More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_5445 on replicon NC_011368
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011368  Rleg2_5445  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
276 aa  565  1e-160  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00620195 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  90.22 
 
 
276 aa  518  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00756202  normal  0.114208 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.8 
 
 
272 aa  205  7e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.452944 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2833  putative UDP-glucose 4-epimerase  46.15 
 
 
244 aa  201  7e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.471833  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.97 
 
 
273 aa  199  3e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0902  hypothetical protein  40.7 
 
 
275 aa  192  4e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.16717  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1797  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.01 
 
 
273 aa  188  8e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41974  normal  0.0188791 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2474  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.23 
 
 
267 aa  187  1e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1053  hypothetical protein  39.53 
 
 
275 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.86 
 
 
279 aa  186  4e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00118194  normal  0.0268185 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.28 
 
 
268 aa  185  6e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.148832  normal  0.242571 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.37 
 
 
261 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1205  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.67 
 
 
268 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4240  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.28 
 
 
268 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.08 
 
 
282 aa  182  6e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.272239 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.89 
 
 
268 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.132955  normal  0.0662114 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4581  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.06 
 
 
281 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.993557  normal  0.56488 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3405  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.6 
 
 
265 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.3673  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4447  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.06 
 
 
281 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0155912  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05364  hypothetical protein  39.45 
 
 
282 aa  179  4e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.024551 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.15 
 
 
275 aa  177  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.45 
 
 
269 aa  176  4e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0687674  normal  0.997243 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1726  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.85 
 
 
277 aa  175  6e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000145035  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.69 
 
 
268 aa  175  7e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3373  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.26 
 
 
266 aa  175  8e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5673  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.4 
 
 
277 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.82 
 
 
269 aa  174  9.999999999999999e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.223189  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2716  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.43 
 
 
278 aa  172  5e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5694  hypothetical protein  40.32 
 
 
255 aa  172  5e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.704204  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.6 
 
 
274 aa  171  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.212771 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.37 
 
 
278 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.96 
 
 
277 aa  170  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4866  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.82 
 
 
280 aa  171  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.314841  normal  0.126778 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2417  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.55 
 
 
279 aa  171  2e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3453  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.65 
 
 
278 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1806  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.37 
 
 
278 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.65 
 
 
278 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1800  hypothetical protein  36.58 
 
 
280 aa  169  5e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.388037  hitchhiker  0.000742601 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0191  hypothetical protein  41.57 
 
 
311 aa  167  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.23 
 
 
271 aa  161  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.725302  normal  0.780103 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1807  hypothetical protein  36.69 
 
 
278 aa  157  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0111312 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3497  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  35.8 
 
 
275 aa  157  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0172625 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1140  hypothetical protein  39.85 
 
 
267 aa  155  7e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.298631  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0612  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.64 
 
 
295 aa  155  8e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.477522  normal  0.0234327 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4856  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.34 
 
 
278 aa  155  8e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.188052  normal  0.482057 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.86 
 
 
261 aa  150  2e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.273887  normal  0.388948 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0483  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.89 
 
 
278 aa  149  6e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00129402  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.74 
 
 
267 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  hitchhiker  0.00605708  decreased coverage  0.00179082 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1485  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.69 
 
 
274 aa  140  1.9999999999999998e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5154  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.55 
 
 
274 aa  140  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251711  normal  0.0433393 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4379  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.27 
 
 
274 aa  139  7e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.601592  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.72 
 
 
276 aa  137  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00512968 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7512  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.34 
 
 
273 aa  132  6.999999999999999e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2093  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.55 
 
 
277 aa  131  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000357423 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.88 
 
 
278 aa  130  2.0000000000000002e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36890  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  36.47 
 
 
273 aa  129  6e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.578301 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02700  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  35.27 
 
 
270 aa  123  3e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.262568  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.21 
 
 
272 aa  119  3.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.662077  normal  0.637306 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1140  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  36.47 
 
 
252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3523  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.88 
 
 
277 aa  117  3e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.479563  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2002  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.22 
 
 
560 aa  113  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.82 
 
 
249 aa  113  3e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19740  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  34.48 
 
 
263 aa  111  1.0000000000000001e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.193802  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2247  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.89 
 
 
247 aa  110  2.0000000000000002e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0125  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.19 
 
 
249 aa  105  6e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.826722 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0576  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.31 
 
 
255 aa  105  8e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4212  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.72 
 
 
283 aa  102  9e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1729  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.98 
 
 
290 aa  96.7  3e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.4 
 
 
298 aa  94.4  2e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.603916 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.46 
 
 
256 aa  93.2  4e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.67 
 
 
252 aa  92.8  6e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.13414  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
278 aa  90.5  3e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00691112  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.01 
 
 
256 aa  88.6  1e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.243124  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.35 
 
 
257 aa  87.4  2e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.759613  decreased coverage  0.00160839 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.49 
 
 
299 aa  85.1  0.000000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.86 
 
 
279 aa  82.8  0.000000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2607  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.91 
 
 
283 aa  79  0.00000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00262717  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0732  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.43 
 
 
315 aa  77.8  0.0000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0341517  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0380  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.8 
 
 
312 aa  75.5  0.0000000000008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.15 
 
 
302 aa  74.3  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0195727  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.76 
 
 
308 aa  73.6  0.000000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.56373  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  31.05 
 
 
292 aa  72.8  0.000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0386501 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3431  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.95 
 
 
337 aa  72.4  0.000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846703 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0590  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.21 
 
 
307 aa  70.5  0.00000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2404  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.1 
 
 
323 aa  70.5  0.00000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.672695  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0231  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.94 
 
 
318 aa  70.1  0.00000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.592131  normal  0.59425 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1611  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.93 
 
 
350 aa  70.1  0.00000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.34 
 
 
313 aa  68.6  0.0000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0794715  normal  0.286988 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1314  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.21 
 
 
307 aa  68.2  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27 
 
 
303 aa  68.2  0.0000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.35 
 
 
332 aa  67.4  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.97 
 
 
300 aa  67  0.0000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.386325 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.28 
 
 
292 aa  66.6  0.0000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0868  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.21 
 
 
326 aa  66.6  0.0000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.15 
 
 
290 aa  66.2  0.0000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000117314  hitchhiker  0.00259288 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0914  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.9 
 
 
295 aa  65.9  0.0000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0478634 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4499  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.27 
 
 
333 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.181285 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0956  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.79 
 
 
344 aa  64.7  0.000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.417373  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4131  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.27 
 
 
333 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.8814  normal  0.864818 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0186  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.93 
 
 
320 aa  65.1  0.000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>