More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1726 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1726  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
277 aa  573  1.0000000000000001e-162  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000145035  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  78.87 
 
 
275 aa  442  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  77.09 
 
 
274 aa  437  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.212771 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1053  hypothetical protein  74.18 
 
 
275 aa  425  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  76.72 
 
 
279 aa  423  1e-117  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00118194  normal  0.0268185 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0902  hypothetical protein  73.09 
 
 
275 aa  420  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.16717  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  71.97 
 
 
268 aa  407  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.132955  normal  0.0662114 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  72.35 
 
 
268 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.148832  normal  0.242571 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4240  NAD-dependent epimerase/dehydratase  71.21 
 
 
268 aa  401  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1205  NAD-dependent epimerase/dehydratase  71.21 
 
 
268 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.92 
 
 
282 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.272239 
 
 
-
 
NC_003296  RS05364  hypothetical protein  65.37 
 
 
282 aa  374  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.024551 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4581  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.67 
 
 
281 aa  372  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.993557  normal  0.56488 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4447  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.67 
 
 
281 aa  372  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0155912  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.8 
 
 
272 aa  337  9.999999999999999e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.452944 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.13 
 
 
269 aa  315  7e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.223189  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.22 
 
 
269 aa  313  2.9999999999999996e-84  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0687674  normal  0.997243 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2474  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.89 
 
 
267 aa  301  8.000000000000001e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0191  hypothetical protein  63.3 
 
 
311 aa  301  9e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5673  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.79 
 
 
277 aa  297  1e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.94 
 
 
273 aa  296  3e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1800  hypothetical protein  54.41 
 
 
280 aa  295  4e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.388037  hitchhiker  0.000742601 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4866  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.1 
 
 
280 aa  293  2e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.314841  normal  0.126778 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.74 
 
 
277 aa  293  2e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.92 
 
 
278 aa  287  1e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.92 
 
 
278 aa  287  2e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3453  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.65 
 
 
278 aa  286  2e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1806  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.65 
 
 
278 aa  286  2e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2716  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.92 
 
 
278 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3373  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.65 
 
 
266 aa  284  1.0000000000000001e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3405  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.69 
 
 
265 aa  282  3.0000000000000004e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.3673  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.1 
 
 
261 aa  276  2e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.57 
 
 
268 aa  253  3e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.19 
 
 
276 aa  218  7e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00512968 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.97 
 
 
271 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.725302  normal  0.780103 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1485  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.13 
 
 
274 aa  211  1e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4856  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.46 
 
 
278 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.188052  normal  0.482057 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1807  hypothetical protein  42.91 
 
 
278 aa  207  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0111312 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2417  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.17 
 
 
279 aa  206  3e-52  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7512  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.59 
 
 
273 aa  203  2e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0612  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.41 
 
 
295 aa  204  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.477522  normal  0.0234327 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5154  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.44 
 
 
274 aa  204  2e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251711  normal  0.0433393 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1797  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.59 
 
 
273 aa  201  9e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41974  normal  0.0188791 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1140  hypothetical protein  43.46 
 
 
267 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.298631  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.38 
 
 
267 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  hitchhiker  0.00605708  decreased coverage  0.00179082 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2833  putative UDP-glucose 4-epimerase  45.33 
 
 
244 aa  194  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.471833  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3497  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  39.16 
 
 
275 aa  185  9e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0172625 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.89 
 
 
261 aa  182  6e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.273887  normal  0.388948 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5694  hypothetical protein  41.74 
 
 
255 aa  181  1e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.704204  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4379  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.91 
 
 
274 aa  181  1e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.601592  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.92 
 
 
276 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00756202  normal  0.114208 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5445  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.85 
 
 
276 aa  175  6e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00620195 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0483  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.49 
 
 
278 aa  160  2e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00129402  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.26 
 
 
272 aa  157  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.662077  normal  0.637306 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.69 
 
 
278 aa  156  3e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02700  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  36.67 
 
 
270 aa  154  1e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.262568  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2093  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.84 
 
 
277 aa  154  1e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000357423 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36890  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  37.6 
 
 
273 aa  147  3e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.578301 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2002  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.18 
 
 
560 aa  136  4e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1140  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  38.28 
 
 
252 aa  132  6e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3523  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.47 
 
 
277 aa  127  3e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.479563  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0125  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.31 
 
 
249 aa  125  6e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.826722 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19740  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  35.29 
 
 
263 aa  123  3e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.193802  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0576  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.37 
 
 
255 aa  122  5e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1729  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.73 
 
 
290 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2247  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.74 
 
 
247 aa  117  9.999999999999999e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.79 
 
 
252 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.13414  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.26 
 
 
249 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.22 
 
 
278 aa  116  3.9999999999999997e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00691112  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.22 
 
 
257 aa  113  3e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.759613  decreased coverage  0.00160839 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.29 
 
 
299 aa  109  4.0000000000000004e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.7 
 
 
298 aa  107  1e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.603916 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4212  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.14 
 
 
283 aa  103  3e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.18 
 
 
256 aa  98.2  1e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.243124  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.4 
 
 
303 aa  96.3  5e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0833  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
302 aa  84.3  0.000000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.46 
 
 
256 aa  84  0.000000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.53 
 
 
309 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2607  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.34 
 
 
283 aa  80.1  0.00000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00262717  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.68 
 
 
310 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.16 
 
 
310 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.16 
 
 
310 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.16 
 
 
310 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.09 
 
 
312 aa  77  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4059  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.76 
 
 
331 aa  74.3  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.1 
 
 
314 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.9 
 
 
375 aa  73.6  0.000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.688935  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  31.79 
 
 
309 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.79 
 
 
309 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.75 
 
 
302 aa  73.6  0.000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0195727  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0308  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35 
 
 
283 aa  73.2  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0393697  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.61 
 
 
328 aa  71.2  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.29 
 
 
306 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1181  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.94 
 
 
310 aa  70.5  0.00000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.236062 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.51 
 
 
279 aa  70.5  0.00000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.18 
 
 
316 aa  69.7  0.00000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.44 
 
 
308 aa  69.3  0.00000000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0914  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.77 
 
 
295 aa  68.9  0.00000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0478634 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32 
 
 
327 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.74 
 
 
290 aa  68.6  0.0000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.811922  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>