More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1958 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1958  putative NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
880 aa  1810    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0262576  hitchhiker  0.00141398 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1956  putative NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.98 
 
 
320 aa  102  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.000864089  hitchhiker  0.00126231 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.97 
 
 
370 aa  99  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.89 
 
 
309 aa  99  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.97 
 
 
370 aa  97.4  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.826654 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.53 
 
 
310 aa  95.1  5e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.65 
 
 
353 aa  94.7  6e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.67 
 
 
310 aa  94.7  7e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.49 
 
 
501 aa  94.4  8e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.770644  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  32.6 
 
 
309 aa  94  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.04 
 
 
309 aa  94  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.49 
 
 
312 aa  93.6  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1181  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.85 
 
 
310 aa  93.2  2e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.236062 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.1 
 
 
310 aa  92.8  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.91 
 
 
310 aa  92  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
313 aa  92  5e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.06 
 
 
312 aa  91.3  8e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.41 
 
 
373 aa  90.9  1e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1446  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.58 
 
 
311 aa  90.1  1e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  hitchhiker  0.000127468 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0149  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.3 
 
 
313 aa  90.5  1e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0230  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.86 
 
 
304 aa  89.7  2e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0624037  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.72 
 
 
313 aa  89.4  3e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.120479  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
302 aa  89.4  3e-16  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2799  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.79 
 
 
336 aa  89  3e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0141685  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2769  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.93 
 
 
318 aa  88.6  5e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.71 
 
 
368 aa  88.2  6e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0828492  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.19 
 
 
309 aa  88.2  6e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
314 aa  87.8  7e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6347  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.31 
 
 
330 aa  87.8  9e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.378586  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.74 
 
 
372 aa  87.4  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.718161  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02852  conserved hypothetical protein  31.82 
 
 
304 aa  86.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000137618  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02802  hypothetical protein  31.82 
 
 
304 aa  86.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000121739  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.82 
 
 
304 aa  86.7  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.74 
 
 
372 aa  86.3  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.81 
 
 
309 aa  85.9  0.000000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.8 
 
 
313 aa  85.5  0.000000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.14 
 
 
310 aa  85.5  0.000000000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.211774  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0511  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.7 
 
 
388 aa  85.1  0.000000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.791984  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.9 
 
 
322 aa  84.7  0.000000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.56 
 
 
325 aa  84.7  0.000000000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.14 
 
 
312 aa  84.3  0.000000000000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.72 
 
 
313 aa  84.3  0.000000000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000549333 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1984  UDP-glucose 4-epimerase  29.88 
 
 
318 aa  84  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.48 
 
 
303 aa  84  0.00000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1060  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.84 
 
 
372 aa  83.6  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.4 
 
 
331 aa  84  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0648845  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2514  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.48 
 
 
316 aa  83.6  0.00000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.577574  normal  0.786667 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1942  UDP-glucose 4-epimerase  27.1 
 
 
302 aa  84  0.00000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3443  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  30.91 
 
 
304 aa  83.6  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1225  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.8 
 
 
304 aa  83.6  0.00000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.73 
 
 
309 aa  83.6  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0036  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.9 
 
 
316 aa  83.2  0.00000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0174817 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.21 
 
 
328 aa  82.8  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23450  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  29.05 
 
 
317 aa  83.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000292756  hitchhiker  0.00536132 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.72 
 
 
328 aa  83.2  0.00000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3261  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  31.36 
 
 
304 aa  82.4  0.00000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.58 
 
 
296 aa  82.8  0.00000000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3228  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.53 
 
 
316 aa  82  0.00000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.4 
 
 
340 aa  82.4  0.00000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.96 
 
 
343 aa  82  0.00000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.213871 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.48 
 
 
292 aa  82.4  0.00000000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.25 
 
 
306 aa  82  0.00000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.8 
 
 
314 aa  81.3  0.00000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.48 
 
 
292 aa  81.3  0.00000000000008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11260  putative epimerase  36.51 
 
 
309 aa  80.9  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
315 aa  80.9  0.00000000000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3156  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  30.45 
 
 
304 aa  80.9  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.19 
 
 
312 aa  80.5  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1335  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.25 
 
 
338 aa  79.7  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0357756 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0224  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.6 
 
 
327 aa  80.1  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.410647 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.42 
 
 
311 aa  79.7  0.0000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1504  NAD dependent protein  27 
 
 
328 aa  79  0.0000000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00132125 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.82 
 
 
349 aa  79.3  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.24 
 
 
308 aa  79.3  0.0000000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.56373  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.06 
 
 
327 aa  79.3  0.0000000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1984  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.07 
 
 
317 aa  79.3  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.764783 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.97 
 
 
308 aa  79  0.0000000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.35 
 
 
311 aa  79  0.0000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0121716  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2588  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
321 aa  79  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6834  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.29 
 
 
310 aa  79  0.0000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6728  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.42 
 
 
379 aa  79  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1271  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.2 
 
 
370 aa  78.6  0.0000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.247545 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0206  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.72 
 
 
352 aa  78.6  0.0000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0155  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.6 
 
 
310 aa  78.6  0.0000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.609306  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.33 
 
 
368 aa  78.6  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.118654 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.45 
 
 
510 aa  78.6  0.0000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0579282  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1641  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.85 
 
 
318 aa  78.2  0.0000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.71 
 
 
320 aa  78.2  0.0000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.974335  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0734  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.44 
 
 
335 aa  78.2  0.0000000000007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.290638  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3265  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.21 
 
 
372 aa  78.2  0.0000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.791109 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6288  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.64 
 
 
342 aa  78.2  0.0000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.56 
 
 
311 aa  77.8  0.0000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2538  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.44 
 
 
373 aa  77.4  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000014544 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1122  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.31 
 
 
319 aa  77  0.000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1033  putative epimerase  36.51 
 
 
309 aa  77.4  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.76 
 
 
377 aa  77  0.000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0520  NAD-dependent dehydratase/epimerase  27.67 
 
 
368 aa  77  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0358  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.58 
 
 
341 aa  76.6  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
331 aa  76.6  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.633416 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0447  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.03 
 
 
316 aa  76.6  0.000000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00302715  hitchhiker  0.000000109049 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>