More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1133 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_1133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
313 aa  637    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5600  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.36 
 
 
340 aa  185  9e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.06 
 
 
334 aa  170  3e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1486  UDP-glucose 4-epimerase  37.38 
 
 
321 aa  159  5e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00392704  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.66 
 
 
323 aa  157  3e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.19 
 
 
314 aa  150  3e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.77 
 
 
308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.66 
 
 
309 aa  147  3e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1970  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.82 
 
 
326 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
309 aa  145  1e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.55 
 
 
313 aa  143  5e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4196  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.59 
 
 
373 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.75 
 
 
313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1700  NDP-hexose epimerase/oxydoreductase  32.03 
 
 
304 aa  139  3.9999999999999997e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0751046  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.7 
 
 
304 aa  138  1e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.356198  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.02 
 
 
327 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.85 
 
 
311 aa  137  2e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0121716  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0524  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.69 
 
 
332 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0934  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.8 
 
 
321 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.4 
 
 
334 aa  136  4e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.225556  normal  0.379661 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1181  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.95 
 
 
310 aa  136  5e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.236062 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0907  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.48 
 
 
321 aa  136  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.93 
 
 
333 aa  135  9e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.67 
 
 
306 aa  134  9.999999999999999e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
326 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1849  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.7 
 
 
331 aa  133  3e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.216355 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.48 
 
 
328 aa  133  3e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12401  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  29.39 
 
 
333 aa  134  3e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.509931  hitchhiker  0.00693738 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2973  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
326 aa  133  3e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.49 
 
 
312 aa  133  3.9999999999999996e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0370  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.84 
 
 
326 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.55 
 
 
310 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.211774  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0408  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.52 
 
 
326 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.253997 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.01 
 
 
309 aa  132  6.999999999999999e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1237  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  28.66 
 
 
335 aa  132  7.999999999999999e-30  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000000110601  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4859  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
336 aa  132  7.999999999999999e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.417628  normal  0.311096 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4083  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.89 
 
 
336 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5776  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.55 
 
 
324 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0771  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.79 
 
 
305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3722  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.87 
 
 
335 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.72 
 
 
305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1503  UDP-glucose 4-epimerase  31.09 
 
 
324 aa  130  3e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.615148  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.6 
 
 
315 aa  130  3e-29  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.113189  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.46 
 
 
334 aa  130  3e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000232422 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.55 
 
 
296 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2042  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.48 
 
 
322 aa  129  7.000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0017259  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.42 
 
 
306 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0394  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.65 
 
 
323 aa  129  8.000000000000001e-29  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.286083  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.68 
 
 
328 aa  129  9.000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0769  UDP-glucose 4-epimerase  32.08 
 
 
329 aa  129  9.000000000000001e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.953207  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1513  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.33 
 
 
323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2916  UDP-glucose 4-epimerase  30.82 
 
 
320 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.660815 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.66 
 
 
315 aa  128  1.0000000000000001e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0208  UDP-glucose 4-epimerase  31.27 
 
 
328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163102  normal  0.146368 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1572  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.56 
 
 
330 aa  128  1.0000000000000001e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1975  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.97 
 
 
336 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.61 
 
 
298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.49 
 
 
298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.329803 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.63 
 
 
308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.497032 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.94 
 
 
322 aa  127  2.0000000000000002e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.3 
 
 
305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12885  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.9 
 
 
333 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0796  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.88 
 
 
344 aa  127  3e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.7 
 
 
317 aa  127  3e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.32 
 
 
314 aa  127  3e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2456  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.38 
 
 
353 aa  126  4.0000000000000003e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0915  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.79 
 
 
298 aa  126  5e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1954  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.55 
 
 
310 aa  126  5e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1394  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.07 
 
 
325 aa  126  5e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.88 
 
 
312 aa  126  5e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.64 
 
 
308 aa  126  5e-28  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000799266 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1520  ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase  29.43 
 
 
312 aa  125  7e-28  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00376715  hitchhiker  3.69674e-16 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.61 
 
 
325 aa  125  7e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6220  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.12 
 
 
324 aa  125  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.690036  normal  0.179961 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6416  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.81 
 
 
323 aa  125  9e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.955033  normal  0.769273 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0673  UDP-galactose 4-epimerase  31.97 
 
 
337 aa  125  9e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000299597 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4820  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.13 
 
 
342 aa  124  1e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.503744  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.27 
 
 
313 aa  125  1e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0794715  normal  0.286988 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2617  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.69 
 
 
313 aa  125  1e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000101003  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.83 
 
 
310 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1390  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.89 
 
 
322 aa  125  1e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000137645  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1446  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.46 
 
 
311 aa  125  1e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  hitchhiker  0.000127468 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3742  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.75 
 
 
320 aa  124  1e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283521  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1050  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.75 
 
 
338 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0719  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.23 
 
 
322 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2220  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.19 
 
 
314 aa  124  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0917  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.48 
 
 
334 aa  124  2e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
314 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1710  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.34 
 
 
326 aa  124  3e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0228  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  30.87 
 
 
310 aa  124  3e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.194906  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20680  UDP-glucose 4-epimerase  30.45 
 
 
328 aa  123  4e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1925  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.58 
 
 
310 aa  123  4e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.239382  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1538  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.01 
 
 
336 aa  123  5e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00186226  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.65 
 
 
331 aa  122  6e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0648845  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.55 
 
 
266 aa  122  7e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2010  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.9 
 
 
310 aa  122  7e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72000  oxidoreductase Rmd  31.83 
 
 
304 aa  122  8e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1583  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.3 
 
 
330 aa  122  9e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3036  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.71 
 
 
334 aa  121  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0768033  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1491  dTDP-D-glucose-46-dehydratase  32.1 
 
 
352 aa  121  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170996  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>