More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3653 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_3653  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
279 aa  566  1e-160  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.532841  normal  0.819978 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.34 
 
 
302 aa  160  2e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0195727  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4411  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.64 
 
 
309 aa  151  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0467071  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  35.42 
 
 
292 aa  150  2e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0386501 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.4 
 
 
279 aa  149  6e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0785  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.55 
 
 
282 aa  144  2e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.858296  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.81 
 
 
292 aa  139  4.999999999999999e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31 
 
 
296 aa  139  6e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.42 
 
 
290 aa  136  3.0000000000000003e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.811922  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2418  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
296 aa  132  6e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06398  UDP-galactose 4-epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G00360)  29.3 
 
 
280 aa  131  2.0000000000000002e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0550101 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0914  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.33 
 
 
295 aa  128  8.000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0478634 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3286  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.18 
 
 
292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1230  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.19 
 
 
295 aa  127  3e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.419634 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
300 aa  124  1e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.386325 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.07 
 
 
290 aa  123  4e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000117314  hitchhiker  0.00259288 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0472  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.45 
 
 
309 aa  119  3.9999999999999996e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2865  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.33 
 
 
305 aa  116  3.9999999999999997e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.125961 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3138  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.53 
 
 
321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.480465 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0308  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.68 
 
 
283 aa  113  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0393697  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0283  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.18 
 
 
299 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.285129 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1317  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.52 
 
 
297 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0188901  normal  0.208154 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.19 
 
 
297 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1499  UDP-galactose 4-epimerase  31.25 
 
 
293 aa  110  3e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.7 
 
 
297 aa  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0103868 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.53 
 
 
315 aa  105  1e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.248411  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1894  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.33 
 
 
302 aa  103  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1610  putative UDP-glucose 4-epimerase  27.03 
 
 
299 aa  103  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.08 
 
 
301 aa  102  5e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.73675  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0908  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.67 
 
 
314 aa  102  5e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0682781  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3338  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.15 
 
 
322 aa  102  8e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA08350  conserved hypothetical protein  28.62 
 
 
295 aa  102  9e-21  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.5 
 
 
303 aa  102  9e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.141265  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG04680  hypothetical protein  28.67 
 
 
299 aa  101  1e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.338174  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3526  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.04 
 
 
292 aa  100  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.799707  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5547  UDP-glucose 4-epimerase  24.32 
 
 
297 aa  99.8  5e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5668  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.42 
 
 
298 aa  95.5  9e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.642611  normal  0.440352 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0789  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.19 
 
 
327 aa  94.4  2e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0451692 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1709  UDP-glucose-4-epimerase  31.8 
 
 
313 aa  92  8e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.74 
 
 
303 aa  89.4  6e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2573  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32 
 
 
312 aa  85.5  9e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2250  UDP-glucose 4-epimerase  33.53 
 
 
321 aa  84.3  0.000000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0420  UDP-glucose 4-epimerase  32.56 
 
 
328 aa  80.1  0.00000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1582  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.4 
 
 
303 aa  78.6  0.0000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.13 
 
 
315 aa  78.2  0.0000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.113189  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.81 
 
 
328 aa  77.4  0.0000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.21 
 
 
346 aa  75.9  0.0000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1776  UDP-glucose 4-epimerase  30.99 
 
 
330 aa  75.5  0.0000000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.098997  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2290  UDP-glucose 4-epimerase  31.58 
 
 
325 aa  75.1  0.000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.328872  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20680  UDP-glucose 4-epimerase  29.48 
 
 
328 aa  74.3  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1993  UDP-galactose 4-epimerase  30.91 
 
 
327 aa  73.6  0.000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.101551  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.51 
 
 
308 aa  72.4  0.000000000008  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0575797  normal  0.628375 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.09 
 
 
314 aa  72  0.000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4827  UDP-glucose 4-epimerase  28.33 
 
 
329 aa  72.4  0.000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.321852  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
328 aa  72  0.000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.09 
 
 
313 aa  72.4  0.000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4242  UDP-glucose 4-epimerase  28.41 
 
 
332 aa  72  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1513  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.54 
 
 
323 aa  71.2  0.00000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1446  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.69 
 
 
311 aa  71.2  0.00000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  hitchhiker  0.000127468 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.38 
 
 
327 aa  71.2  0.00000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1807  UDP-glucose 4-epimerase  29.21 
 
 
324 aa  71.2  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.95 
 
 
325 aa  70.9  0.00000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.197237 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.25 
 
 
310 aa  70.9  0.00000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.949606  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1472  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.49 
 
 
334 aa  70.9  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.0018885  normal  0.965057 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0394  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.54 
 
 
323 aa  71.2  0.00000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.286083  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1708  UDP-glucose 4-epimerase  31.03 
 
 
331 aa  71.2  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.380668  normal  0.432414 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.05 
 
 
328 aa  70.5  0.00000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2509  UDP-glucose 4-epimerase  27.93 
 
 
329 aa  70.5  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0976  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.31 
 
 
347 aa  70.5  0.00000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1970  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.67 
 
 
326 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0894  NAD dependent epimerase/dehydratase family  31.22 
 
 
331 aa  69.7  0.00000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1121  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  31.22 
 
 
330 aa  69.7  0.00000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.16 
 
 
329 aa  69.7  0.00000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2299  UDP-glucose 4-epimerase  26.67 
 
 
332 aa  69.7  0.00000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.14 
 
 
308 aa  68.9  0.00000000009  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.26 
 
 
302 aa  68.6  0.0000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3768  UDP-glucose 4-epimerase  32.76 
 
 
329 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0160561 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6220  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.44 
 
 
324 aa  68.2  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.690036  normal  0.179961 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.75 
 
 
317 aa  67.4  0.0000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0517  UDP-glucose 4-epimerase  28.4 
 
 
325 aa  67.4  0.0000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.171515  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.94 
 
 
333 aa  67.4  0.0000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.28 
 
 
335 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.75 
 
 
296 aa  67.8  0.0000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.06 
 
 
326 aa  67  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2973  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.06 
 
 
326 aa  67  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33900  UDP-glucose 4-epimerase  26 
 
 
313 aa  66.6  0.0000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0021  UDP-glucose 4-epimerase  31.84 
 
 
308 aa  66.2  0.0000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0249065  hitchhiker  0.00904837 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.46 
 
 
327 aa  66.6  0.0000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2916  UDP-glucose 4-epimerase  28.82 
 
 
320 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.660815 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01011  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.16 
 
 
324 aa  66.6  0.0000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.533116 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.59 
 
 
327 aa  66.2  0.0000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6416  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.52 
 
 
323 aa  66.2  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.955033  normal  0.769273 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0795  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  26.59 
 
 
344 aa  65.9  0.0000000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0690  NAD dependent epimerase/dehydratase family  26.59 
 
 
345 aa  65.9  0.0000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.595947  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0149  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.45 
 
 
313 aa  65.5  0.0000000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.74 
 
 
261 aa  65.5  0.0000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5423  UDP-glucose 4-epimerase  28.2 
 
 
328 aa  65.5  0.0000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0946684  normal  0.770282 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.42 
 
 
375 aa  64.7  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.688935  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4141  UDP-glucose 4-epimerase  24.73 
 
 
332 aa  64.7  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4181  UDP-glucose 4-epimerase  24.73 
 
 
332 aa  64.7  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>