More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3299 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
275 aa  570  1e-161  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  84.67 
 
 
274 aa  484  1e-136  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.212771 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1053  hypothetical protein  80.66 
 
 
275 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0902  hypothetical protein  81.39 
 
 
275 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.16717  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  77.94 
 
 
268 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.132955  normal  0.0662114 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  78.31 
 
 
268 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.148832  normal  0.242571 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1205  NAD-dependent epimerase/dehydratase  77.21 
 
 
268 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4240  NAD-dependent epimerase/dehydratase  78.33 
 
 
268 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1726  NAD-dependent epimerase/dehydratase  78.87 
 
 
277 aa  442  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000145035  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  74.05 
 
 
279 aa  414  9.999999999999999e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00118194  normal  0.0268185 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  72.26 
 
 
282 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.272239 
 
 
-
 
NC_003296  RS05364  hypothetical protein  69.96 
 
 
282 aa  377  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.024551 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4581  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.82 
 
 
281 aa  371  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.993557  normal  0.56488 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4447  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.82 
 
 
281 aa  371  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0155912  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.17 
 
 
272 aa  344  1e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.452944 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.69 
 
 
269 aa  328  7e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0687674  normal  0.997243 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.34 
 
 
269 aa  326  2.0000000000000001e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.223189  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0191  hypothetical protein  66.16 
 
 
311 aa  316  2e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.72 
 
 
277 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.28 
 
 
273 aa  302  5.000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2716  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.23 
 
 
278 aa  301  1e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2474  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.17 
 
 
267 aa  299  4e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5673  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.24 
 
 
277 aa  299  4e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.09 
 
 
278 aa  295  4e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.09 
 
 
278 aa  295  5e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.09 
 
 
278 aa  295  6e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3453  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.09 
 
 
278 aa  295  7e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1806  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4866  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.08 
 
 
280 aa  287  1e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.314841  normal  0.126778 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3405  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.71 
 
 
265 aa  286  2e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.3673  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1800  hypothetical protein  51.7 
 
 
280 aa  285  5e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.388037  hitchhiker  0.000742601 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3373  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.71 
 
 
266 aa  285  7e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.31 
 
 
261 aa  279  3e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.97 
 
 
268 aa  246  3e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1807  hypothetical protein  42.59 
 
 
278 aa  224  9e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0111312 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.93 
 
 
276 aa  223  3e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00512968 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.19 
 
 
271 aa  223  3e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.725302  normal  0.780103 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4856  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.58 
 
 
278 aa  223  3e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.188052  normal  0.482057 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0612  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.4 
 
 
295 aa  218  6e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.477522  normal  0.0234327 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1485  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.1 
 
 
274 aa  213  2.9999999999999995e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.1 
 
 
267 aa  206  3e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  hitchhiker  0.00605708  decreased coverage  0.00179082 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1140  hypothetical protein  42.69 
 
 
267 aa  199  5e-50  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.298631  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1797  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.75 
 
 
273 aa  199  5e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41974  normal  0.0188791 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5154  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.92 
 
 
274 aa  197  1.0000000000000001e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251711  normal  0.0433393 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2833  putative UDP-glucose 4-epimerase  44.73 
 
 
244 aa  196  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.471833  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3497  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  38.78 
 
 
275 aa  194  1e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0172625 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2417  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.98 
 
 
279 aa  194  1e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7512  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.45 
 
 
273 aa  193  3e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5694  hypothetical protein  44.54 
 
 
255 aa  189  2.9999999999999997e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.704204  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4379  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.3 
 
 
274 aa  186  4e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.601592  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.13 
 
 
261 aa  182  4.0000000000000006e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.273887  normal  0.388948 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.76 
 
 
276 aa  179  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00756202  normal  0.114208 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5445  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.15 
 
 
276 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00620195 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0483  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40 
 
 
278 aa  172  6.999999999999999e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00129402  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.29 
 
 
278 aa  162  7e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02700  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  36.33 
 
 
270 aa  161  9e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.262568  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.5 
 
 
272 aa  157  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.662077  normal  0.637306 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2093  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.29 
 
 
277 aa  150  2e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000357423 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36890  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  37.3 
 
 
273 aa  149  6e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.578301 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3523  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.46 
 
 
277 aa  138  1e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.479563  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2002  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.19 
 
 
560 aa  135  9e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0576  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.92 
 
 
255 aa  128  1.0000000000000001e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19740  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  36.32 
 
 
263 aa  124  1e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.193802  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2247  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.8 
 
 
247 aa  124  2e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1140  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  35.63 
 
 
252 aa  123  3e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.06 
 
 
249 aa  122  4e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.25 
 
 
257 aa  122  6e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.759613  decreased coverage  0.00160839 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0125  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.07 
 
 
249 aa  122  6e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.826722 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.17 
 
 
252 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.13414  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1729  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.69 
 
 
290 aa  112  5e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.47 
 
 
298 aa  112  7.000000000000001e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.603916 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.22 
 
 
278 aa  108  7.000000000000001e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00691112  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.69 
 
 
299 aa  100  3e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.34 
 
 
303 aa  96.3  5e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.63 
 
 
256 aa  94  2e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.243124  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.34 
 
 
256 aa  91.7  1e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4212  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.89 
 
 
283 aa  90.9  2e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.37 
 
 
309 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0833  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.68 
 
 
302 aa  75.5  0.0000000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0308  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.61 
 
 
283 aa  74.7  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0393697  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.37 
 
 
310 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.32 
 
 
375 aa  72.8  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.688935  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.37 
 
 
310 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.37 
 
 
310 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.37 
 
 
310 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.23 
 
 
306 aa  72  0.000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.99 
 
 
302 aa  70.9  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0195727  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.96 
 
 
312 aa  71.2  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2607  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.48 
 
 
283 aa  71.2  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00262717  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.64 
 
 
309 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.6 
 
 
314 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.64 
 
 
309 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.53 
 
 
308 aa  68.9  0.00000000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1182  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  31.53 
 
 
337 aa  68.2  0.0000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.139241  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4674  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.94 
 
 
323 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.42 
 
 
303 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.141265  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.64 
 
 
301 aa  68.6  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.73675  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0799  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.78 
 
 
328 aa  67  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02194  putative oxidoreductase protein  28.03 
 
 
305 aa  66.6  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.415405  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.02 
 
 
292 aa  66.6  0.0000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3296  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.95 
 
 
332 aa  66.6  0.0000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0222371  normal  0.147451 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>