More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1265 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1265  UDP-galactose-4-epimerase  100 
 
 		 339 aa  707    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3069  UDP-galactose-4-epimerase  97.35 
 
 		 339 aa  690    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2886  UDP-galactose-4-epimerase  84.32 
 
 		 338 aa  609  1e-173  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.632321  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1173  UDP-galactose-4-epimerase  80.18 
 
 		 338 aa  588  1e-167  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1250  UDP-galactose-4-epimerase  77.22 
 
 		 338 aa  557  1e-158  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.398419 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2943  UDP-galactose-4-epimerase  77.22 
 
 		 338 aa  554  1e-157  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2855  UDP-galactose-4-epimerase  77.22 
 
 		 338 aa  554  1e-157  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1413  UDP-galactose-4-epimerase  76.92 
 
 		 338 aa  552  1e-156  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2883  UDP-glucose 4-epimerase  76.33 
 
 		 338 aa  549  1e-155  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.330981  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2903  UDP-galactose-4-epimerase  76.33 
 
 		 338 aa  549  1e-155  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.348521 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0862  UDP-galactose-4-epimerase  76.33 
 
 		 338 aa  549  1e-155  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0889309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0903  UDP-galactose-4-epimerase  76.33 
 
 		 338 aa  547  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0680  UDP-galactose-4-epimerase  76.04 
 
 		 338 aa  549  1e-155  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0782  UDP-galactose-4-epimerase  76.33 
 
 		 338 aa  549  1e-155  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0786  UDP-galactose-4-epimerase  76.33 
 
 		 338 aa  549  1e-155  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0813  UDP-galactose-4-epimerase  76.33 
 
 		 338 aa  549  1e-155  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0871  UDP-galactose-4-epimerase  76.33 
 
 		 338 aa  547  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0812  UDP-galactose-4-epimerase  76.33 
 
 		 338 aa  547  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0926  UDP-galactose-4-epimerase  76.04 
 
 		 338 aa  546  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0730766 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0840  UDP-galactose-4-epimerase  76.33 
 
 		 338 aa  547  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002660  UDP-glucose 4-epimerase  66.67 
 
 		 339 aa  487  1e-136  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.342599  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03331  UDP-glucose 4-epimerase  66.37 
 
 		 336 aa  485  1e-136  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0714  UDP-glucose 4-epimerase  66.96 
 
 		 338 aa  483  1e-135  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.168591  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3247  UDP-glucose 4-epimerase  66.57 
 
 		 338 aa  474  1e-133  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2015  UDP-glucose 4-epimerase  65.49 
 
 		 339 aa  477  1e-133  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.714124 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05793  UDP-glucose 4-epimerase  63.72 
 
 		 338 aa  469  1.0000000000000001e-131  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3477  UDP-glucose 4-epimerase  63.99 
 
 		 340 aa  468  1.0000000000000001e-131  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.350304 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000160  UDP-glucose 4-epimerase  62.83 
 
 		 338 aa  467  9.999999999999999e-131  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0154193  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3834  UDP-galactose 4-epimerase  61.72 
 
 		 342 aa  461  1e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3049  uridine diphosphate N-acetylgalactosamine 4-epimerase  64.88 
 
 		 335 aa  458  9.999999999999999e-129  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.200753  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1664  UDP-glucose 4-epimerase  60.53 
 
 		 337 aa  437  1e-121  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1384  UDP-glucose 4-epimerase  60.24 
 
 		 337 aa  431  1e-120  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1722  UDP-galactose 4-epimerase  58.04 
 
 		 373 aa  431  1e-120  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.202169  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2609  UDP-galactose 4-epimerase  59.94 
 
 		 337 aa  432  1e-120  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.237323  hitchhiker  0.000000619573 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2676  UDP-galactose 4-epimerase  59.64 
 
 		 337 aa  432  1e-120  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0763555  hitchhiker  0.000468323 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2783  UDP-galactose 4-epimerase  59.94 
 
 		 337 aa  433  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0966218  hitchhiker  0.000208277 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1513  UDP-glucose 4-epimerase  60.24 
 
 		 337 aa  433  1e-120  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.282439  normal  0.362537 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1477  UDP-glucose 4-epimerase  59.64 
 
 		 337 aa  428  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000121809  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03064  UDP-glucose 4-epimerase  59.28 
 
 		 340 aa  429  1e-119  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1161  UDP-glucose 4-epimerase  59.23 
 
 		 338 aa  428  1e-119  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0299848  hitchhiker  0.000414813 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2870  UDP-glucose 4-epimerase  59.35 
 
 		 337 aa  427  1e-119  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00371745  hitchhiker  0.000000287874 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1482  UDP-glucose 4-epimerase  59.94 
 
 		 337 aa  430  1e-119  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000762592  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2932  UDP-glucose 4-epimerase  59.52 
 
 		 337 aa  429  1e-119  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000357428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3246  UDP-glucose 4-epimerase  58.81 
 
 		 338 aa  429  1e-119  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1327  UDP-glucose 4-epimerase  59.52 
 
 		 341 aa  429  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1601  UDP-glucose 4-epimerase  59.23 
 
 		 337 aa  426  1e-118  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000383307  normal  0.0692735 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44740  UDP-glucose 4-epimerase  57.74 
 
 		 352 aa  422  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0367  UDP-glucose 4-epimerase  57.99 
 
 		 337 aa  418  1e-116  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0019063  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0776  UDP-glucose 4-epimerase  59.47 
 
 		 345 aa  421  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1433  UDP-glucose 4-epimerase  58.16 
 
 		 337 aa  420  1e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0122713  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1446  UDP-glucose 4-epimerase  58.16 
 
 		 339 aa  419  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000042923  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3183  UDP-glucose 4-epimerase  56.97 
 
 		 339 aa  419  1e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.670308 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07350  UDP-galactose 4-epimerase  57.14 
 
 		 339 aa  414  9.999999999999999e-116  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.141517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1713  UDP-glucose 4-epimerase  58.04 
 
 		 338 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0170656  normal  0.546572 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5574  UDP-glucose 4-epimerase  55.92 
 
 		 338 aa  411  1e-114  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.739221  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2597  UDP-glucose 4-epimerase  58.93 
 
 		 338 aa  413  1e-114  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.305151  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1672  UDP-glucose 4-epimerase  55.92 
 
 		 341 aa  411  1e-114  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5244  UDP-glucose 4-epimerase  56.21 
 
 		 338 aa  412  1e-114  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5568  UDP-glucose 4-epimerase  55.92 
 
 		 337 aa  411  1e-114  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5588  UDP-glucose 4-epimerase  55.92 
 
 		 338 aa  410  1e-113  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5373  UDP-glucose 4-epimerase  55.62 
 
 		 338 aa  409  1e-113  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.259242  hitchhiker  0.00471599 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2824  UDP-galactose 4-epimerase  55.36 
 
 		 351 aa  408  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5636  UDP-glucose 4-epimerase  55.92 
 
 		 338 aa  410  1e-113  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2224  UDP-glucose 4-epimerase  58.63 
 
 		 336 aa  410  1e-113  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00168227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1774  UDP-galactose 4-epimerase  57.14 
 
 		 336 aa  404  1.0000000000000001e-112  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1848  UDP-glucose 4-epimerase  56.42 
 
 		 337 aa  405  1.0000000000000001e-112  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0713  UDP-glucose 4-epimerase  57.27 
 
 		 339 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5388  UDP-glucose 4-epimerase  54.9 
 
 		 336 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1914  UDP-galactose 4-epimerase  58.79 
 
 		 335 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.810767  normal  0.343621 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3965  UDP-glucose 4-epimerase  54.73 
 
 		 339 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5381  UDP-glucose 4-epimerase  55.36 
 
 		 338 aa  401  1e-111  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3334  UDP-glucose 4-epimerase  55.43 
 
 		 342 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.618075  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0734  UDP-galactose 4-epimerase  57.82 
 
 		 339 aa  403  1e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2644  UDP-glucose 4-epimerase  56.38 
 
 		 336 aa  404  1e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3002  UDP-glucose 4-epimerase  57.1 
 
 		 337 aa  404  1e-111  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2285  UDP-glucose 4-epimerase  56.25 
 
 		 351 aa  402  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1075  UDP-glucose 4-epimerase  55.43 
 
 		 342 aa  403  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.320061  normal  0.011198 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0816  UDP-glucose 4-epimerase  56.97 
 
 		 337 aa  403  1e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5595  UDP-galactose 4-epimerase  57.14 
 
 		 339 aa  398  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.455346  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00238  UDP-glucose 4-epimerase  54.28 
 
 		 338 aa  401  9.999999999999999e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5437  UDP-glucose 4-epimerase  54.44 
 
 		 342 aa  400  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1410  UDP-glucose 4-epimerase  54.14 
 
 		 339 aa  398  9.999999999999999e-111  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.935662  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2007  UDP-galactose 4-epimerase  56.53 
 
 		 334 aa  397  1e-109  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.5887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4235  UDP-glucose 4-epimerase  56.25 
 
 		 341 aa  394  1e-109  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0789  UDP-galactose 4-epimerase  55.79 
 
 		 338 aa  394  1e-109  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4345  UDP-glucose 4-epimerase  56.25 
 
 		 341 aa  394  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.697217  normal  0.478622 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2339  UDP-galactose 4-epimerase  53.41 
 
 		 349 aa  396  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0569597  normal  0.0389709 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2810  UDP-galactose 4-epimerase  55.65 
 
 		 337 aa  397  1e-109  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0626054  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1044  UDP-galactose 4-epimerase  57.14 
 
 		 338 aa  395  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1537  UDP-glucose 4-epimerase  56.53 
 
 		 339 aa  392  1e-108  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0410  UDP-glucose 4-epimerase  55.82 
 
 		 340 aa  391  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4061  UDP-glucose 4-epimerase  55.65 
 
 		 337 aa  392  1e-108  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.811719 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0889  UDP-glucose 4-epimerase  55.82 
 
 		 340 aa  391  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.334492  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1101  UDP-glucose 4-epimerase protein  55.36 
 
 		 341 aa  391  1e-107  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.139946  normal  0.0944899 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0859  UDP-glucose 4-epimerase  55.82 
 
 		 340 aa  391  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1236  UDP-galactose 4-epimerase  54.93 
 
 		 334 aa  388  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3986  UDP-galactose 4-epimerase  56.12 
 
 		 340 aa  390  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.205233 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0774  UDP-galactose 4-epimerase  57.19 
 
 		 336 aa  389  1e-107  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0405649 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0779  UDP-glucose 4-epimerase  55.22 
 
 		 340 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0768  UDP-glucose 4-epimerase  54.93 
 
 		 340 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>