More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_36890 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_36890  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  100 
 
 
273 aa  545  1e-154  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.578301 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.91 
 
 
261 aa  242  5e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.273887  normal  0.388948 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4379  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.83 
 
 
274 aa  237  1e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.601592  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1140  hypothetical protein  51.17 
 
 
267 aa  214  9.999999999999999e-55  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.298631  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.48 
 
 
267 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  hitchhiker  0.00605708  decreased coverage  0.00179082 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7512  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48 
 
 
273 aa  207  1e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0483  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.16 
 
 
278 aa  206  2e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00129402  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2093  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.47 
 
 
277 aa  199  3e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000357423 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5154  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.72 
 
 
274 aa  198  9e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251711  normal  0.0433393 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1485  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.69 
 
 
274 aa  192  4e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.57 
 
 
272 aa  180  2e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.662077  normal  0.637306 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2417  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.35 
 
 
279 aa  179  4e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.87 
 
 
278 aa  179  4.999999999999999e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02700  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  50.74 
 
 
270 aa  177  1e-43  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.262568  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3523  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.37 
 
 
277 aa  173  2.9999999999999996e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.479563  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.74 
 
 
261 aa  172  6.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4856  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.76 
 
 
278 aa  169  5e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.188052  normal  0.482057 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1807  hypothetical protein  38.58 
 
 
278 aa  168  8e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0111312 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1797  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.57 
 
 
273 aa  165  6.9999999999999995e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41974  normal  0.0188791 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2833  putative UDP-glucose 4-epimerase  46.84 
 
 
244 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.471833  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.6 
 
 
271 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.725302  normal  0.780103 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.55 
 
 
268 aa  161  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.11 
 
 
282 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.272239 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.22 
 
 
272 aa  159  4e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.452944 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0902  hypothetical protein  36.8 
 
 
275 aa  156  3e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.16717  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.68 
 
 
273 aa  155  5.0000000000000005e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4581  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.36 
 
 
281 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.993557  normal  0.56488 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4447  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.36 
 
 
281 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0155912  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.36 
 
 
278 aa  152  5e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.46 
 
 
269 aa  152  5.9999999999999996e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0687674  normal  0.997243 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37 
 
 
278 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.55 
 
 
279 aa  152  5.9999999999999996e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00118194  normal  0.0268185 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.13 
 
 
277 aa  150  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05364  hypothetical protein  39.67 
 
 
282 aa  150  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.024551 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1053  hypothetical protein  35.91 
 
 
275 aa  149  3e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4240  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.06 
 
 
268 aa  149  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.65 
 
 
268 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.148832  normal  0.242571 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1205  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.26 
 
 
268 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.3 
 
 
275 aa  149  6e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2716  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.27 
 
 
278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4866  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.46 
 
 
280 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.314841  normal  0.126778 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5673  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.84 
 
 
277 aa  146  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2474  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.55 
 
 
267 aa  146  3e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1726  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.6 
 
 
277 aa  147  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000145035  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.84 
 
 
268 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.132955  normal  0.0662114 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1800  hypothetical protein  37.45 
 
 
280 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.388037  hitchhiker  0.000742601 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3405  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.2 
 
 
265 aa  144  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.3673  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0612  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.51 
 
 
295 aa  144  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.477522  normal  0.0234327 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40 
 
 
278 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.22 
 
 
274 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.212771 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3453  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.38 
 
 
278 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1806  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5694  hypothetical protein  40.43 
 
 
255 aa  143  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.704204  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.76 
 
 
249 aa  143  4e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2002  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.15 
 
 
560 aa  142  9e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.17 
 
 
269 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.223189  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0191  hypothetical protein  43.35 
 
 
311 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.45 
 
 
276 aa  138  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00512968 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.93 
 
 
276 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00756202  normal  0.114208 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3373  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.12 
 
 
266 aa  137  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2247  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.13 
 
 
247 aa  132  7.999999999999999e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3497  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  35.63 
 
 
275 aa  130  3e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0172625 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.4 
 
 
256 aa  129  5.0000000000000004e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.243124  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5445  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.47 
 
 
276 aa  129  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00620195 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19740  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  42.05 
 
 
263 aa  127  2.0000000000000002e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.193802  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.88 
 
 
298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.603916 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1140  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  40.41 
 
 
252 aa  124  1e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1729  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.22 
 
 
290 aa  122  6e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0576  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.27 
 
 
255 aa  117  3e-25  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.7 
 
 
256 aa  114  1.0000000000000001e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0125  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.15 
 
 
249 aa  108  9.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.826722 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.75 
 
 
257 aa  107  3e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.759613  decreased coverage  0.00160839 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.91 
 
 
278 aa  103  2e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00691112  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.77 
 
 
299 aa  102  5e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2607  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.78 
 
 
283 aa  99.8  4e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00262717  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4212  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.48 
 
 
283 aa  94.4  2e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.73 
 
 
252 aa  94  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.13414  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.16 
 
 
313 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0564  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.55 
 
 
347 aa  76.3  0.0000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.2 
 
 
310 aa  72.4  0.000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.97 
 
 
324 aa  72.4  0.000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0974176  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.16 
 
 
313 aa  71.2  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.97 
 
 
333 aa  70.5  0.00000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.29 
 
 
308 aa  69.7  0.00000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.76 
 
 
312 aa  69.3  0.00000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0732  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
315 aa  68.6  0.0000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0341517  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.1 
 
 
314 aa  68.2  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.97 
 
 
315 aa  67  0.0000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.113189  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0867  UDP-galactose 4-epimerase  34.62 
 
 
329 aa  67  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.640943  normal  0.227397 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0634  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.92 
 
 
346 aa  66.2  0.0000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.133207  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.52 
 
 
310 aa  65.9  0.0000000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.211774  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.86 
 
 
303 aa  65.9  0.0000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
310 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
310 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3503  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.43 
 
 
305 aa  65.5  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.284627  normal  0.304457 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  33.16 
 
 
292 aa  65.5  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0386501 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0795  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  31.49 
 
 
344 aa  65.1  0.000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0690  NAD dependent epimerase/dehydratase family  31.49 
 
 
345 aa  65.1  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.595947  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.09 
 
 
309 aa  65.1  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.95 
 
 
309 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4306  UDP-glucose 4-epimerase  30.9 
 
 
324 aa  64.7  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0064009  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>