa  73.9  0.000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.94 
 
 
328 aa  73.6  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.29 
 
 
335 aa  73.9  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.2 
 
 
306 aa  73.6  0.000000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2958  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.23 
 
 
325 aa  73.2  0.000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.99 
 
 
302 aa  73.2  0.000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0195727  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2821  UDP-glucose 4-epimerase  35.33 
 
 
332 aa  72.4  0.000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.96 
 
 
279 aa  72.4  0.000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>