More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Arth_3454 on replicon NC_008541
Organism: Arthrobacter sp. FB24



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008541  Arth_3454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
290 aa  594  1e-169  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.811922  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.84 
 
 
290 aa  363  2e-99  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000117314  hitchhiker  0.00259288 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  62.14 
 
 
292 aa  358  6e-98  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0386501 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0914  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.37 
 
 
295 aa  355  5e-97  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0478634 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3286  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.43 
 
 
292 aa  331  7.000000000000001e-90  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.71 
 
 
279 aa  278  9e-74  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1230  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.96 
 
 
295 aa  246  2e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.419634 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.05 
 
 
292 aa  224  2e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2865  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.58 
 
 
305 aa  214  9e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.125961 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0283  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.82 
 
 
299 aa  210  2e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.285129 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.52 
 
 
296 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.86 
 
 
301 aa  188  9e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.73675  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.24 
 
 
297 aa  186  4e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0103868 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.99 
 
 
297 aa  182  7e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1610  putative UDP-glucose 4-epimerase  36.7 
 
 
299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1317  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.64 
 
 
297 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0188901  normal  0.208154 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5547  UDP-glucose 4-epimerase  36.18 
 
 
297 aa  179  5.999999999999999e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1894  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.27 
 
 
302 aa  176  5e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0785  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.38 
 
 
282 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.858296  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5668  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.67 
 
 
298 aa  171  9e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.642611  normal  0.440352 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.49 
 
 
302 aa  158  1e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0195727  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2418  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.81 
 
 
296 aa  157  1e-37  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06398  UDP-galactose 4-epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G00360)  31.82 
 
 
280 aa  140  1.9999999999999998e-32  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0550101 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.05 
 
 
300 aa  137  1e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.386325 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3653  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.42 
 
 
279 aa  136  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.532841  normal  0.819978 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3138  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.8 
 
 
321 aa  130  3e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.480465 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0789  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.89 
 
 
327 aa  125  7e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0451692 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0472  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.28 
 
 
309 aa  125  1e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4411  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.37 
 
 
309 aa  124  3e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0467071  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1499  UDP-galactose 4-epimerase  30.38 
 
 
293 aa  116  5e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3338  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.7 
 
 
322 aa  116  5e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3526  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.59 
 
 
292 aa  110  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.799707  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.85 
 
 
315 aa  107  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.248411  normal 
 
 
-
 
NC_006692  CNG04680  hypothetical protein  29.55 
 
 
299 aa  105  1e-21  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.338174  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA08350  conserved hypothetical protein  29.51 
 
 
295 aa  104  2e-21  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1709  UDP-glucose-4-epimerase  30.74 
 
 
313 aa  103  4e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.9 
 
 
308 aa  96.7  4e-19  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0575797  normal  0.628375 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0420  UDP-glucose 4-epimerase  33.18 
 
 
328 aa  94  2e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0908  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.75 
 
 
314 aa  93.6  3e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0682781  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2573  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.13 
 
 
312 aa  92.4  8e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1250  UDP-galactose-4-epimerase  32.28 
 
 
338 aa  91.7  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.398419 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0926  UDP-galactose-4-epimerase  32.28 
 
 
338 aa  91.3  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0730766 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0308  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.21 
 
 
283 aa  90.9  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0393697  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0812  UDP-galactose-4-epimerase  32.28 
 
 
338 aa  90.9  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0903  UDP-galactose-4-epimerase  32.28 
 
 
338 aa  91.3  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.39 
 
 
315 aa  91.3  2e-17  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.113189  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0871  UDP-galactose-4-epimerase  32.28 
 
 
338 aa  91.3  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0840  UDP-galactose-4-epimerase  31.75 
 
 
338 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2509  UDP-glucose 4-epimerase  35.23 
 
 
329 aa  90.1  4e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.59 
 
 
296 aa  88.6  1e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2883  UDP-glucose 4-epimerase  31.22 
 
 
338 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.330981  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2903  UDP-galactose-4-epimerase  31.22 
 
 
338 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.348521 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0782  UDP-galactose-4-epimerase  31.22 
 
 
338 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0786  UDP-galactose-4-epimerase  31.22 
 
 
338 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0680  UDP-galactose-4-epimerase  31.22 
 
 
338 aa  87.8  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0813  UDP-galactose-4-epimerase  31.22 
 
 
338 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0862  UDP-galactose-4-epimerase  31.22 
 
 
338 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0889309  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2916  UDP-glucose 4-epimerase  34.07 
 
 
320 aa  87  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.660815 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.47 
 
 
375 aa  85.9  7e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.688935  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
312 aa  85.5  0.000000000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.85 
 
 
325 aa  84.3  0.000000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.197237 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.55 
 
 
314 aa  83.2  0.000000000000005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.661925  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2290  UDP-glucose 4-epimerase  33.71 
 
 
325 aa  82.8  0.000000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.328872  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1776  UDP-glucose 4-epimerase  31.78 
 
 
330 aa  82.4  0.000000000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.098997  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5694  hypothetical protein  33.76 
 
 
255 aa  82  0.000000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.704204  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.71 
 
 
292 aa  82  0.000000000000009  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1446  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.46 
 
 
311 aa  81.6  0.00000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  hitchhiker  0.000127468 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.77 
 
 
292 aa  80.1  0.00000000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1993  UDP-galactose 4-epimerase  32.67 
 
 
327 aa  80.5  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.101551  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.56 
 
 
310 aa  80.5  0.00000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5423  UDP-glucose 4-epimerase  30.77 
 
 
328 aa  80.1  0.00000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0946684  normal  0.770282 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2002  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.84 
 
 
560 aa  80.1  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.83 
 
 
292 aa  80.1  0.00000000000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.060465  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1942  UDP-glucose 4-epimerase  29.67 
 
 
302 aa  80.1  0.00000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1173  UDP-galactose-4-epimerase  29.63 
 
 
338 aa  80.1  0.00000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0517  UDP-glucose 4-epimerase  26.2 
 
 
325 aa  79.3  0.00000000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.171515  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2250  UDP-glucose 4-epimerase  32.67 
 
 
321 aa  79.7  0.00000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1772  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.83 
 
 
301 aa  78.6  0.0000000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1914  UDP-galactose 4-epimerase  29.57 
 
 
335 aa  78.6  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.810767  normal  0.343621 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3069  UDP-galactose-4-epimerase  32.28 
 
 
339 aa  78.2  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.32 
 
 
313 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2886  UDP-galactose-4-epimerase  29.63 
 
 
338 aa  77.4  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.632321  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0795  UDP-glucose 4-epimerase  29.77 
 
 
327 aa  77.4  0.0000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.6 
 
 
303 aa  76.6  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.141265  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1559  UDP-glucose 4-epimerase  27.51 
 
 
338 aa  76.6  0.0000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0142095  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0036  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.54 
 
 
316 aa  76.3  0.0000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0174817 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1265  UDP-galactose-4-epimerase  32.28 
 
 
339 aa  75.9  0.0000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0163  UDP-galactose 4-epimerase  31.38 
 
 
331 aa  75.5  0.0000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.507846  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.63 
 
 
268 aa  75.5  0.0000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.57 
 
 
305 aa  75.1  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.73 
 
 
309 aa  75.1  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0021  UDP-glucose 4-epimerase  33.7 
 
 
308 aa  74.7  0.000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0249065  hitchhiker  0.00904837 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000160  UDP-glucose 4-epimerase  27.66 
 
 
338 aa  75.1  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0154193  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2821  UDP-glucose 4-epimerase  33.7 
 
 
332 aa  75.5  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.88 
 
 
317 aa  75.5  0.000000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.69 
 
 
510 aa  75.1  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0579282  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0776  UDP-glucose 4-epimerase  30.65 
 
 
345 aa  75.1  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07350  UDP-galactose 4-epimerase  28.72 
 
 
339 aa  75.5  0.000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.141517  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22780  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  30.05 
 
 
318 aa  75.5  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2586  UDP-glucose 4-epimerase  30.77 
 
 
321 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>