More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_1485 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_1485  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
274 aa  547  1e-155  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.68 
 
 
267 aa  350  1e-95  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  hitchhiker  0.00605708  decreased coverage  0.00179082 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1140  hypothetical protein  60.45 
 
 
267 aa  309  2.9999999999999997e-83  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.298631  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.68 
 
 
278 aa  272  4.0000000000000004e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4379  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.14 
 
 
274 aa  251  7e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.601592  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.92 
 
 
272 aa  248  6e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.662077  normal  0.637306 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2417  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.76 
 
 
279 aa  231  9e-60  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2093  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.66 
 
 
277 aa  230  2e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000357423 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7512  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.81 
 
 
273 aa  229  4e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1053  hypothetical protein  48.65 
 
 
275 aa  226  4e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0483  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.08 
 
 
278 aa  221  9.999999999999999e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00129402  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0902  hypothetical protein  47.53 
 
 
275 aa  218  6e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.16717  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.45 
 
 
261 aa  218  8.999999999999998e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.273887  normal  0.388948 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4447  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.74 
 
 
281 aa  215  5.9999999999999996e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0155912  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4581  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.74 
 
 
281 aa  215  5.9999999999999996e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.993557  normal  0.56488 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2474  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.27 
 
 
267 aa  214  9.999999999999999e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05364  hypothetical protein  47.51 
 
 
282 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.024551 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.74 
 
 
272 aa  213  2.9999999999999995e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.452944 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.1 
 
 
275 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5154  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.22 
 
 
274 aa  213  3.9999999999999995e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251711  normal  0.0433393 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1205  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.31 
 
 
268 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1726  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.13 
 
 
277 aa  211  1e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000145035  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.51 
 
 
268 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.132955  normal  0.0662114 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.51 
 
 
269 aa  209  5e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0687674  normal  0.997243 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.7 
 
 
279 aa  208  6e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00118194  normal  0.0268185 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.74 
 
 
268 aa  208  8e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.148832  normal  0.242571 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.33 
 
 
274 aa  208  9e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.212771 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3405  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.79 
 
 
265 aa  207  1e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.3673  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4240  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.12 
 
 
268 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.74 
 
 
269 aa  206  4e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.223189  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.5 
 
 
268 aa  202  4e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.8 
 
 
273 aa  202  4e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.32 
 
 
271 aa  199  3e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.725302  normal  0.780103 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.07 
 
 
282 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.272239 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36890  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  46.69 
 
 
273 aa  192  4e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.578301 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4856  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.67 
 
 
278 aa  192  5e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.188052  normal  0.482057 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1797  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.61 
 
 
273 aa  192  7e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41974  normal  0.0188791 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3523  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.91 
 
 
277 aa  189  5.999999999999999e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.479563  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.4 
 
 
261 aa  187  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2833  putative UDP-glucose 4-epimerase  43.86 
 
 
244 aa  186  5e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.471833  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1807  hypothetical protein  40.15 
 
 
278 aa  185  6e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0111312 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3373  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.7 
 
 
266 aa  183  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.08 
 
 
277 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5673  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.31 
 
 
277 aa  177  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.31 
 
 
278 aa  176  5e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0612  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.96 
 
 
295 aa  175  8e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.477522  normal  0.0234327 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.93 
 
 
278 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2716  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.54 
 
 
278 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4866  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.08 
 
 
280 aa  169  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.314841  normal  0.126778 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1800  hypothetical protein  41.54 
 
 
280 aa  169  5e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.388037  hitchhiker  0.000742601 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3453  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.15 
 
 
278 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1806  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.15 
 
 
278 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5694  hypothetical protein  41.88 
 
 
255 aa  166  2.9999999999999998e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.704204  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0191  hypothetical protein  42.47 
 
 
311 aa  166  5e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3497  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  39.54 
 
 
275 aa  166  5e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0172625 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02700  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  43.57 
 
 
270 aa  164  2.0000000000000002e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.262568  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.8 
 
 
276 aa  156  4e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00512968 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.73 
 
 
249 aa  151  8.999999999999999e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1140  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  41.26 
 
 
252 aa  149  6e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2247  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.13 
 
 
247 aa  148  8e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.09 
 
 
298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.603916 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5445  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.69 
 
 
276 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00620195 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2002  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.83 
 
 
560 aa  139  7e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.91 
 
 
276 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00756202  normal  0.114208 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0576  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.13 
 
 
255 aa  136  4e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19740  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  41.35 
 
 
263 aa  132  7.999999999999999e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.193802  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
278 aa  124  2e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00691112  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4212  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
283 aa  116  3e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1729  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.17 
 
 
290 aa  112  7.000000000000001e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.98 
 
 
256 aa  112  8.000000000000001e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.243124  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.89 
 
 
299 aa  108  8.000000000000001e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.93 
 
 
252 aa  106  4e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.13414  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.92 
 
 
257 aa  105  1e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.759613  decreased coverage  0.00160839 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.73 
 
 
256 aa  104  2e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0125  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.02 
 
 
249 aa  103  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.826722 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2607  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.58 
 
 
283 aa  103  4e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00262717  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.19 
 
 
304 aa  90.9  2e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.51 
 
 
303 aa  87.8  2e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0833  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.87 
 
 
302 aa  87  3e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.45 
 
 
315 aa  82.4  0.000000000000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.113189  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.56 
 
 
313 aa  82.4  0.000000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.09 
 
 
312 aa  82  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.93 
 
 
308 aa  82  0.00000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.29 
 
 
313 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0380  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.34 
 
 
312 aa  80.1  0.00000000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.73 
 
 
298 aa  79.3  0.00000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1211  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.54 
 
 
347 aa  79  0.00000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0149  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.28 
 
 
313 aa  77.4  0.0000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.3 
 
 
292 aa  76.6  0.0000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.2 
 
 
251 aa  76.6  0.0000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.623971  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.89 
 
 
314 aa  76.6  0.0000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0668  UDP-glucose 4-epimerase  36.53 
 
 
319 aa  76.3  0.0000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0718222 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35 
 
 
322 aa  75.9  0.0000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.21 
 
 
308 aa  75.9  0.0000000000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.497032 
 
 
-
 
NC_003296  RS02194  putative oxidoreductase protein  32.3 
 
 
305 aa  75.1  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.415405  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.62 
 
 
309 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0892  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.82 
 
 
324 aa  74.3  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  32.89 
 
 
309 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.22 
 
 
303 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.141265  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3686  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  31.46 
 
 
307 aa  73.6  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.38956  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>