More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5694 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5694  hypothetical protein  100 
 
 
255 aa  523  1e-147  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.704204  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3405  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.67 
 
 
265 aa  207  2e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.3673  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2474  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.51 
 
 
267 aa  203  2e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1053  hypothetical protein  44.78 
 
 
275 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.35 
 
 
268 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.148832  normal  0.242571 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4240  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.91 
 
 
268 aa  191  7e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1205  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.91 
 
 
268 aa  191  8e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.56 
 
 
261 aa  191  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0902  hypothetical protein  43.04 
 
 
275 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.16717  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.54 
 
 
275 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.91 
 
 
282 aa  188  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.272239 
 
 
-
 
NC_003296  RS05364  hypothetical protein  43.61 
 
 
282 aa  188  7e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.024551 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.98 
 
 
268 aa  187  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.37 
 
 
272 aa  187  2e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.452944 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3497  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  40.3 
 
 
275 aa  186  2e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0172625 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4866  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.48 
 
 
280 aa  185  7e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.314841  normal  0.126778 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1800  hypothetical protein  43.48 
 
 
280 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.388037  hitchhiker  0.000742601 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.04 
 
 
268 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.132955  normal  0.0662114 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4581  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.61 
 
 
281 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.993557  normal  0.56488 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4447  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.61 
 
 
281 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0155912  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.86 
 
 
279 aa  182  3e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00118194  normal  0.0268185 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3373  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.17 
 
 
266 aa  181  9.000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.17 
 
 
274 aa  181  1e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.212771 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5673  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.17 
 
 
277 aa  181  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1726  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.74 
 
 
277 aa  181  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000145035  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.73 
 
 
277 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.29 
 
 
278 aa  179  4e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.29 
 
 
278 aa  178  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.1 
 
 
273 aa  176  3e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.85 
 
 
278 aa  175  6e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3453  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.85 
 
 
278 aa  175  7e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1806  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2417  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.05 
 
 
279 aa  174  9.999999999999999e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2716  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.41 
 
 
278 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5445  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.32 
 
 
276 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00620195 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.92 
 
 
276 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00756202  normal  0.114208 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0191  hypothetical protein  43.97 
 
 
311 aa  169  4e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.98 
 
 
276 aa  169  5e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00512968 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.86 
 
 
267 aa  167  1e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  hitchhiker  0.00605708  decreased coverage  0.00179082 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1485  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.88 
 
 
274 aa  166  2.9999999999999998e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.81 
 
 
269 aa  163  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0687674  normal  0.997243 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.58 
 
 
269 aa  163  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.223189  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.34 
 
 
261 aa  163  2.0000000000000002e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.273887  normal  0.388948 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7512  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.35 
 
 
273 aa  161  9e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5154  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.42 
 
 
274 aa  160  2e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251711  normal  0.0433393 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.61 
 
 
271 aa  160  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.725302  normal  0.780103 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0612  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.22 
 
 
295 aa  160  3e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.477522  normal  0.0234327 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4856  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.46 
 
 
278 aa  158  6e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.188052  normal  0.482057 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1807  hypothetical protein  36.96 
 
 
278 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0111312 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1140  hypothetical protein  39.7 
 
 
267 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.298631  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.76 
 
 
278 aa  153  2e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1797  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.4 
 
 
273 aa  149  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41974  normal  0.0188791 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1140  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  43.46 
 
 
252 aa  148  9e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36890  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  40.43 
 
 
273 aa  143  2e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.578301 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2833  putative UDP-glucose 4-epimerase  39.6 
 
 
244 aa  140  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.471833  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4379  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.61 
 
 
274 aa  132  5e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.601592  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.55 
 
 
272 aa  131  9e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.662077  normal  0.637306 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19740  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  37.08 
 
 
263 aa  129  4.0000000000000003e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.193802  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0483  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.44 
 
 
278 aa  128  8.000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00129402  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2093  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.15 
 
 
277 aa  128  8.000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000357423 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2002  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.74 
 
 
560 aa  122  6e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3523  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.96 
 
 
277 aa  119  7e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.479563  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1729  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.05 
 
 
290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02700  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  33.46 
 
 
270 aa  115  1.0000000000000001e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.262568  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.55 
 
 
249 aa  107  2e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2247  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.48 
 
 
247 aa  107  2e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0576  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.65 
 
 
255 aa  99.8  4e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.16 
 
 
298 aa  97.4  2e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.603916 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.14 
 
 
252 aa  97.1  3e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.13414  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.53 
 
 
303 aa  91.3  1e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0125  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.49 
 
 
249 aa  91.3  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.826722 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.19 
 
 
279 aa  89.7  4e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.93 
 
 
299 aa  89.7  4e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0785  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.27 
 
 
282 aa  88.6  9e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.858296  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.34 
 
 
256 aa  87.8  2e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4212  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.94 
 
 
283 aa  85.5  7e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.01 
 
 
278 aa  84.3  0.000000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00691112  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1178  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.98 
 
 
317 aa  82.8  0.000000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0253268  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2302  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.55 
 
 
324 aa  82.8  0.000000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00284498  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.66 
 
 
257 aa  82.4  0.000000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.759613  decreased coverage  0.00160839 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.76 
 
 
290 aa  82  0.000000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.811922  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2865  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.02 
 
 
305 aa  80.1  0.00000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.125961 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.56 
 
 
256 aa  79.7  0.00000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.243124  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.15 
 
 
328 aa  78.2  0.0000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1121  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  29.03 
 
 
330 aa  75.9  0.0000000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0894  NAD dependent epimerase/dehydratase family  29.03 
 
 
331 aa  75.5  0.0000000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06398  UDP-galactose 4-epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G00360)  25 
 
 
280 aa  74.7  0.000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0550101 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.32 
 
 
327 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0833  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.9 
 
 
302 aa  74.7  0.000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2719  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.67 
 
 
297 aa  74.7  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.199169 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.58 
 
 
300 aa  73.9  0.000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.386325 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.39 
 
 
349 aa  74.3  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.91 
 
 
333 aa  73.6  0.000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.89 
 
 
313 aa  73.2  0.000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0794715  normal  0.286988 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1446  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.98 
 
 
311 aa  73.2  0.000000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  hitchhiker  0.000127468 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4411  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.81 
 
 
309 aa  72.4  0.000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0467071  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.5 
 
 
290 aa  72.4  0.000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000117314  hitchhiker  0.00259288 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  34.62 
 
 
292 aa  72  0.000000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0386501 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.2 
 
 
323 aa  72  0.000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.059052  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0539  hypothetical protein  28.09 
 
 
328 aa  71.6  0.00000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4619  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.2 
 
 
323 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000781919 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>