More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5547 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5547  UDP-glucose 4-epimerase  100 
 
 
297 aa  620  1e-177  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1610  putative UDP-glucose 4-epimerase  78.16 
 
 
299 aa  493  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5668  NAD-dependent epimerase/dehydratase  74.16 
 
 
298 aa  462  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.642611  normal  0.440352 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1317  NAD-dependent epimerase/dehydratase  70.17 
 
 
297 aa  433  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0188901  normal  0.208154 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.15 
 
 
297 aa  427  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.49 
 
 
297 aa  430  1e-119  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0103868 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1894  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.41 
 
 
302 aa  397  1e-109  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.24 
 
 
301 aa  389  1e-107  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.73675  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.85 
 
 
296 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0283  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.68 
 
 
299 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.285129 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2865  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.66 
 
 
305 aa  284  1.0000000000000001e-75  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.125961 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0785  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.36 
 
 
282 aa  218  1e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.858296  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.85 
 
 
279 aa  203  3e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1230  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.83 
 
 
295 aa  200  3e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.419634 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  40.68 
 
 
292 aa  195  8.000000000000001e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0386501 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.18 
 
 
290 aa  179  5.999999999999999e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.811922  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0914  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.54 
 
 
295 aa  168  1e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0478634 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.53 
 
 
290 aa  166  4e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000117314  hitchhiker  0.00259288 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3286  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.43 
 
 
292 aa  165  8e-40  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2418  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.55 
 
 
296 aa  160  3e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.23 
 
 
292 aa  142  9e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.84 
 
 
315 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.248411  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.37 
 
 
300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.386325 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0472  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.24 
 
 
309 aa  129  5.0000000000000004e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.33 
 
 
302 aa  124  2e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0195727  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1709  UDP-glucose-4-epimerase  30.07 
 
 
313 aa  123  3e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1499  UDP-galactose 4-epimerase  30.82 
 
 
293 aa  122  8e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3338  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.19 
 
 
322 aa  116  3.9999999999999997e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4411  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.03 
 
 
309 aa  111  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0467071  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3138  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.66 
 
 
321 aa  108  9.000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.480465 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3653  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.32 
 
 
279 aa  99.8  5e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.532841  normal  0.819978 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06398  UDP-galactose 4-epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G00360)  25.17 
 
 
280 aa  95.5  9e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0550101 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0789  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.2 
 
 
327 aa  92.8  6e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0451692 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.76 
 
 
303 aa  89  8e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.141265  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.5 
 
 
315 aa  86.7  4e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.113189  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2573  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.88 
 
 
312 aa  84.7  0.000000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1140  hypothetical protein  30.58 
 
 
267 aa  83.6  0.000000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.298631  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0908  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.18 
 
 
314 aa  83.6  0.000000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0682781  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3526  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.45 
 
 
292 aa  81.6  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.799707  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.51 
 
 
321 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.16 
 
 
308 aa  79  0.0000000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0575797  normal  0.628375 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.15 
 
 
320 aa  78.2  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.04011 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1446  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
311 aa  77.4  0.0000000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  hitchhiker  0.000127468 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.31 
 
 
312 aa  77.4  0.0000000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.37 
 
 
320 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.93 
 
 
268 aa  75.1  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.53 
 
 
321 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6834  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.49 
 
 
310 aa  72.8  0.000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1772  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.79 
 
 
301 aa  72.4  0.000000000009  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006692  CNG04680  hypothetical protein  27.16 
 
 
299 aa  72.4  0.00000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.338174  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.54 
 
 
321 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0489  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.17 
 
 
311 aa  72  0.00000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000122092 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.81 
 
 
306 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_006670  CNA08350  conserved hypothetical protein  26.13 
 
 
295 aa  71.6  0.00000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.24 
 
 
310 aa  71.2  0.00000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.949606  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4379  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.5 
 
 
274 aa  71.2  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.601592  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2126  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.19 
 
 
325 aa  70.9  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.2 
 
 
320 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.974335  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0055  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.92 
 
 
349 aa  70.9  0.00000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1797  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.82 
 
 
273 aa  70.1  0.00000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41974  normal  0.0188791 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.05 
 
 
321 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.05 
 
 
321 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1485  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.82 
 
 
274 aa  69.7  0.00000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.69 
 
 
267 aa  69.3  0.00000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  hitchhiker  0.00605708  decreased coverage  0.00179082 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.97 
 
 
303 aa  68.9  0.00000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2002  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.25 
 
 
560 aa  68.9  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.89 
 
 
325 aa  68.9  0.00000000009  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.197237 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1754  UDP-glucose 4-epimerase, putative  31.84 
 
 
326 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0706021  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.08 
 
 
309 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.15 
 
 
261 aa  68.6  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.273887  normal  0.388948 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.35 
 
 
278 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0393  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.89 
 
 
347 aa  68.9  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.18 
 
 
308 aa  68.6  0.0000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0043  UDP-glucose 4-epimerase  23.7 
 
 
337 aa  68.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0868  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.64 
 
 
326 aa  68.9  0.0000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3129  UDP-glucose 4-epimerase  28.65 
 
 
321 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.86735 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.94 
 
 
278 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3982  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.26 
 
 
320 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.667307 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.93 
 
 
304 aa  67.8  0.0000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1920  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.78 
 
 
346 aa  67.4  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.892292  hitchhiker  0.000398816 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.29 
 
 
306 aa  67.8  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2586  UDP-glucose 4-epimerase  28.65 
 
 
321 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6416  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.09 
 
 
323 aa  67.4  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.955033  normal  0.769273 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.16 
 
 
273 aa  67.4  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2821  UDP-glucose 4-epimerase  30.81 
 
 
332 aa  67  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.63 
 
 
313 aa  66.6  0.0000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0041  UDP-glucose 4-epimerase  23.62 
 
 
337 aa  66.6  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26 
 
 
249 aa  66.6  0.0000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4866  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.71 
 
 
280 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.314841  normal  0.126778 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3672  UDP-glucose 4-epimerase  30.16 
 
 
328 aa  65.9  0.0000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0118315 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1516  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.5 
 
 
320 aa  65.9  0.0000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2247  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.1 
 
 
247 aa  65.9  0.0000000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2883  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.11 
 
 
348 aa  65.9  0.0000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0186538  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0867  UDP-galactose 4-epimerase  28.95 
 
 
329 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.640943  normal  0.227397 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4827  UDP-glucose 4-epimerase  29.89 
 
 
329 aa  65.1  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.321852  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.53 
 
 
292 aa  65.5  0.000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2716  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.94 
 
 
278 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.48 
 
 
314 aa  65.1  0.000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.661925  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0174  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.88 
 
 
306 aa  65.5  0.000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.10516  normal  0.125028 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.22 
 
 
333 aa  65.1  0.000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>