More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_16020 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_16020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  100 
 
 
292 aa  597  1e-170  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0386501 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.42 
 
 
290 aa  366  1e-100  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000117314  hitchhiker  0.00259288 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.14 
 
 
290 aa  358  7e-98  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.811922  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0914  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.98 
 
 
295 aa  345  5e-94  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0478634 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3286  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.7 
 
 
292 aa  327  1.0000000000000001e-88  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.8 
 
 
279 aa  315  6e-85  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1230  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.55 
 
 
295 aa  254  9e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.419634 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.19 
 
 
292 aa  249  6e-65  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.71 
 
 
296 aa  224  1e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0283  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.41 
 
 
299 aa  223  4e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.285129 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1894  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.67 
 
 
302 aa  216  4e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2865  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.12 
 
 
305 aa  213  2.9999999999999995e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.125961 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.23 
 
 
301 aa  209  4e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.73675  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0785  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.55 
 
 
282 aa  209  5e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.858296  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1610  putative UDP-glucose 4-epimerase  42.28 
 
 
299 aa  202  4e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.98 
 
 
297 aa  202  5e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0103868 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1317  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.37 
 
 
297 aa  201  9e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0188901  normal  0.208154 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.71 
 
 
297 aa  201  9e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5547  UDP-glucose 4-epimerase  40.68 
 
 
297 aa  195  8.000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5668  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.33 
 
 
298 aa  192  7e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.642611  normal  0.440352 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.32 
 
 
302 aa  181  1e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0195727  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2418  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.85 
 
 
296 aa  160  2e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.3 
 
 
300 aa  153  2.9999999999999998e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.386325 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3138  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.33 
 
 
321 aa  152  8.999999999999999e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.480465 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0789  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.58 
 
 
327 aa  151  1e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0451692 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3653  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.42 
 
 
279 aa  150  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.532841  normal  0.819978 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1499  UDP-galactose 4-epimerase  35.25 
 
 
293 aa  140  3e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3338  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.87 
 
 
322 aa  140  3e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.69 
 
 
315 aa  132  6.999999999999999e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.248411  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4411  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.42 
 
 
309 aa  130  2.0000000000000002e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0467071  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0472  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.62 
 
 
309 aa  129  8.000000000000001e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06398  UDP-galactose 4-epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G00360)  31.29 
 
 
280 aa  127  2.0000000000000002e-28  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0550101 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1709  UDP-glucose-4-epimerase  34.34 
 
 
313 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0908  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.56 
 
 
314 aa  113  4.0000000000000004e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0682781  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3526  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.14 
 
 
292 aa  109  5e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.799707  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA08350  conserved hypothetical protein  29.1 
 
 
295 aa  100  2e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2573  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.97 
 
 
312 aa  101  2e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006692  CNG04680  hypothetical protein  28.9 
 
 
299 aa  96.3  5e-19  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.338174  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.33 
 
 
268 aa  95.9  7e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0308  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.92 
 
 
283 aa  95.5  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0393697  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.09 
 
 
315 aa  88.2  1e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.113189  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.05 
 
 
303 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.141265  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.94 
 
 
308 aa  85.9  7e-16  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0575797  normal  0.628375 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1446  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
311 aa  82.4  0.000000000000008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  hitchhiker  0.000127468 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3834  UDP-galactose 4-epimerase  30.46 
 
 
342 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.99 
 
 
375 aa  81.6  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.688935  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.66 
 
 
325 aa  80.1  0.00000000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.197237 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0280  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.25 
 
 
319 aa  79.7  0.00000000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.42 
 
 
261 aa  79.7  0.00000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.273887  normal  0.388948 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.51 
 
 
276 aa  78.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00756202  normal  0.114208 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1776  UDP-glucose 4-epimerase  32.69 
 
 
330 aa  78.6  0.0000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.098997  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0833  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.06 
 
 
302 aa  77.8  0.0000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.63 
 
 
317 aa  77  0.0000000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3550  UDP-galactose 4-epimerase  29.38 
 
 
355 aa  77  0.0000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.211522 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4866  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.13 
 
 
280 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.314841  normal  0.126778 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3663  UDP-glucose 4-epimerase  29.02 
 
 
336 aa  75.9  0.0000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000129816  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0420  UDP-glucose 4-epimerase  30 
 
 
328 aa  75.9  0.0000000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.29 
 
 
277 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5673  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.46 
 
 
277 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3026  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.74 
 
 
309 aa  75.5  0.000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.39 
 
 
282 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.272239 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1993  UDP-galactose 4-epimerase  28.76 
 
 
327 aa  74.7  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.101551  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.64 
 
 
261 aa  74.3  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30 
 
 
310 aa  74.7  0.000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.949606  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3571  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.62 
 
 
321 aa  73.6  0.000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0455537  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.98 
 
 
312 aa  73.6  0.000000000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1677  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.52 
 
 
336 aa  73.6  0.000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3587  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
326 aa  73.2  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1797  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.27 
 
 
273 aa  72.8  0.000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41974  normal  0.0188791 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.9 
 
 
298 aa  72.8  0.000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5445  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.05 
 
 
276 aa  72.8  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00620195 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.74 
 
 
278 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1582  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.67 
 
 
303 aa  72.4  0.000000000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2247  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.78 
 
 
247 aa  72.4  0.000000000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0816  UDP-glucose 4-epimerase  27.08 
 
 
337 aa  72.4  0.000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1236  UDP-galactose 4-epimerase  27.08 
 
 
334 aa  72  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.61 
 
 
278 aa  72  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5694  hypothetical protein  34.62 
 
 
255 aa  72  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.704204  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1753  UDP-glucose 4-epimerase  29.08 
 
 
339 aa  70.9  0.00000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0261532  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4212  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.26 
 
 
283 aa  70.9  0.00000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1800  hypothetical protein  33.99 
 
 
280 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.388037  hitchhiker  0.000742601 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2509  UDP-glucose 4-epimerase  30.34 
 
 
329 aa  71.6  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0895  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.05 
 
 
338 aa  70.9  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.0000813821  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.25 
 
 
313 aa  70.9  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.44 
 
 
313 aa  71.2  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27520  UDP-galactose 4-epimerase  26.79 
 
 
321 aa  71.6  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.33 
 
 
278 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3453  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.33 
 
 
278 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1806  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0926  UDP-galactose-4-epimerase  29.02 
 
 
338 aa  70.1  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0730766 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0786  UDP-galactose-4-epimerase  28.5 
 
 
338 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1892  UDP-galactose 4-epimerase  27.78 
 
 
377 aa  70.1  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.825064 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0782  UDP-galactose-4-epimerase  28.5 
 
 
338 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2290  UDP-glucose 4-epimerase  31.61 
 
 
325 aa  70.1  0.00000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.328872  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2883  UDP-glucose 4-epimerase  28.5 
 
 
338 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.330981  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0813  UDP-galactose-4-epimerase  28.5 
 
 
338 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0680  UDP-galactose-4-epimerase  28.5 
 
 
338 aa  70.1  0.00000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1774  UDP-galactose 4-epimerase  27.08 
 
 
336 aa  69.7  0.00000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2250  UDP-glucose 4-epimerase  32.69 
 
 
321 aa  69.7  0.00000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2002  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.55 
 
 
560 aa  69.7  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0862  UDP-galactose-4-epimerase  28.5 
 
 
338 aa  69.7  0.00000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0889309  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>