More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS05364 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS05364  hypothetical protein  100 
 
 
282 aa  576  1.0000000000000001e-163  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.024551 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4581  NAD-dependent epimerase/dehydratase  84.56 
 
 
281 aa  489  1e-137  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.993557  normal  0.56488 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4447  NAD-dependent epimerase/dehydratase  84.56 
 
 
281 aa  489  1e-137  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0155912  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.96 
 
 
279 aa  378  1e-104  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00118194  normal  0.0268185 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.96 
 
 
275 aa  377  1e-103  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.7 
 
 
268 aa  371  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.132955  normal  0.0662114 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0191  hypothetical protein  71.43 
 
 
311 aa  371  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1726  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.37 
 
 
277 aa  374  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000145035  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4240  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.7 
 
 
268 aa  371  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.67 
 
 
274 aa  368  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.212771 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1205  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.32 
 
 
268 aa  368  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.94 
 
 
268 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.148832  normal  0.242571 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1053  hypothetical protein  65.41 
 
 
275 aa  363  2e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0902  hypothetical protein  65.79 
 
 
275 aa  359  2e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.16717  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.5 
 
 
282 aa  344  1e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.272239 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.74 
 
 
272 aa  340  2e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.452944 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.5 
 
 
269 aa  310  2e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.223189  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.83 
 
 
269 aa  309  4e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0687674  normal  0.997243 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.15 
 
 
273 aa  298  7e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2474  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.37 
 
 
267 aa  296  3e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5673  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.92 
 
 
277 aa  295  6e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.62 
 
 
277 aa  293  1e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.46 
 
 
278 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.08 
 
 
278 aa  286  2e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3453  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.46 
 
 
278 aa  286  2e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1806  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.08 
 
 
278 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2716  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.08 
 
 
278 aa  285  5e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4866  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.38 
 
 
280 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.314841  normal  0.126778 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3405  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.51 
 
 
265 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.3673  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1800  hypothetical protein  55 
 
 
280 aa  281  9e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.388037  hitchhiker  0.000742601 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.75 
 
 
261 aa  267  2e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3373  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.12 
 
 
266 aa  265  8.999999999999999e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.94 
 
 
268 aa  246  3e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2417  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.71 
 
 
279 aa  226  2e-58  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.95 
 
 
271 aa  225  6e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.725302  normal  0.780103 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4856  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.09 
 
 
278 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.188052  normal  0.482057 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1807  hypothetical protein  44.61 
 
 
278 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0111312 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5154  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.27 
 
 
274 aa  216  2.9999999999999998e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251711  normal  0.0433393 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0612  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.57 
 
 
295 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.477522  normal  0.0234327 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1485  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.51 
 
 
274 aa  214  1.9999999999999998e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2833  putative UDP-glucose 4-epimerase  50.21 
 
 
244 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.471833  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.08 
 
 
267 aa  208  8e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  hitchhiker  0.00605708  decreased coverage  0.00179082 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7512  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.15 
 
 
273 aa  207  2e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.57 
 
 
276 aa  206  3e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00512968 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1797  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.05 
 
 
273 aa  206  5e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41974  normal  0.0188791 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1140  hypothetical protein  43.8 
 
 
267 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.298631  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4379  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.3 
 
 
274 aa  191  1e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.601592  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.31 
 
 
261 aa  191  2e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.273887  normal  0.388948 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5694  hypothetical protein  43.61 
 
 
255 aa  188  8e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.704204  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3497  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  40.61 
 
 
275 aa  186  4e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0172625 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.45 
 
 
276 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00756202  normal  0.114208 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5445  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.45 
 
 
276 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00620195 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.98 
 
 
278 aa  166  4e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02700  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  38.28 
 
 
270 aa  163  3e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.262568  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.78 
 
 
272 aa  163  3e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.662077  normal  0.637306 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36890  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  39.67 
 
 
273 aa  150  3e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.578301 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0483  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.17 
 
 
278 aa  144  1e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00129402  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3523  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.4 
 
 
277 aa  144  1e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.479563  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2002  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.83 
 
 
560 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2093  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
277 aa  138  1e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000357423 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1140  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  38.22 
 
 
252 aa  132  7.999999999999999e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1729  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.04 
 
 
290 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19740  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  37.87 
 
 
263 aa  120  3e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.193802  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.57 
 
 
298 aa  119  3.9999999999999996e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.603916 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2247  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.3 
 
 
247 aa  119  3.9999999999999996e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.84 
 
 
249 aa  119  6e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0576  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.39 
 
 
255 aa  119  7e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.48 
 
 
257 aa  113  4.0000000000000004e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.759613  decreased coverage  0.00160839 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0125  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30 
 
 
249 aa  105  8e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.826722 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.01 
 
 
278 aa  104  2e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00691112  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.33 
 
 
252 aa  102  8e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.13414  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
256 aa  100  2e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.243124  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.64 
 
 
299 aa  98.6  1e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4212  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.69 
 
 
283 aa  89.7  5e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.5 
 
 
256 aa  88.2  1e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.54 
 
 
303 aa  85.9  8e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.44 
 
 
308 aa  78.2  0.0000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.77 
 
 
314 aa  75.5  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.1 
 
 
375 aa  74.3  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.688935  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2607  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.7 
 
 
283 aa  73.9  0.000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00262717  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.22 
 
 
310 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.22 
 
 
310 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.22 
 
 
310 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.28 
 
 
309 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0833  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.4 
 
 
302 aa  72.4  0.000000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.35 
 
 
302 aa  72.4  0.000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0195727  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0308  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.29 
 
 
283 aa  72  0.000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0393697  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.22 
 
 
310 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.84 
 
 
313 aa  70.9  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.52 
 
 
303 aa  70.5  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.141265  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.71 
 
 
312 aa  70.1  0.00000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.17 
 
 
309 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.79 
 
 
328 aa  68.2  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.17 
 
 
309 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.44 
 
 
327 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.04 
 
 
312 aa  68.2  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.62 
 
 
292 aa  67.4  0.0000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.13 
 
 
306 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.74 
 
 
314 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.81 
 
 
328 aa  66.6  0.0000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>