More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_0612 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_0612  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
295 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.477522  normal  0.0234327 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.61 
 
 
271 aa  338  7e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.725302  normal  0.780103 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1807  hypothetical protein  59.33 
 
 
278 aa  324  1e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0111312 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4856  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.54 
 
 
278 aa  324  1e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.188052  normal  0.482057 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.4 
 
 
275 aa  218  7e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05364  hypothetical protein  44.57 
 
 
282 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.024551 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.4 
 
 
279 aa  212  4.9999999999999996e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00118194  normal  0.0268185 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5673  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.19 
 
 
277 aa  209  5e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1053  hypothetical protein  40.62 
 
 
275 aa  208  7e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4581  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.96 
 
 
281 aa  208  7e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.993557  normal  0.56488 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4447  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.96 
 
 
281 aa  208  7e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0155912  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.02 
 
 
272 aa  206  3e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.452944 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1726  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.41 
 
 
277 aa  204  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000145035  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1205  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40 
 
 
268 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.02 
 
 
277 aa  203  4e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.08 
 
 
274 aa  200  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.212771 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3453  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.63 
 
 
278 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1806  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.19 
 
 
273 aa  200  3e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.85 
 
 
268 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.148832  normal  0.242571 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0902  hypothetical protein  38.67 
 
 
275 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.16717  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.63 
 
 
278 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.7 
 
 
278 aa  198  7e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.44 
 
 
269 aa  198  7e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.223189  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3497  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  41.96 
 
 
275 aa  198  9e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0172625 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2716  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.47 
 
 
278 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.31 
 
 
278 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2474  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.47 
 
 
267 aa  197  3e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4240  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.46 
 
 
268 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.85 
 
 
268 aa  195  7e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.132955  normal  0.0662114 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41 
 
 
269 aa  195  8.000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0687674  normal  0.997243 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.51 
 
 
276 aa  191  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00512968 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4866  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.69 
 
 
280 aa  189  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.314841  normal  0.126778 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1800  hypothetical protein  38.67 
 
 
280 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.388037  hitchhiker  0.000742601 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.09 
 
 
282 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.272239 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0191  hypothetical protein  49.24 
 
 
311 aa  185  6e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3373  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40 
 
 
266 aa  185  8e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.47 
 
 
268 aa  181  9.000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3405  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.45 
 
 
265 aa  181  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.3673  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1797  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.44 
 
 
273 aa  180  2.9999999999999997e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41974  normal  0.0188791 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.38 
 
 
267 aa  175  9e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  hitchhiker  0.00605708  decreased coverage  0.00179082 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1485  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.96 
 
 
274 aa  175  9e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2833  putative UDP-glucose 4-epimerase  38.43 
 
 
244 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.471833  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4379  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.07 
 
 
274 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.601592  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.63 
 
 
261 aa  172  7.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1140  hypothetical protein  42.24 
 
 
267 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.298631  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2417  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.04 
 
 
279 aa  165  9e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02700  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  38.75 
 
 
270 aa  163  4.0000000000000004e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.262568  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.93 
 
 
261 aa  160  2e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.273887  normal  0.388948 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5694  hypothetical protein  39.22 
 
 
255 aa  160  3e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.704204  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5445  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.64 
 
 
276 aa  155  9e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00620195 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.88 
 
 
276 aa  153  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00756202  normal  0.114208 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.14 
 
 
278 aa  149  4e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7512  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.12 
 
 
273 aa  147  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3523  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.2 
 
 
277 aa  146  4.0000000000000006e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.479563  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1140  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  39.38 
 
 
252 aa  145  6e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36890  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  39.51 
 
 
273 aa  144  1e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.578301 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5154  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.27 
 
 
274 aa  139  4.999999999999999e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251711  normal  0.0433393 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0483  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.94 
 
 
278 aa  137  2e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00129402  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2093  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.4 
 
 
277 aa  134  9.999999999999999e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000357423 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.09 
 
 
272 aa  126  4.0000000000000003e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.662077  normal  0.637306 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2002  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.62 
 
 
560 aa  126  5e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2247  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.93 
 
 
247 aa  113  4.0000000000000004e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19740  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  34.33 
 
 
263 aa  103  5e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.193802  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.52 
 
 
256 aa  102  1e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.243124  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.17 
 
 
249 aa  100  4e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.63 
 
 
298 aa  99.4  6e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.603916 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.71 
 
 
252 aa  98.2  1e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.13414  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.2 
 
 
257 aa  98.2  1e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.759613  decreased coverage  0.00160839 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0576  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.33 
 
 
255 aa  97.8  2e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.94 
 
 
256 aa  95.5  9e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1729  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.15 
 
 
290 aa  95.1  1e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.19 
 
 
303 aa  83.6  0.000000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
299 aa  78.6  0.0000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.38 
 
 
278 aa  75.9  0.0000000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00691112  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0125  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.31 
 
 
249 aa  75.9  0.0000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.826722 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.5 
 
 
313 aa  75.1  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
312 aa  74.3  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.09 
 
 
314 aa  74.7  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.47 
 
 
308 aa  73.9  0.000000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.41 
 
 
313 aa  70.5  0.00000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1446  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.52 
 
 
311 aa  69.3  0.00000000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  hitchhiker  0.000127468 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.72 
 
 
315 aa  69.3  0.00000000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.113189  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.12 
 
 
322 aa  68.9  0.00000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.51 
 
 
333 aa  68.6  0.0000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5633  putative sugar-nucleotide epimerase/dehydratase  24.75 
 
 
312 aa  67.8  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4212  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.73 
 
 
283 aa  67  0.0000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1958  putative NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.3 
 
 
880 aa  67.4  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0262576  hitchhiker  0.00141398 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1942  UDP-glucose 4-epimerase  27.98 
 
 
302 aa  66.2  0.0000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
310 aa  65.5  0.0000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0732  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.95 
 
 
315 aa  65.5  0.000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0341517  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.49 
 
 
309 aa  65.1  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2392  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.81 
 
 
316 aa  65.5  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325743  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  28.49 
 
 
312 aa  64.3  0.000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0149  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.75 
 
 
313 aa  65.1  0.000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0785  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.61 
 
 
300 aa  64.3  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0581323  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.59 
 
 
329 aa  64.3  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3365  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.32 
 
 
335 aa  63.5  0.000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.38 
 
 
302 aa  63.2  0.000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0195727  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0412  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.57 
 
 
319 aa  63.2  0.000000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.74 
 
 
308 aa  62.8  0.000000007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0575797  normal  0.628375 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>